PDB-4d49: Crystal structure of computationally designed armadillo repeat pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d49

タイトル

Crystal structure of computationally designed armadillo repeat proteins for modular peptide recognition.

要素

ARMADILLO REPEAT PROTEIN ARM00027
POLY ARG DECAPEPTIDE

キーワード

DE NOVO PROTEIN/PEPTIDE / DE NOVO PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX

機能・相同性

Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / ARGININE

機能・相同性情報

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Reichen, C. / Forzani, C. / Zhou, T. / Parmeggiani, F. / Fleishman, S.J. / Mittl, P.R.E. / Madhurantakam, C. / Honegger, A. / Ewald, C. / Zerbe, O. ...

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Computationally Designed Armadillo Repeat Proteins for Modular Peptide Recognition.
著者: Reichen, C. / Forzani, C. / Zhou, T. / Parmeggiani, F. / Fleishman, S.J. / Mittl, P.R.E. / Madhurantakam, C. / Honegger, A. / Ewald, C. / Zerbe, O. / Baker, D. / Caflisch, A. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2014年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月5日	Group: Database references
改定 1.2	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d49.cif.gz	374.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d49.ent.gz	311.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d49	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d4eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mf4-d 5cer-2 2vwb-1 6oq3-d 6p3d-1 5cer-6 5cer-3 5ita-d 2z6k-d 6rpj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ARMADILLO REPEAT PROTEIN ARM00027

B: ARMADILLO REPEAT PROTEIN ARM00027

C: POLY ARG DECAPEPTIDE

D: POLY ARG DECAPEPTIDE

E: ARMADILLO REPEAT PROTEIN ARM00027

F: ARMADILLO REPEAT PROTEIN ARM00027

G: POLY ARG DECAPEPTIDE

H: POLY ARG DECAPEPTIDE

ヘテロ分子

110 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ARMADILLO REPEAT PROTEIN ARM00027

B: ARMADILLO REPEAT PROTEIN ARM00027

C: POLY ARG DECAPEPTIDE

D: POLY ARG DECAPEPTIDE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: ARMADILLO REPEAT PROTEIN ARM00027

F: ARMADILLO REPEAT PROTEIN ARM00027

G: POLY ARG DECAPEPTIDE

H: POLY ARG DECAPEPTIDE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.570, 51.730, 107.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	B
2	2	F
1	3	B
2	3	E
1	4	A
2	4	F
1	5	A
2	5	E
1	6	F
2	6	E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 12 - 249 / Label seq-ID: 5 - 242

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	B	B
2	1	A	A
1	2	B	B
2	2	F	F
1	3	B	B
2	3	E	E
1	4	A	A
2	4	F	F
1	5	A	A
2	5	E	E
1	6	F	F
2	6	E	E

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	ARMADILLO REPEAT PROTEIN ARM00027 分子量: 25851.041 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: COMPUTATIONALLY DESIGNED ARMADILLO REPEAT PROTEIN IN COMPLEX WITH A PEPTIDE 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 解説: DE NOVO DESIGNED PROTEIN / プラスミド: YIII_(DQ_V1)4_C(PAF) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-BLUE
#2: タンパク質・ペプチド	POLY ARG DECAPEPTIDE 分子量: 1589.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 解説: DE NOVO DESIGNED PROTEIN / プラスミド: YIII_(DQ_V1)4_C(PAF) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-BLUE
#3: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.48 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE ROTATION METHOD
結晶化	pH: 8.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT PH 8.5 / 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE / 0.1 M TRIS HCL / 10 % W/V PEG 8000 / 10 % W/V PEG 1000. PRIOR TO CRYSTALLIZATION, 1.5 MOLAR EXCESS OF PEPTIDE (RR)5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.505
1	1	-h,-k,l	2	0.495

反射

解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 106706 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 1.37 / 冗長度: 2.26 % / B_iso Wilson estimate: 36.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 5.01

反射シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.32 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
SCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ARM00016

解像度: 2.09→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 8.082 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25454	2763	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20088	-	-	-
obs	0.20357	53936	98.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.459 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	22.4 Å²	0 Å²	-1.13 Å²
2-	-	12.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-35.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7552	0	22	238	7812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	7657
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	7743
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.795	1.976	10339
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.416	3	17800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.271	5	986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.202	26.932	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.911	15	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.979	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	8833
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.341	3.273	3956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.34	3.273	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.008	4.899	4929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.375	3.573	3701
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	14688	0.11
1	2	A	14688	0.11
2	1	B	14654	0.11
2	2	F	14654	0.11
3	1	B	14667	0.11
3	2	E	14667	0.11
4	1	A	14756	0.1
4	2	F	14756	0.1
5	1	A	14805	0.1
5	2	E	14805	0.1
6	1	F	14799	0.1
6	2	E	14799	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.095→2.149 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	186	-
R_work	0.245	3595	-
obs	-	-	90.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1998	0.055	-0.1276	0.029	-0.018	0.4778	-0.0238	0.0091	0.0197	0.0117	-0.0187	-0.0002	0.0191	0.0054	0.0425	0.081	-0.0082	-0.0166	0.0428	-0.0027	0.1889	20.9446	-2.1325	13.0655
2	0.0557	-0.0528	-0.1338	0.3722	0.126	0.3494	-0.0173	-0.0192	-0.0215	-0.0019	-0.091	0.0305	0.0128	0.0435	0.1083	0.0543	0.0356	-0.034	0.0975	-0.0005	0.1481	31.7752	-9.4149	43.4601
3	0.5652	0.8831	-0.5641	2.9575	-1.5904	0.8817	0.2611	-0.2175	-0.106	0.0471	-0.2054	0.2168	-0.0945	0.1632	-0.0557	0.1841	-0.1192	-0.135	0.108	0.0429	0.1635	23.6944	-11.5349	38.4575
4	0.4171	0.2282	-0.9421	0.3029	-1.2982	5.5713	-0.1614	0.0073	-0.0064	-0.073	-0.0507	-0.0456	0.2987	0.2311	0.2121	0.118	-0.0057	0.0029	0.0275	0.0006	0.1462	20.4232	-11.044	10.5252
5	0.056	-0.0581	0.1182	0.24	-0.3194	0.845	0.0176	-0.0132	0.0827	-0.005	-0.1146	-0.0801	0.0573	-0.0186	0.097	0.0202	-0.029	0.0002	0.1402	0.0072	0.1762	-23.7392	1.9938	40.6357
6	0.0122	0.0372	0.0586	0.3443	0.0746	0.4087	-0.01	-0.0032	-0.0018	-0.0187	-0.0508	-0.0062	-0.0027	0.0424	0.0608	0.063	0.0164	0.0071	0.0461	0.0086	0.1932	-13.029	9.2366	10.3748
7	0.6554	0.4065	-0.8409	0.5972	-1.3011	2.8408	0.0689	-0.0142	0.1662	-0.0522	0.0121	0.0462	0.1301	-0.0276	-0.081	0.1051	-0.0211	0.0068	0.0159	-0.0134	0.1637	-21.0546	10.718	15.874
8	1.7498	-0.4794	-1.7205	0.1993	0.8732	4.1347	0.156	-0.0215	-0.3852	-0.0015	-0.045	0.012	0.1991	-0.2681	-0.111	0.205	-0.0723	0.0134	0.0401	0.0376	0.2857	-24.7742	10.788	43.119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	12 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 249
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 9
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 10
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	12 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	E	12 - 249
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 9
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 10

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