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- PDB-4cu5: C-terminal domain of endolysin from phage CD27L is a trigger and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cu5
タイトルC-terminal domain of endolysin from phage CD27L is a trigger and release factor
要素ENDOLYSIN
キーワードHYDROLASE / BACTERIAL LYSIS / BACTERIOPHAGE / AUTOPROTEOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12090 / : / Ami_3 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, catalytic domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CLOSTRIDIUM PHAGE PHICD27 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Dunne, M. / Mertens, H.D.T. / Garefalaki, V. / Jeffries, C.M. / Thompson, A. / Lemke, E.A. / Svergun, D.I. / Mayer, M.J. / Narbad, A. / Meijers, R.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2014
タイトル: The CD27L and CTP1L endolysins targeting Clostridia contain a built-in trigger and release factor.
著者: Matthew Dunne / Haydyn D T Mertens / Vasiliki Garefalaki / Cy M Jeffries / Andrew Thompson / Edward A Lemke / Dmitri I Svergun / Melinda J Mayer / Arjan Narbad / Rob Meijers /
要旨: The bacteriophage ΦCD27 is capable of lysing Clostridium difficile, a pathogenic bacterium that is a major cause for nosocomial infection. A recombinant CD27L endolysin lyses C. difficile in vitro, ...The bacteriophage ΦCD27 is capable of lysing Clostridium difficile, a pathogenic bacterium that is a major cause for nosocomial infection. A recombinant CD27L endolysin lyses C. difficile in vitro, and represents a promising alternative as a bactericide. To better understand the lysis mechanism, we have determined the crystal structure of an autoproteolytic fragment of the CD27L endolysin. The structure covers the C-terminal domain of the endolysin, and represents a novel fold that is identified in a number of lysins that target Clostridia bacteria. The structure indicates endolysin cleavage occurs at the stem of the linker connecting the catalytic domain with the C-terminal domain. We also solved the crystal structure of the C-terminal domain of a slow cleaving mutant of the CTP1L endolysin that targets C. tyrobutyricum. Two distinct dimerization modes are observed in the crystal structures for both endolysins, despite a sequence identity of only 22% between the domains. The dimers are validated to be present for the full length protein in solution by right angle light scattering, small angle X-ray scattering and cross-linking experiments using the cross-linking amino acid p-benzoyl-L-phenylalanine (pBpa). Mutagenesis on residues contributing to the dimer interfaces indicates that there is a link between the dimerization modes and the autocleavage mechanism. We show that for the CTP1L endolysin, there is a reduction in lysis efficiency that is proportional to the cleavage efficiency. We propose a model for endolysin triggering, where the extended dimer presents the inactive state, and a switch to the side-by-side dimer triggers the cleavage of the C-terminal domain. This leads to the release of the catalytic portion of the endolysin, enabling the efficient digestion of the bacterial cell wall.
履歴
登録2014年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ENDOLYSIN
B: ENDOLYSIN
C: ENDOLYSIN
D: ENDOLYSIN
E: ENDOLYSIN
F: ENDOLYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5886
ポリマ－57,5886
非ポリマー00
水7,170398
1
A: ENDOLYSIN
F: ENDOLYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1962
ポリマ－19,1962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-12.6 kcal/mol
Surface area8880 Å2
手法PISA
2
C: ENDOLYSIN
D: ENDOLYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1962
ポリマ－19,1962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-6.3 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
3
B: ENDOLYSIN

E: ENDOLYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1962
ポリマ－19,1962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area1370 Å2
ΔGint-13.9 kcal/mol
Surface area8900 Å2
手法PISA
4
E: ENDOLYSIN

B: ENDOLYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1962
ポリマ－19,1962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
Buried area1370 Å2
ΔGint-13.9 kcal/mol
Surface area8900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.301, 82.069, 83.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.13946, -0.98581, -0.09342), (-0.98866, 0.13331, 0.06915), (-0.05571, 0.102, -0.99322)64.19413, 51.76518, 56.93515
2given(-0.36315, -0.68364, 0.63306), (-0.82825, -0.07436, -0.55541), (0.42677, -0.72602, -0.53922)37.57268, 87.94412, 108.79923
3given(0.72077, 0.27116, -0.63794), (0.16283, 0.82832, 0.53606), (0.67378, -0.49025, 0.55288)20.38918, -2.57644, 59.10724
4given(0.9495, 0.18209, 0.25554), (0.07803, -0.92583, 0.36979), (0.30392, -0.33118, -0.89328)1.44985, 144.36462, 30.12208
5given(-0.05393, 0.96281, 0.26473), (0.96433, -0.01858, 0.26405), (0.25915, 0.26953, -0.92747)-46.31194, 44.5497, -0.12484

-
要素

#1: タンパク質
ENDOLYSIN


分子量: 9598.022 Da / 分子数: 6 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 186-270 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PHAGE PHICD27 (ファージ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6SBV8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 10 % PEG 20K AND 20 MM TRIS PH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→30 Å / Num. obs: 24189 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.24→2.37 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.24→33.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 7.392 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24741 1296 5.1 %RANDOM
Rwork0.18577 ---
obs0.18892 24189 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.874 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→33.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4044 0 0 398 4442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.024125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.9585557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77939178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.815506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.6525180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9415759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6961512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.236→2.294 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 94 -
Rwork0.294 1602 -
obs--89.97 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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