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- PDB-4d0m: Phosphatidylinositol 4-kinase III beta in a complex with Rab11a-G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d0m
タイトルPhosphatidylinositol 4-kinase III beta in a complex with Rab11a-GTP- gamma-S and the Rab-binding domain of FIP3
要素
  • PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
  • RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
  • RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
キーワードSIGNALING PROTEIN / PHOSPHOINOSITIDE / PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE / LIPID KINASE / FAMILY OF RAB INTERACTING PROTEINS / FIP3 / RAB-BINDING DOMAIN / RBD / RAB11 / GTP / PIK93 / GOLGI / RECYCLING ENDOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / protein localization to cleavage furrow / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome membrane / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / protein localization to cleavage furrow / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome membrane / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / plasma membrane to endosome transport / negative regulation of adiponectin secretion / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of cilium assembly / exosomal secretion / rough endoplasmic reticulum membrane / amyloid-beta clearance by transcytosis / astral microtubule organization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / melanosome transport / VxPx cargo-targeting to cilium / protein transmembrane transport / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / positive regulation of cilium assembly / RAB geranylgeranylation / Golgi to plasma membrane protein transport / phosphatidylinositol biosynthetic process / multivesicular body assembly / protein localization to cilium / endocytic recycling / establishment of protein localization to membrane / syntaxin binding / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / dynein light intermediate chain binding / lysosome organization / mitotic metaphase chromosome alignment / phosphatidylinositol-mediated signaling / exocytosis / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / inner ear development / cleavage furrow / positive regulation of epithelial cell migration / endocytic vesicle / mitotic spindle assembly / intercellular bridge / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 14-3-3 protein binding / multivesicular body / centriole / receptor-mediated endocytosis / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane / regulation of cytokinesis / small monomeric GTPase / trans-Golgi network membrane / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / small GTPase binding / centriolar satellite / recycling endosome membrane / spindle pole / neuron projection development / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / endocytic vesicle membrane / G protein activity / midbody / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / vesicle / mitochondrial outer membrane / endosome / ciliary basal body / cilium / Golgi membrane / cell division / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / calcium ion binding / protein-containing complex binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
: / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / : / Small GTPase Rab domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain ...: / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / : / Small GTPase Rab domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / EF-hand domain pair / Rab subfamily of small GTPases / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Small GTP-binding protein domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-093 / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Rab11 family-interacting protein 3 / Ras-related protein Rab-11A / Phosphatidylinositol 4-kinase beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6 Å
データ登録者Burke, J.E. / Inglis, A.J. / Perisic, O. / Masson, G.R. / McLaughlin, S.H. / Rutaganira, F. / Shokat, K.M. / Williams, R.L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structures of Pi4Kiiibeta Complexes Show Simultaneous Recruitment of Rab11 and its Effectors.
著者: Burke, J.E. / Inglis, A.J. / Perisic, O. / Masson, G.R. / Mclaughlin, S.H. / Rutaganira, F. / Shokat, K.M. / Williams, R.L.
履歴
登録2014年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年6月18日Group: Derived calculations
改定 1.32018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 1.42018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.52023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
B: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
C: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
D: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
E: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
F: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
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P: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
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R: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
S: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
T: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
U: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
V: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
W: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
X: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
Y: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
Z: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
a: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
b: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
c: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
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i: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
j: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,149,87372
ポリマ－1,138,43236
非ポリマー11,44136
水00
1
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
B: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
C: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
D: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
E: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
F: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
O: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
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U: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
V: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,29124
ポリマ－379,47712
非ポリマー3,81412
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-27.8 kcal/mol
Surface area29980 Å2
手法PISA
2
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H: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
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J: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
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M: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
N: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
Q: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
R: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
e: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
f: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,29124
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タイプ名称対称操作数
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d: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
g: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
h: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
i: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
j: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,29124
ポリマ－379,47712
非ポリマー3,81412
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-27.8 kcal/mol
Surface area29980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.504, 134.465, 294.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 24分子 ACGIMOQSWYcgBDHJNPRTXZdh

#1: タンパク質
PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA / PI4K-BETA / PI4KBETA / PTDINS 4-KINASE BETA / NPIK / PI4K92 / PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE III BETA


分子量: 64593.141 Da / 分子数: 12 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HDX-OPTIMIZED DELETION VARIANT / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PACEBAC1-HSPI4KIIIB/PJB143
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q9UBF8, 1-phosphatidylinositol 4-kinase
#2: タンパク質
RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A / RAB-11 / YL8 / RAB11A


分子量: 24691.818 Da / 分子数: 12 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: POPTG/PJB88 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P62491, small monomeric GTPase

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 12分子 EFKLUVabefij

#3: タンパク質・ペプチド
RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3 / FIP3-RAB11 / RAB11-FIP3 / ARFOPHILIN-1 / EF HANDS-CONTAINING R AB-INTERACTING PROTEIN / EFERIN / MU- ...FIP3-RAB11 / RAB11-FIP3 / ARFOPHILIN-1 / EF HANDS-CONTAINING R AB-INTERACTING PROTEIN / EFERIN / MU-MB-17.148 / FIP3


分子量: 5584.360 Da / 分子数: 12 / Fragment: RAB-BINDING DOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PJB164-POPTG-HSFIP3 (713-756) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O75154

-
非ポリマー , 3種, 36分子

#4: 化合物
ChemComp-093 / N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE / PIK-93 / N-[(2Z)-5-(4-CHLORO-3-{[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]SULFONYL}PHENYL)-4-METHYL-1,3-THIAZOL-2(3H)-YLIDENE]ACETAMIDE / PIK-93


分子量: 389.878 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16ClN3O4S2
#5: 化合物
ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

配列の詳細THREE HDX-OPTIMISED DELETIONS AND S294A MUTATION

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 16% PEG 6K, 0.01 M NA CITRATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.968629
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968629 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6→49.88 Å / Num. obs: 37822 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 6→6.27 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D0L

4d0l


解像度: 6→294.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.862 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.789 / SU B: 262.603 / SU ML: 2.522 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 3.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES REFINED INDIVIDUALLY BECAUSE OF THE LOW RESOLUTION, WE MADE NO MANUAL READJUSTMENTS OF THE MODEL FOLLOWING RESTRAINED REFINEMENT WITH REFMAC.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35946 1925 5.2 %RANDOM
Rwork0.2533 ---
obs0.25888 35405 94.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 261.052 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.35 Å2-0 Å24.49 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3---10.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6→294.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数65286 0 684 0 65970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01966912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0264890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3661.96890492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0163148716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.43358070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.46823.7483090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2251512024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4615486
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.210272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0274430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.0215648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.214161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.261365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.232098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.232488
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2990.2727
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.3420.235
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.330.236
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.7110.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.5710.2561
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 6→6.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 130 -
Rwork0.313 2579 -
obs--93.25 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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