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- PDB-4crw: Complex of human DDX6 (RECA-C) and CNOT1 (MIF4G) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4crw
タイトルComplex of human DDX6 (RECA-C) and CNOT1 (MIF4G)
要素
  • CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
  • PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
キーワードGENE REGULATION / CCR4-NOT / TRANSLATIONAL REPRESSION / MRNA DECAPPING / DEAD-BOX PROTEIN / P54 / RCK / HELICASE / MRNA SILENCING / MRNA DEADENYLATION / EIF4A / TRANSLATION / MIRNA / P-BODIES
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / armadillo repeat domain binding / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening ...positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / armadillo repeat domain binding / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / trophectodermal cell differentiation / viral RNA genome packaging / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Deadenylation of mRNA / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / nuclear retinoic acid receptor binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / P-body assembly / RISC complex / peroxisomal membrane / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / stem cell population maintenance / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of neuron differentiation / stress granule assembly / nuclear estrogen receptor binding / helicase activity / P-body / neuron differentiation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / negative regulation of translation / RNA helicase / cadherin binding / protein domain specific binding / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular space / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 ...CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chen, Y. / Boland, A. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: A Ddx6-Cnot1 Complex and W-Binding Pockets in Cnot9 Reveal Direct Links between Mirna Target Recognition and Silencing
著者: Chen, Y. / Boland, A. / Kuzuoglu-Ozturk, D. / Bawankar, P. / Loh, B. / Chang, C.T. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
履歴
登録2014年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
B: PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5549
ポリマ－47,9092
非ポリマー6457
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.900, 90.840, 95.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 / CNOT1 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 1 / NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 HOMOLOG / NOT1H / HNOT1


分子量: 26783.146 Da / 分子数: 1 / 断片: CNOT1 MIF4G DOMAIN, RESIDUES 1093-1317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETMCN (PNEA) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: A5YKK6
#2: タンパク質 PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6 / DDX6 / ATP-DEPENDENT RNA HELICASE P54 / DEAD BOX PROTEIN 6 / ONCOGENE RCK / ME31B HOMOLOG


分子量: 21126.096 Da / 分子数: 1 / 断片: DDX6 RECA-C DOMAIN, RESIDUES 307-483 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PRSFDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: P26196, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG OF CHAIN A. THE FIVE N-TERMINAL RESIDUES ...THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG OF CHAIN A. THE FIVE N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG OF CHAIN B. SEQUENCE NUMBERS ARE SHIFTED BY -11 RESIDUES ACCORDING TO PDB 2WAX AND NCBI GI 458727.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.1M TRIS-CL PH=8, 16% PEG6000,, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月27日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→65.9 Å / Num. obs: 39120 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.79 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2WAX (CHAIN A), 4GML (CHAIN A)

