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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cy1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the KANSL1-WDR5 complex. | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / EPIGENETIC REGULATOR / HISTONE ACETYLATION / CHROMATIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of mitochondrial transcription / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone acetyltransferase binding ...regulation of mitochondrial transcription / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone acetyltransferase binding / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / regulation of cell division / MLL1 complex / regulation of embryonic development / histone acetyltransferase complex / : / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / kinetochore / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / mitotic spindle / HATs acetylate histones / Neddylation / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dias, J. / Brettschneider, J. / Cusack, S. / Kadlec, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Analysis of the Kansl1/Wdr5/Kansl2 Complex Reveals that Wdr5 is Required for Efficient Assembly and Chromatin Targeting of the Nsl Complex. 著者: Dias, J. / Van Nguyen, N. / Georgiev, P. / Gaub, A. / Brettschneider, J. / Cusack, S. / Kadlec, J. / Akhtar, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 246.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34620.289 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 23-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1610.834 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 585-598 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 26% (W/V) PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月29日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.939 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.5→100 Å / Num. obs: 90649 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 2.38 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.6 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2G99 解像度: 1.5→40.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.82 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.934 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.58 Å
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拘束条件 |
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