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- PDB-4cy1: Crystal structure of the KANSL1-WDR5 complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cy1
タイトルCrystal structure of the KANSL1-WDR5 complex.
要素
  • KAT8 REGULATORY NSL COMPLEX SUBUNIT 1
  • WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5
キーワードTRANSCRIPTION / EPIGENETIC REGULATOR / HISTONE ACETYLATION / CHROMATIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial transcription / histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Loss of Function of KMT2D in MLL4 Complex Formation in Kabuki Syndrome / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / ATAC complex / MLL1/2 complex / NSL complex ...regulation of mitochondrial transcription / histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Loss of Function of KMT2D in MLL4 Complex Formation in Kabuki Syndrome / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / ATAC complex / MLL1/2 complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone acetyltransferase binding / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / MLL1 complex / regulation of embryonic development / histone acetyltransferase complex / regulation of cell division / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / kinetochore / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RMTs methylate histone arginines / spindle pole / mitotic spindle / HATs acetylate histones / sperm principal piece / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / chromatin organization / Neddylation / histone binding / microtubule / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 / PEHE domain / PEHE domain profile. / PEHE domain / PEHE / : / WDR5 beta-propeller domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 / PEHE domain / PEHE domain profile. / PEHE domain / PEHE / : / WDR5 beta-propeller domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein 5 / KAT8 regulatory NSL complex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Dias, J. / Brettschneider, J. / Cusack, S. / Kadlec, J.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: Structural Analysis of the Kansl1/Wdr5/Kansl2 Complex Reveals that Wdr5 is Required for Efficient Assembly and Chromatin Targeting of the Nsl Complex.
著者: Dias, J. / Van Nguyen, N. / Georgiev, P. / Gaub, A. / Brettschneider, J. / Cusack, S. / Kadlec, J. / Akhtar, A.
履歴
登録2014年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5
B: WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5
C: KAT8 REGULATORY NSL COMPLEX SUBUNIT 1
D: KAT8 REGULATORY NSL COMPLEX SUBUNIT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7397
ポリマ－72,4624
非ポリマー2763
水5,783321
1
A: WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5
D: KAT8 REGULATORY NSL COMPLEX SUBUNIT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4154
ポリマ－36,2312
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-8.8 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
2
B: WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5
C: KAT8 REGULATORY NSL COMPLEX SUBUNIT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3233
ポリマ－36,2312
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.760, 92.450, 81.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99994, 0.0076, -0.0078), (-0.0076, -0.99997, -0.00091), (-0.00781, -0.00085, 0.99997)11.55323, -22.66982, -40.55124
2given(-0.99989, -0.00911, 0.01185), (0.00912, -0.99996, 0.00102), (0.01184, 0.00113, 0.99993)12.44732, -22.64658, 40.65837

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要素

#1: タンパク質 WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5 / BMP2-INDUCED 3-KB GENE PROTEIN


分子量: 34620.289 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 23-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPROEXHTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド KAT8 REGULATORY NSL COMPLEX SUBUNIT 1 / KANSL1 / MLL1/MLL COMPLEX SUBUNIT KANSL1 / MSL1 HOMOLOG 1 / HMSL1V1 / NSL COMPLEX PROTEIN NSL1 / ...KANSL1 / MLL1/MLL COMPLEX SUBUNIT KANSL1 / MSL1 HOMOLOG 1 / HMSL1V1 / NSL COMPLEX PROTEIN NSL1 / NON-SPECIFIC LETHAL 1 HOMOLOG


分子量: 1610.834 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 585-598 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z3B3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 26% (W/V) PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.793
11-h,-k,l20.207
反射解像度: 1.5→100 Å / Num. obs: 90649 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 2.38 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G99

2g99


解像度: 1.5→40.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.82 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18344 4494 5 %RANDOM
Rwork0.16989 ---
obs0.17057 86154 96.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.934 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å20 Å20.74 Å2
2--4.49 Å20 Å2
3----3.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4891 0 18 321 5230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0195022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0071.9456807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.665311021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8155628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.66324.815189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.5615863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9871510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4437.1962524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.44360.3932523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.541.1982498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.5535001
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.65754890
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 306 -
Rwork0.246 5563 -
obs--84.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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