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万見
- PDB-4d9q: Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d9q
タイトルInhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D
要素
  • (Anti-Factor D, ...) x 2
  • Factor D
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Factor D / complement / antibody / exosite / Fab / chymotrypsin / protease / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


complement factor D / Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / complement activation, alternative pathway / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement ...complement factor D / Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / complement activation, alternative pathway / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / protein maturation / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / response to bacterium / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor D / Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Murray, J.M. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Inhibiting alternative pathway complement activation by targeting the factor d exosite.
著者: Katschke, K.J. / Wu, P. / Ganesan, R. / Kelley, R.F. / Mathieu, M.A. / Hass, P.E. / Murray, J. / Kirchhofer, D. / Wiesmann, C. / van Lookeren Campagne, M.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Database references
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32014年4月2日Group: Structure summary
改定 1.42017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Factor D
B: Factor D
D: Anti-Factor D, light chain
E: Anti-Factor D, heavy chain
H: Anti-Factor D, heavy chain
L: Anti-Factor D, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,36626
ポリマ－141,6996
非ポリマー1,66720
水11,313628
1
A: Factor D
H: Anti-Factor D, heavy chain
L: Anti-Factor D, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,57912
ポリマ－70,8493
非ポリマー7309
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Factor D
D: Anti-Factor D, light chain
E: Anti-Factor D, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,78614
ポリマ－70,8493
非ポリマー93711
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Factor D
D: Anti-Factor D, light chain
E: Anti-Factor D, heavy chain
ヘテロ分子

A: Factor D
H: Anti-Factor D, heavy chain
L: Anti-Factor D, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,36626
ポリマ－141,6996
非ポリマー1,66720
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area15250 Å2
ΔGint-329 kcal/mol
Surface area53650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.330, 80.760, 142.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Factor D


分子量: 24630.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pRK
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: F6YBP7

-
抗体 , 2種, 4分子 DLEH

#2: 抗体 Anti-Factor D, light chain


分子量: 23132.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TCD0
#3: 抗体 Anti-Factor D, heavy chain


分子量: 23086.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01857

-
非ポリマー , 4種, 648分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.25 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 550 MME, 0.01 M zinc sulfate and 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→73.267 Å / Num. all: 90191 / Num. obs: 90191 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 44.55 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.28-2.43.70.39920.399199.9
2.4-2.553.80.272.90.27199.9
2.55-2.733.80.1824.40.182199.9
2.73-2.953.80.11370.113199.9
2.95-3.233.80.06711.70.067199.9
3.23-3.613.80.04218.30.042199.8
3.61-4.163.70.0324.80.03199.6
4.16-5.13.70.0233.90.02199.6
5.1-7.213.70.0235.60.02199.7
7.21-73.2673.60.01442.60.014199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HFD

1hfd


解像度: 2.28→33.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9195 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU R Cruickshank DPI: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2301 4588 5.09 %RANDOM
Rwork0.1891 ---
obs0.1911 90153 99.63 %-
all-90191 --
原子変位パラメータBiso mean: 49.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2059 Å20 Å213.5966 Å2
2--4.2886 Å20 Å2
3----7.4945 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.268 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→33.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9906 0 82 628 10616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110201HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1713877HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3419SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1483HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10201HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1326SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11802SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.34 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 345 5.29 %
Rwork0.2288 6173 -
all0.2301 6518 -
obs--99.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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