2wax

4gml


解像度: 1.75→47.885 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.21 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS. TLS PARAMETERS WERE REFINED. SIDE CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES HAVE DOUBLE CONFORMATIONS. CHAIN A, RESIDUES 1127, 1140. CHAIN B, RESIDUES ...詳細: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS. TLS PARAMETERS WERE REFINED. SIDE CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES HAVE DOUBLE CONFORMATIONS. CHAIN A, RESIDUES 1127, 1140. CHAIN B, RESIDUES 374. THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. CHAIN A, RESIDUES 1087 TO 1091. CHAIN B, RESIDUES 291 TO 295, 454 TO 472.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 -5 %
Rwork0.1616 --
obs0.1636 39110 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.885 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3140 0 42 193 3375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3064376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7461240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79380.26741480.22942590X-RAY DIFFRACTION99
1.7938-1.84230.26481370.21782643X-RAY DIFFRACTION99
1.8423-1.89650.23341360.20052600X-RAY DIFFRACTION99
1.8965-1.95770.22251390.1832624X-RAY DIFFRACTION99
1.9577-2.02770.21991380.172631X-RAY DIFFRACTION99
2.0277-2.10890.1861370.15972645X-RAY DIFFRACTION99
2.1089-2.20480.19071390.14992641X-RAY DIFFRACTION100
2.2048-2.32110.18031390.14892631X-RAY DIFFRACTION100
2.3211-2.46650.19851400.14652655X-RAY DIFFRACTION100
2.4665-2.65690.19551400.1442666X-RAY DIFFRACTION100
2.6569-2.92430.21741410.15332671X-RAY DIFFRACTION99
2.9243-3.34730.17191390.15412678X-RAY DIFFRACTION99
3.3473-4.21690.1841410.14672685X-RAY DIFFRACTION98
4.2169-47.90290.22581440.17922792X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1113-0.0718-0.61950.6329-0.0470.3962-0.11990.3603-0.4644-0.5771-0.02460.2768-0.00990.0865-0.00090.3129-0.00190.00780.2606-0.01560.2937-1.2027-9.8847-10.9956
20.59180.2564-0.29710.3594-0.22210.33730.1920.306-0.0793-0.1012-0.1623-0.41420.1673-0.0193-0.00020.25650.06270.01830.32490.02020.3189.0589-5.1988-8.2976
31.1330.79570.5981.0313-0.07390.8321-0.01360.3289-0.3404-0.4848-0.08960.02510.1824-0.13420.0010.28830.01420.01330.2106-0.03170.2232-2.5645-0.6696-15.4502
40.044-0.03450.14290.3446-0.04660.48090.06350.194-0.17840.0675-0.1301-0.3049-0.02710.19800.1339-0.00020.01090.20540.00470.22294.91135.0915-7.8381
50.57260.00720.64811.3008-0.29640.82460.08670.4396-0.2347-0.4376-0.1950.08710.09210.0371-0.00570.20260.00070.00570.21-0.00810.1549-2.95598.6657-19.6853
60.4845-0.12770.28192.9135-0.39823.617-0.0818-0.0945-0.1220.2097-0.03390.5917-0.1514-0.643-0.00170.22390.02790.03070.2742-0.02920.2734-12.418612.8923-10.4134
70.54310.4677-0.43511.2307-0.06371.71060.08050.2124-0.0142-0.2724-0.06080.0499-0.0678-0.0062-0.00030.1690.00370.00230.1976-0.00220.1713-5.771122.7243-18.5149
80.69270.2622-1.03462.0984-0.54551.8254-0.0379-0.2097-0.04060.22670.03210.1707-0.1514-0.14850.00010.20070.01510.00330.1952-0.00440.1999-9.672121.2875-9.5148
91.237-0.61880.39483.3005-0.38911.8712-0.0479-0.10670.09910.28140.0844-0.0094-0.234-0.06150.00030.24170.01390.00150.1852-00.1607-7.206429.7379-7.6186
101.705-1.2712-0.99412.7374-0.41291.5220.210.31520.0179-0.3072-0.0096-0.0867-0.3312-0.02330.00090.30130.05210.01090.25630.02160.2785-11.588933.0637-17.4297
111.53650.60980.17650.8306-0.52781.5796-0.02670.1672-0.2152-0.11120.03750.07860.2493-0.1049-0.00010.3081-0.0329-0.0050.21650.00080.3109-11.894-16.51010.4279
120.79460.3613-0.17982.035-0.64581.05390.0757-0.1873-0.2758-0.0435-0.1396-0.35670.24770.3837-0.01040.240.0023-0.01220.27730.05410.3032-0.9922-11.79719.6501
131.01920.21090.1621.08940.11490.66280.0688-0.315-0.12530.2359-0.101-0.0813-0.18470.1375-0.00020.2649-0.0609-0.02450.29920.04240.22010.6558-1.658112.9868
141.60831.2499-1.42512.4877-2.41382.38940.1082-0.97720.52551.90320.4280.2269-1.5434-1.08420.16840.784-0.0143-0.00950.64390.0230.3682-8.8583-2.78115.3437
150.75870.1330.59220.13540.09640.46270.0235-0.0763-0.08230.1261-0.0483-0.04760.065-0.17160.00020.229-0.04650.01660.2220.01520.2354-12.8883-12.37668.8938
160.3046-0.07330.10280.1720.04450.1139-0.0992-0.02640.4521-0.0165-0.0588-0.1626-0.2379-0.0520.00060.3258-0.03150.01510.3033-0.01410.3112-16.8493-7.051113.0242
171.82690.1924-0.09810.21070.47011.2233-0.14910.13720.52490.8470.11010.3513-0.8038-0.1698-0.02220.4899-0.0228-0.04350.2340.04590.4335-15.9502-5.48364.0295
181.72550.25660.82031.07590.55521.18420.04070.3281-0.106-0.3213-0.07640.62740.0483-0.3729-0.02650.4031-0.0439-0.02560.35830.02230.377-23.2798-17.24465.8114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1092 THROUGH 1105 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 1106 THROUGH 1123 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 1124 THROUGH 1142 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 1143 THROUGH 1158 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 1159 THROUGH 1177 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 1178 THROUGH 1202 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 1203 THROUGH 1228 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 1229 THROUGH 1248 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 1249 THROUGH 1290 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 1291 THROUGH 1317 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 296 THROUGH 320 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 321 THROUGH 358 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 359 THROUGH 379 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 380 THROUGH 391 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 392 THROUGH 403 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 404 THROUGH 414 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND (RESID 415 THROUGH 428 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND (RESID 429 THROUGH 453 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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