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- PDB-4c4p: Crystal Structure of Wild-Type Rab11 Complexed to FIP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c4p
タイトルCrystal Structure of Wild-Type Rab11 Complexed to FIP2
要素
  • RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 2
  • RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / EFFECTOR / VESICLE TRAFFICKING / ENDOSOMES
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / plasma membrane to endosome transport / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process ...TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / plasma membrane to endosome transport / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulated exocytosis / regulation of cilium assembly / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / astral microtubule organization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / melanosome transport / VxPx cargo-targeting to cilium / protein transmembrane transport / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / Golgi to plasma membrane protein transport / multivesicular body assembly / protein localization to cilium / establishment of protein localization to membrane / syntaxin binding / protein localization to cell surface / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / TBC/RABGAPs / dynein light intermediate chain binding / mitotic metaphase chromosome alignment / establishment of cell polarity / exocytosis / cleavage furrow / positive regulation of epithelial cell migration / mitotic spindle assembly / phagocytic cup / phagocytosis / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / multivesicular body / centriole / positive regulation of GTPase activity / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane / small monomeric GTPase / regulation of cytokinesis / trans-Golgi network membrane / protein localization to plasma membrane / cell projection / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / small GTPase binding / recycling endosome membrane / spindle pole / neuron projection development / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / endocytic vesicle membrane / G protein activity / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / vesicle / endosome / Golgi membrane / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / protein kinase binding / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rab11-family interacting protein class I / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2440 / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : / small GTPase Rab1 family profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain ...Rab11-family interacting protein class I / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2440 / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : / small GTPase Rab1 family profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / C2 domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-11A / Rab11 family-interacting protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2 Å
データ登録者Sultana, A. / Khan, A.R.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Analysis of Fip2 Binding to the Endosome-Localised Rab25 Gtpase
著者: Lall, P. / Horgan, C.P. / Oda, S. / Franklin, E. / Sultana, A. / Hanscomb, S.R. / Mccaffrey, M.W. / Khan, A.R.
履歴
登録2013年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Atomic model / Database references
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32015年9月16日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
B: RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3524
ポリマ－31,8062
非ポリマー5472
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-6.4 kcal/mol
Surface area15340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.560, 64.560, 112.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A / RAB-11 / YL8


分子量: 19515.906 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-173 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P62491
#2: タンパク質 RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 2 / RAB11-FIP2 / NRIP11


分子量: 12289.915 Da / 分子数: 1 / 断片: RAB-BINDING DOMAIN, RESIDUES 410-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L804
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINALLY AND C-TERMINALLY TRUNCATED RAB11A, WITH A FEW NON-NATIVE RESIDUES AT N-TERMINUS FROM ...N-TERMINALLY AND C-TERMINALLY TRUNCATED RAB11A, WITH A FEW NON-NATIVE RESIDUES AT N-TERMINUS FROM CLONING SITE. FIP2 CONSISTS OF C-TERMINAL RAB-BINDING DOMAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 18989 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2→27.955 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 979 5.2 %
Rwork0.1804 --
obs0.1826 18980 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1804 0 33 176 2013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0262646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.96747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.10560.23511430.19142513X-RAY DIFFRACTION100
2.1056-2.23740.2461370.17942537X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.41010.22821360.17612534X-RAY DIFFRACTION100
2.4101-2.65250.22681410.17952545X-RAY DIFFRACTION100
2.6525-3.03590.23261450.18792552X-RAY DIFFRACTION100
3.0359-3.82330.22741450.17782596X-RAY DIFFRACTION100
3.8233-27.9580.2071320.1792724X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.9827 Å / Origin y: 8.3308 Å / Origin z: 21.774 Å
111213212223313233
T0.1469 Å20.0375 Å20.0252 Å2-0.1011 Å20.0069 Å2--0.1204 Å2
L1.1525 °2-0.2754 °20.0406 °2-1.5268 °2-0.4586 °2--1.2611 °2
S0.106 Å °0.0722 Å °0.204 Å °-0.2291 Å °0.0098 Å °-0.004 Å °-0.055 Å °-0.0813 Å °0.2179 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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