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- PDB-4csw: Rhodothermus marinus YCFD-like ribosomal protein L16 Arginyl hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4csw
タイトルRhodothermus marinus YCFD-like ribosomal protein L16 Arginyl hydroxylase
要素CUPIN 4 FAMILY PROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-OXOGLUTARATE AND IRON DEPENDENT OXYGENASE / DOUBLE STRANDED BETA HELIX FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase; Chain A, Domain 2 / ROXA-like, winged helix / ROXA-like winged helix / JmjC domain-containing / JmjC domain / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. ...50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase; Chain A, Domain 2 / ROXA-like, winged helix / ROXA-like winged helix / JmjC domain-containing / JmjC domain / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / Chem-UN9 / Cupin 4 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.821 Å
データ登録者McDonough, M.A. / Sekirnik, R. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Ribosomal oxygenases are structurally conserved from prokaryotes to humans.
著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. ...著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Doherty, A.J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2014年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32014年6月25日Group: Database references
改定 1.42018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CUPIN 4 FAMILY PROTEIN
B: CUPIN 4 FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5077
ポリマ－91,6062
非ポリマー9005
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-57.3 kcal/mol
Surface area33400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.300, 87.690, 90.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2063-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9266, -0.0858, -0.3661), (-0.0768, -0.91, 0.4075), (-0.3681, 0.4057, 0.8366)
ベクター: -12.6149, 66.2535, -17.3413)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CUPIN 4 FAMILY PROTEIN / RIBOSOMAL PROTEIN L16 ARGINYL HYDROXYLASE


分子量: 45803.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア)
株: DSM 4252 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D0MK34

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非ポリマー , 5種, 146分子

#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-UN9 / N-[(1-CHLORO-4-HYDROXYISOQUINOLIN-3-YL)CARBONYL]GLYCINE / [(1-クロロ-4-ヒドロキシ-3-イソキノリニル)カルボニルアミノ]酢酸


分子量: 280.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9ClN2O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.66MM PROTEIN, 1MM MNCL2, 2MM IOX3, 50%(V/V) TACSIMATE, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→30.21 Å / Num. obs: 27522 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 70.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.82→2.89 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CCL

4ccl


解像度: 2.821→30.206 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 3767 7.2 %
Rwork0.1683 --
obs0.1712 27487 96.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.821→30.206 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6060 0 58 141 6259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8188628
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0632333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8206-2.85630.39161420.32071783X-RAY DIFFRACTION97
2.8563-2.89390.29341410.30311811X-RAY DIFFRACTION97
2.8939-2.93350.37871380.30981817X-RAY DIFFRACTION96
2.9335-2.97540.31641380.28571755X-RAY DIFFRACTION97
2.9754-3.01970.28231450.26811860X-RAY DIFFRACTION97
3.0197-3.06690.28841350.27561738X-RAY DIFFRACTION97
3.0669-3.11710.35491380.2651796X-RAY DIFFRACTION97
3.1171-3.17080.26681410.24931792X-RAY DIFFRACTION97
3.1708-3.22840.27981430.23491833X-RAY DIFFRACTION95
3.2284-3.29040.27571260.22271672X-RAY DIFFRACTION95
3.2904-3.35750.29791450.21321825X-RAY DIFFRACTION96
3.3575-3.43040.28291360.20941711X-RAY DIFFRACTION95
3.4304-3.51010.26151360.19321803X-RAY DIFFRACTION96
3.5101-3.59770.22791350.20141807X-RAY DIFFRACTION95
3.5977-3.69480.28941320.20571719X-RAY DIFFRACTION94
3.6948-3.80340.22171360.17791762X-RAY DIFFRACTION95
3.8034-3.92590.19951420.15151823X-RAY DIFFRACTION96
3.9259-4.06590.18611380.14981729X-RAY DIFFRACTION97
4.0659-4.22820.19341430.14541801X-RAY DIFFRACTION98
4.2282-4.42010.19131420.12551819X-RAY DIFFRACTION98
4.4201-4.65240.1341450.11591856X-RAY DIFFRACTION99
4.6524-4.94270.16151410.11491833X-RAY DIFFRACTION99
4.9427-5.32240.14441420.12221841X-RAY DIFFRACTION99
5.3224-5.85450.18731440.13881809X-RAY DIFFRACTION99
5.8545-6.69360.19221430.1581833X-RAY DIFFRACTION98
6.6936-8.4030.19971390.15231818X-RAY DIFFRACTION99
8.403-30.20750.15051410.13811823X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.36260.33150.0390.8242-0.67543.7205-0.0293-0.1238-0.25340.01620.0374-0.0210.31810.12620.00510.45280.0944-0.00080.4957-0.0120.5187.179219.676430.6365
24.3835-0.45980.2751.4157-0.8720.7654-0.03950.43890.2777-0.1542-0.0472-0.0770.13510.10420.11780.5910.00960.04430.4763-0.02690.409-11.769241.84098.7154
33.30160.7741.65532.64561.02021.6738-0.21120.19660.46780.00290.0969-0.4108-0.41880.37430.05620.5241-0.0871-0.02820.6066-0.02350.661417.867748.257822.1452
42.39230.484-0.57013.51750.49382.2367-0.0842-0.21140.56540.2725-0.05850.4768-0.39190.04030.12880.60150.0904-0.06080.5447-0.03940.7007-33.716461.632813.933
52.8894-1.45890.46851.5284-0.09670.1505-0.0537-0.1696-0.1033-0.04860.11980.0657-0.05440.1234-0.04740.51320.00070.02170.653-0.03130.5061-8.017836.485911.2779
63.40251.0444-1.19972.2189-1.24423.2069-0.07360.0367-0.1413-0.12870.03260.06210.5077-0.3350.02750.6057-0.03740.01830.5122-0.04040.4863-37.57831.207414.4786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 228 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 229 THROUGH 290 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 291 THROUGH 389 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 2 THROUGH 203 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 204 THROUGH 266 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 267 THROUGH 389 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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