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- PDB-4cfh: Structure of an active form of mammalian AMPK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cfh
タイトルStructure of an active form of mammalian AMPK
要素
  • (5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA- ...) x 2
  • (5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / TRANSFERASE PHOSPHORYLATION / ACTIVE FORM / NUCLEOTIDE-BINDING / STAUROSPORINE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / positive regulation of mitochondrial transcription / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity ...eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / positive regulation of mitochondrial transcription / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / histone H2BS36 kinase activity / cold acclimation / AMP-activated protein kinase activity / lipid droplet disassembly / Lipophagy / regulation of carbon utilization / positive regulation of skeletal muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / import into nucleus / regulation of vesicle-mediated transport / nucleotide-activated protein kinase complex / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of fatty acid oxidation / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine shuttle / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / tau-protein kinase / protein kinase regulator activity / negative regulation of TOR signaling / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to caffeine / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / regulation of glycolytic process / protein localization to lipid droplet / negative regulation of tubulin deacetylation / AMP binding / Macroautophagy / cholesterol biosynthetic process / lipid biosynthetic process / cellular response to stress / fatty acid oxidation / motor behavior / cellular response to ethanol / fatty acid homeostasis / negative regulation of lipid catabolic process / cellular response to nutrient levels / response to UV / cellular response to glucose starvation / energy homeostasis / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of protein localization / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of adipose tissue development / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of autophagy / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cellular response to calcium ion / regulation of microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of glycolytic process / response to activity / response to gamma radiation / positive regulation of D-glucose import / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / response to hydrogen peroxide / regulation of circadian rhythm / neuron cellular homeostasis / ADP binding / positive regulation of T cell activation / autophagy / response to estrogen / Wnt signaling pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / glucose metabolic process / fatty acid biosynthetic process / rhythmic process / cellular response to prostaglandin E stimulus / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / negative regulation of translation / nuclear speck / ciliary basal body / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / axon / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / neuronal cell body / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain ...PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / STAUROSPORINE / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. ...Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. / Saiu, P. / Howell, S.A. / Aasland, R. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of Mammalian Ampk and its Regulation by Adp
著者: Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. / Saiu, P. / Howell, S.A. / Aasland, R. / Martin, S.R. ...著者: Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. / Saiu, P. / Howell, S.A. / Aasland, R. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2013年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2013年12月25日ID: 2Y94
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1
B: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2
C: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1
E: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,9497
ポリマ－107,7884
非ポリマー1,1613
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13440 Å2
ΔGint-85.5 kcal/mol
Surface area40040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.917, 133.917, 141.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA- ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1 / AMPK SUBUNIT ALPHA-1


分子量: 57248.484 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 13-481 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PROTEASE RECOGNITION SITES WERE ENGINEERED INTO THE ALPHA SUBUNIT AT BOTH ENDS OF A LARGE FLEXIBLE LOOP IN THE C-TERMINAL REGION (RESIDUES 470 TO 524), RESIDUES 471 TO 523 WERE REMOVED FROM ...詳細: PROTEASE RECOGNITION SITES WERE ENGINEERED INTO THE ALPHA SUBUNIT AT BOTH ENDS OF A LARGE FLEXIBLE LOOP IN THE C-TERMINAL REGION (RESIDUES 470 TO 524), RESIDUES 471 TO 523 WERE REMOVED FROM THE PROTEIN, RESIDUES 523 TO 548 ARE GIVEN AS CHAIN C
由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P54645, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: タンパク質・ペプチド 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1 / AMPK SUBUNIT ALPHA-1


分子量: 3064.600 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 535-559 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PROTEASE RECOGNITION SITES WERE ENGINEERED INTO THE SUBUNIT ALPHA AT BOTH ENDS OF A LARGE FLEXIBLE LOOP IN THE C-TERMINAL REGION (RESIDUES 470 AND 524), RESIDUES 471 TO 523 WERE REMOVED FROM ...詳細: PROTEASE RECOGNITION SITES WERE ENGINEERED INTO THE SUBUNIT ALPHA AT BOTH ENDS OF A LARGE FLEXIBLE LOOP IN THE C-TERMINAL REGION (RESIDUES 470 AND 524), RESIDUES 471 TO 523 WERE REMOVED FROM THE PROTEIN, RESIDUES 2 TO 470 ARE GIVEN AS CHAIN A
由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P54645, non-specific serine/threonine protein kinase

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5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT ... , 2種, 2分子 BE

#2: タンパク質 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2


分子量: 10040.813 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 187-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O43741
#4: タンパク質 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 / AMPK SUBUNIT ALPHA-1 / AMPK GAMMA1 / AMPK SUBUNIT GAMMA-1 / AMPKG


分子量: 37434.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P80385

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非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE


分子量: 466.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3 / コメント: 抗生剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細U40819 IN PUBMED. THE 19 RESIDUES (MSHHHHHHSSGLEVLFQGP)AT THE N-TERMINAL ARE EXPRESSION TAG. ...U40819 IN PUBMED. THE 19 RESIDUES (MSHHHHHHSSGLEVLFQGP)AT THE N-TERMINAL ARE EXPRESSION TAG. RESIDUES 471 TO 523 ARE REMOVED TO FAVOUR CRYSTALLIZATION, THE 6 RESIDUES (LEVLFQ) ARE EXPRESSION TAG AT THIS SITE. M AT THE N-TERMINAL IS EXPRESSION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP METHOD WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 8% ISOPROPANOL AND 5% MPD AS PRECIPITANT IN 0.1M TRIS AT PH 7.5 AT 18 DEGREES.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→29.53 Å / Num. obs: 18662 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.24→3.44 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2V8Q AND 2H6D

2v8q

2h6d


解像度: 3.24→29.53 Å / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2677 989 5 %
Rwork0.2325 --
obs0.2343 19619 93.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.24→29.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6348 0 81 0 6429
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.24-3.41060.35681460.34122683X-RAY DIFFRACTION96
3.4106-3.62390.29671520.28932682X-RAY DIFFRACTION96
3.6239-3.90320.28231400.26622669X-RAY DIFFRACTION95
3.9032-4.29490.27081310.23112679X-RAY DIFFRACTION94
4.2949-4.91390.2441540.21042637X-RAY DIFFRACTION93
4.9139-6.18170.29031340.23482679X-RAY DIFFRACTION93
6.1817-29.53330.24391320.20942601X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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