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- PDB-4d7w: Crystal structure of sortase C1 (SrtC1) from Streptococcus agalactiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d7w
タイトルCrystal structure of sortase C1 (SrtC1) from Streptococcus agalactiae
要素SORTASE FAMILY PROTEIN
キーワードHYDROLASE / PILUS / GRAM-POSITIVE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Sortase C / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sortase family protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS AGALACTIAE COH1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Malito, E. / Lazzarin, M. / Cozzi, R. / Bottomley, M.J.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2015
タイトル: Noncanonical Sortase-Mediated Assembly of Pilus Type 2B in Group B Streptococcus.
著者: Lazzarin, M. / Cozzi, R. / Malito, E. / Martinelli, M. / D'Onofrio, M. / Maione, D. / Margarit, I. / Rinaudo, C.D.
履歴
登録2014年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 2.02017年9月27日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_detector
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_detector.type
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SORTASE FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7082
ポリマ－23,6461
非ポリマー621
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.560, 124.760, 45.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 SORTASE FAMILY PROTEIN / SORTASE C1


分子量: 23645.752 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 38-245 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS AGALACTIAE COH1 (バクテリア)
プラスミド: PET15 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: X5KHM5, UniProt: A0A0M3KKU7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細TIGR ANNOTATION OLD LOCUS TAG SAN_1517, LOCUS TAG GBSCOH1_1278 (NCBI PROTEIN ID ACCESSION NUMBER CDN66744)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9.7
詳細: 0.05M TRI-SODIUM CITRATE, 0.05 M BIS-TRIS PROPANE PH 9.7, 16% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月29日
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.9 Å / Num. obs: 16211 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G1J

4g1j


解像度: 1.95→45.92 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 810 5 %
Rwork0.1798 --
obs0.182 16201 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.1 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1551 0 4 90 1645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0322139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.599602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.07220.33981310.26742480X-RAY DIFFRACTION97
2.0722-2.23220.27071330.23172521X-RAY DIFFRACTION99
2.2322-2.45680.27221330.21792545X-RAY DIFFRACTION99
2.4568-2.81230.25331340.20722549X-RAY DIFFRACTION99
2.8123-3.5430.28631360.18262594X-RAY DIFFRACTION99
3.543-45.93270.1521430.14392702X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8754-1.0616-0.80320.978-0.80524.96150.30670.11340.82010.3011-0.0128-0.7556-1.13330.29860.38210.3444-0.1062-0.04540.4187-0.00530.670125.279228.854717.5872
20.51830.0621-0.10410.8446-0.38791.0370.0645-0.4955-0.30590.5009-0.279-0.22610.207-0.0719-0.00470.3643-0.06960.010.43730.05790.294410.122617.786224.6742
30.3739-0.2254-0.18110.3545-0.07480.41950.15020.05280.2016-0.1242-0.22020.5701-0.2677-0.51460.00110.25260.028-0.01690.4141-0.05030.3868-0.26323.694415.7558
42.51030.09630.53642.09110.70823.361-0.0230.30840.2963-0.3873-0.0158-0.0474-0.1356-0.03460.00020.26190.00880.00940.26740.06470.265213.708122.05029.5884
50.1810.05980.26710.23140.21640.46680.12660.40860.2023-0.6299-0.2829-0.50770.03590.55280.00020.64340.06310.04970.58570.10020.443917.712117.759-3.9533
60.1061-0.14820.00570.2382-0.04120.04090.25620.09-0.26240.4490.2511-0.63431.21910.68660.00060.38470.0768-0.0140.3734-0.00060.371120.689815.209812.9735
70.99720.02890.24810.4163-0.70471.21960.1902-0.3191-0.2485-0.1727-0.1161-0.11891.028-0.46910.02520.5440.0782-0.01640.38-0.04920.293513.06049.05825.4272
80.64560.0027-0.49120.039-0.08920.5475-0.04650.6728-0.4208-0.58260.0963-0.08070.6464-0.19890.00380.5012-0.0876-0.01930.40690.01310.3690.88239.18485.7522
90.6070.1235-0.50550.40180.42211.0960.10310.3717-0.1847-0.11160.09490.1940.16920.03240.00060.45580.0236-0.00530.38960.00270.371711.680712.51981.3867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 39 THROUGH 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 54 THROUGH 74 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 75 THROUGH 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 91 THROUGH 147 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 148 THROUGH 168 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 169 THROUGH 176 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 177 THROUGH 190 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 191 THROUGH 203 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 204 THROUGH 231 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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