PDB-4cst: Crystal structure of FimH in complex with 3'-Chloro-4'-(alpha-D-m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cst

タイトル

Crystal structure of FimH in complex with 3'-Chloro-4'-(alpha-D-mannopyranosyloxy)-biphenyl-4-carbonitrile

要素

PROTEIN FIMH

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / FIMH ANTAGONISTS / TYPE I PILI / UTI / UPEC / ADHESIN

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Kleeb, S. / Pang, L. / Mayer, K. / Sigl, A. / Eris, D. / Preston, R.C. / Zihlmann, P. / Abgottspon, D. / Hutter, A. / Scharenberg, M. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Fimh Antagonists: Bioisosteres to Improve the in Vitro and in Vivo Pk/Pd Profile.
著者: Ernst, B. / Kleeb, S. / Pang, L. / Mayer, K. / Eris, D. / Sigl, A. / Zihlmann, P. / Preston, R.C. / Sharpe, T. / Jakob, R. / Abgottspon, D. / Hutter, A.S. / Scharenberg, M. / Jiang, X. / ...

履歴

登録	2014年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月25日	Group: Database references
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cst.cif.gz	116.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cst.ent.gz	90.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cst.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cst_validation.pdf.gz	632.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cst_full_validation.pdf.gz	632.3 KB	表示
XML形式データ	4cst_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	4cst_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/4cst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/4cst	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cssC 1uwfS 4csy C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6g2s-5 3zl1-1 5jcr-2 4x5q-d 4x5r-3 4av5-2 5mts-1 4xo8-2 7ayn-2 6g2r-1 4att-d 6gty-4 5cgb-2 5mts-2 3mcy-4 6gtw-4 5l4w-1 6gty-2 4av0-1 5fwr-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN FIMH

ヘテロ分子

17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.840, 55.890, 61.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PROTEIN FIMH 分子量: 17440.479 Da / 分子数: 1 / 断片: LECTIN DOMAIN, RESIDUES 22-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: P08191
#2: 化合物	ChemComp-CWK / 3'-chloro-4'-(alpha-D-mannopyranosyloxy)biphenyl-4-carbonitrile / 3′-クロロ-4′-(α-D-マンノピラノシルオキシ)-1,1′-ビフェニル-4-カルボニトリル分子量: 391.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₈ClNO₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0003
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→23.5 Å / Num. obs: 66470 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 9.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 76.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UWF

1uwf

解像度: 1.1→23.477 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 0.24 / 位相誤差: 10.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.13	6219	4.9 %
R_work	0.1136	-	-
obs	0.1144	127345	97.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→23.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1199	0	27	284	1510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1321
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.53	1827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.167	457
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	211
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	238

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0998-1.1123	0.2038	157	0.1944	3004	X-RAY DIFFRACTION	73
1.1123-1.1254	0.1801	175	0.1812	3450	X-RAY DIFFRACTION	84
1.1254-1.1391	0.1606	179	0.167	3719	X-RAY DIFFRACTION	88
1.1391-1.1536	0.1642	211	0.1459	3823	X-RAY DIFFRACTION	93
1.1536-1.1687	0.1435	212	0.135	3941	X-RAY DIFFRACTION	95
1.1687-1.1847	0.1255	158	0.1241	4057	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1847-1.2017	0.1463	260	0.1186	3948	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2017-1.2196	0.1457	185	0.1231	4131	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2196-1.2387	0.1314	188	0.1181	4059	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2387-1.259	0.1244	223	0.1157	4027	X-RAY DIFFRACTION	99
1.259-1.2807	0.1201	215	0.1086	4160	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2807-1.304	0.1413	212	0.1265	4099	X-RAY DIFFRACTION	99
1.304-1.329	0.1176	238	0.1116	4142	X-RAY DIFFRACTION	100
1.329-1.3562	0.1523	242	0.1094	4148	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3562-1.3857	0.1233	206	0.1085	4109	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3857-1.4179	0.1396	212	0.1064	4167	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4179-1.4533	0.1293	212	0.1016	4172	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4533-1.4926	0.13	239	0.0981	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4926-1.5365	0.1118	180	0.1009	4223	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5365-1.5861	0.1286	221	0.0913	4145	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5861-1.6428	0.1444	207	0.0961	4162	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6428-1.7086	0.1004	173	0.0992	4180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7086-1.7863	0.1376	227	0.1048	4143	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7863-1.8804	0.1273	171	0.105	4227	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8804-1.9982	0.122	225	0.1072	4091	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9982-2.1524	0.1252	219	0.0991	4136	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1524-2.3688	0.1359	219	0.1125	4133	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3688-2.7111	0.1216	205	0.1176	4147	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7111-3.414	0.1422	214	0.1157	4168	X-RAY DIFFRACTION	100
3.414-23.4822	0.1164	234	0.1233	4133	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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