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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c4p | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Wild-Type Rab11 Complexed to FIP2 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / EFFECTOR / VESICLE TRAFFICKING (小胞) / ENDOSOMES (エンドソーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / regulation of cilium assembly ...TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / regulation of cilium assembly / regulated exocytosis / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / melanosome transport / astral microtubule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / regulation of vesicle-mediated transport / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / protein localization to cilium / multivesicular body assembly / dynein light intermediate chain binding / establishment of protein localization to membrane / protein localization to cell surface / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / TBC/RABGAPs / syntaxin binding / phagocytic cup / mitotic metaphase chromosome alignment / establishment of cell polarity / positive regulation of epithelial cell migration / エキソサイトーシス / 分裂溝 / centriolar satellite / mitotic spindle assembly / phagocytic vesicle / 食作用 / 小胞 / vesicle-mediated transport / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / エンドソーム / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / trans-Golgi network membrane / regulation of cytokinesis / cell projection / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / ゴルジ体 / cytoplasmic vesicle membrane / recycling endosome / small GTPase binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / positive regulation of GTPase activity / 紡錘体 / recycling endosome membrane / neuron projection development / endocytic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / エンドソーム / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / GTP binding / protein kinase binding / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sultana, A. / Khan, A.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013 タイトル: Structural and Functional Analysis of Fip2 Binding to the Endosome-Localised Rab25 Gtpase 著者: Lall, P. / Horgan, C.P. / Oda, S. / Franklin, E. / Sultana, A. / Hanscomb, S.R. / Mccaffrey, M.W. / Khan, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4c4p.cif.gz | 150.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4c4p.ent.gz | 126 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4c4p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/4c4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/4c4p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19515.906 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-173 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P62491 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 12289.915 Da / 分子数: 1 / 断片: RAB-BINDING DOMAIN, RESIDUES 410-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L804 |
#3: 化合物 | ChemComp-GNP / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | N-TERMINALLY AND C-TERMINALLY TRUNCATED RAB11A, WITH A FEW NON-NATIVE RESIDUES AT N-TERMINUS FROM ...N-TERMINALLY |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.976 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 18989 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 2→27.955 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→27.955 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 26.9827 Å / Origin y: 8.3308 Å / Origin z: 21.774 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |