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- PDB-4d6x: Crystal structure of the receiver domain of NtrX from Brucella abortus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d6x
タイトルCrystal structure of the receiver domain of NtrX from Brucella abortus
要素BACTERIAL REGULATORY, FIS FAMILY PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / BRUCELLOSIS / TWO-COMPONENT SYSTEM / RESPONSE REGULATOR / REC DOMAIN / MICROAEROBISIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain ...Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / CbxX/CfqX superfamily:Chaperonin clpA/B:Response regulator receiver:Sigma-54 factor interaction domain:Helix-turn-helix, Fis
類似検索 - 構成要素
生物種BRUCELLA ABORTUS (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Klinke, S. / Fernandez, I. / Carrica, M.C. / Otero, L.H. / Goldbaum, F.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Snapshots of Conformational Changes Shed Light Into the Ntrx Receiver Domain Signal Transduction Mechanism
著者: Fernandez, I. / Otero, L.H. / Klinke, S. / Carrica, M.C. / Goldbaum, F.A.
履歴
登録2014年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIAL REGULATORY, FIS FAMILY PROTEIN
B: BACTERIAL REGULATORY, FIS FAMILY PROTEIN
C: BACTERIAL REGULATORY, FIS FAMILY PROTEIN
D: BACTERIAL REGULATORY, FIS FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5387
ポリマ－65,3304
非ポリマー2073
水1,49583
1
A: BACTERIAL REGULATORY, FIS FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4713
ポリマ－16,3331
非ポリマー1382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BACTERIAL REGULATORY, FIS FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4022
ポリマ－16,3331
非ポリマー691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: BACTERIAL REGULATORY, FIS FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3331
ポリマ－16,3331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: BACTERIAL REGULATORY, FIS FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3331
ポリマ－16,3331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.670, 110.940, 119.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
BACTERIAL REGULATORY, FIS FAMILY PROTEIN / NTRX


分子量: 16332.590 Da / 分子数: 4 / 断片: RECEIVER DOMAIN, RESIDUES 1-126 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE GENE SEQUENCE ENCODING THE RECEIVER DOMAIN C-TERMINAL REGION (RESIDUES 127-136) WAS OMITTED FROM THE FINAL CONSTRUCT DUE TO POTENTIAL CLASHES INTO THE CRYSTAL PACKING
由来: (組換発現) BRUCELLA ABORTUS (ウシ流産菌) / 株: BRUCELLA MELITENSIS BIOVAR ABORTUS 2308 / プラスミド: PET24A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q2YPW6
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.33 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 27% PEG 550 MME; 0.15 M MALIC ACID, PH 7.0; 0.1 M IMIDAZOLE, PH 6.9.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月23日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→40.64 Å / Num. obs: 30141 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.11 % / Biso Wilson estimate: 57.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.63
反射 シェル解像度: 2.11→2.24 Å / 冗長度: 5.28 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L5Z

1l5z


解像度: 2.11→40.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9523 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9399 / SU R Cruickshank DPI: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.228 / SU Rfree Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.165
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 1507 5 %RANDOM
Rwork0.2134 ---
obs0.2137 30132 98.82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.2838 Å20 Å20 Å2
2--9.264 Å20 Å2
3---5.0198 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.398 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→40.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3712 0 15 83 3810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013779HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.085119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1794SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes561HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3779HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion508SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4511SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.18 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 144 5.01 %
Rwork0.2369 2732 -
all0.2363 2876 -
obs--98.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.17551.76660.22298.30290.75571.634-0.0968-0.0036-0.5442-0.22-0.01190.00750.5442-0.23450.10870.1628-0.0459-0.1145-0.2963-0.0439-0.17024.656319.12219.9659
21.25480.5715-0.07732.4113-0.92068.2844-0.0415-0.18050.27920.54420.04530.0628-0.54420.4408-0.00380.06890.041-0.088-0.1973-0.0525-0.159711.912640.680138.0896
35.3983-1.66892.21328.3155-1.92844.6578-0.2587-0.45960.04720.52440.2081-0.0077-0.5442-0.36940.0506-0.04880.0334-0.0498-0.1945-0.0091-0.230914.435614.918551.4707
42.3658-0.0004-0.01645.03361.93163.67690.1926-0.2717-0.02740.4173-0.0243-0.02550.20320.1564-0.1684-0.1157-0.0348-0.0329-0.07410.0304-0.0836-7.3242-9.955550.233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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