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- PDB-4cij: Structure of Rolling Circle Replication Initiator Protein from Ge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cij
タイトルStructure of Rolling Circle Replication Initiator Protein from Geobacillus stearothermophilus.
要素GST REP
キーワードISOMERASE / CELL CYCLE / ROLLING CIRCLE REPLICATION / ANTIBIOTIC RESISTANCE / TYPE I TOPOISOMERASE
生物種GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Carr, S.B. / Phillips, S.E.V. / Thomas, C.D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structures of Replication Initiation Proteins from Staphylococcal Antibiotic Resistance Plasmids Reveal Protein Asymmetry and Flexibility are Necessary for Replication.
著者: Carr, S.B. / Phillips, S.E. / Thomas, C.D.
履歴
登録2013年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GST REP
B: GST REP
C: GST REP
D: GST REP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,5124
ポリマ－125,5124
非ポリマー00
水3,945219
1
B: GST REP
D: GST REP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7562
ポリマ－62,7562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-11.2 kcal/mol
Surface area25140 Å2
手法PISA
2
A: GST REP
C: GST REP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7562
ポリマ－62,7562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-11.9 kcal/mol
Surface area24360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.111, 136.848, 149.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
GST REP


分子量: 31378.123 Da / 分子数: 4 / 断片: DNA RELAXASE DOMAIN, RESIDUES 2-271 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
株: TK015 / 解説: NARUMI ET AL. BIOTECH LETT 15, 815-820 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: DNA topoisomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN CORRESPONDS TO TRANSLATION OF NUCLEOTIDES 794-1597 OF D29979

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2 M PROLINE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 10 % (V/V) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9163
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月30日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9163 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40.2 Å / Num. obs: 60795 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→40.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 13.812 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23457 3077 5.1 %RANDOM
Rwork0.19296 ---
obs0.19503 57652 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.222 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8720 0 0 219 8939
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0198910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.028638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.9512026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.271319806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17351064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54224.036446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.525151616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3511560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0210036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.022148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.21742
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2340.27539
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0410.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7646.3744268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7616.3724267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.7879.5475328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7016.9064642
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.47110.1076698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 246 -
Rwork0.275 4160 -
obs--98.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4121-0.3280.37960.77430.08980.7678-0.00380.05620.00310.16290.0045-0.0193-0.00640.1034-0.00070.1775-0.0222-0.03030.03450.0130.05447.498536.089141.2757
20.68-0.3078-0.20130.72790.17820.2776-0.0275-0.02860.0292-0.09380.0873-0.0524-0.1509-0.0135-0.05980.2120.00230.01780.0188-0.00420.04220.490718.716878.7311
31.0484-0.60890.36050.5618-0.04770.82530.2218-0.0244-0.2378-0.0172-0.04960.20830.1894-0.2009-0.17220.1396-0.0636-0.06930.06440.04380.187823.814621.207425.7119
41.1384-0.11040.14730.62780.21610.1946-0.05880.076-0.24070.02050.0380.0083-0.0251-0.02970.02080.1288-0.0230.06010.0545-0.06270.116921.7049-12.298968.906
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 267
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 267
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 267
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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