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Yorodumi- PDB-4d7w: Crystal structure of sortase C1 (SrtC1) from Streptococcus agalactiae -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4d7w | |||||||||
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Title | Crystal structure of sortase C1 (SrtC1) from Streptococcus agalactiae | |||||||||
Components | SORTASE FAMILY PROTEIN | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / PILUS / GRAM-POSITIVE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | STREPTOCOCCUS AGALACTIAE COH1 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | |||||||||
Authors | Malito, E. / Lazzarin, M. / Cozzi, R. / Bottomley, M.J. | |||||||||
Citation | Journal: Faseb J. / Year: 2015 Title: Noncanonical Sortase-Mediated Assembly of Pilus Type 2B in Group B Streptococcus. Authors: Lazzarin, M. / Cozzi, R. / Malito, E. / Martinelli, M. / D'Onofrio, M. / Maione, D. / Margarit, I. / Rinaudo, C.D. | |||||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4d7w.cif.gz | 94.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4d7w.ent.gz | 71.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4d7w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4d7w_validation.pdf.gz | 431.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4d7w_full_validation.pdf.gz | 432.1 KB | Display | |
Data in XML | 4d7w_validation.xml.gz | 10 KB | Display | |
Data in CIF | 4d7w_validation.cif.gz | 13.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d7w | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4g1jS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23645.752 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RESIDUES 38-245 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) STREPTOCOCCUS AGALACTIAE COH1 (bacteria) Plasmid: PET15 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA / References: UniProt: X5KHM5, UniProt: A0A0M3KKU7*PLUS |
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#2: Chemical | ChemComp-EDO / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | TIGR ANNOTATION |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 9.7 Details: 0.05M TRI-SODIUM CITRATE, 0.05 M BIS-TRIS PROPANE PH 9.7, 16% PEG-3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 29, 2014 |
Radiation | Monochromator: SILICON CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→45.9 Å / Num. obs: 16211 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.07 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4G1J Resolution: 1.95→45.92 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.37 / Phase error: 24.4 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.1 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→45.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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