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万見
- PDB-4c9g: Structure of yeast mitochondrial ADP/ATP carrier isoform 2 inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c9g
タイトルStructure of yeast mitochondrial ADP/ATP carrier isoform 2 inhibited by carboxyatractyloside (C2221 crystal form)
要素ADP, ATP CARRIER PROTEIN 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MITOCHONDRIAL CARRIER / ADP/ATP CARRIER
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial Uncoupling / Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / ADP transport / mitochondrial ADP transmembrane transport / Mitochondrial protein import / ATP:ADP antiporter activity / mitochondrial ATP transmembrane transport / heme transport / ATP transport / Mitochondrial protein degradation ...Mitochondrial Uncoupling / Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / ADP transport / mitochondrial ADP transmembrane transport / Mitochondrial protein import / ATP:ADP antiporter activity / mitochondrial ATP transmembrane transport / heme transport / ATP transport / Mitochondrial protein degradation / cardiolipin binding / anaerobic respiration / peroxisomal membrane / mitochondrial transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / aerobic respiration / transmembrane transport / mitochondrial inner membrane / apoptotic process / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
ADP/ATP carrier protein, eukaryotic type / Mitochondrial carrier fold / Mitochondrial carrier domain / Mitochondrial carrier protein / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile. / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / Carboxyatractyloside / ADP,ATP carrier protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Ruprecht, J.J. / Hellawell, A.M. / Harding, M. / Crichton, P.G. / McCoy, A.J. / Kunji, E.R.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structures of Yeast Mitochondrial Adp/ATP Carriers Support a Domain-Based Alternating-Access Transport Mechanism
著者: Ruprecht, J.J. / Hellawell, A.M. / Harding, M. / Crichton, P.G. / Mccoy, A.J. / Kunji, E.R.S.
履歴
登録2013年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP, ATP CARRIER PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9386
ポリマ－34,4681
非ポリマー5,4695
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.900, 105.670, 98.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ADP, ATP CARRIER PROTEIN 2 / ADP/ATP TRANSLOCASE 2 / ADENINE NUCLEOTIDE TRANSLOCATOR 2 / ANT 2 / PETITE COLONIES PROTEIN 9 / ADP- ...ADP/ATP TRANSLOCASE 2 / ADENINE NUCLEOTIDE TRANSLOCATOR 2 / ANT 2 / PETITE COLONIES PROTEIN 9 / ADP-ATP CARRIER ISOFORM 2


分子量: 34468.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PYES3 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): WB12 / 参照: UniProt: P18239
#2: 化合物 ChemComp-CXT / Carboxyatractyloside / 15α-ヒドロキシ-2β-[[2-O-(3-メチル-1-オキソブチル)-3-O,4-O-ジスルホ-β-D-グルコピラノ(以下略)


分子量: 770.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O18S2
#3: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#4: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
非ポリマーの詳細CARDIOLIPIN (CDL): CARDIOLIPIN ACYL CHAINS ARE MODELLED IN PART

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1M TRIS PH 8.5, 10MM SODIUM CITRATE, 8% T-BUTANOL, 28% PEG600, 0.2% (W/V) NONYL GLUCOSIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→36.05 Å / Num. obs: 12639 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 55.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OKC

1okc


解像度: 2.49→36.047 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.52 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 160-167 AND 215-227 ARE UNMODELLED OWING TO POOR DENSITY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2973 1138 4.8 %
Rwork0.259 --
obs0.2608 12532 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→36.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1985 0 175 0 2160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9072972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.254823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002359
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.60330.40481600.35632768X-RAY DIFFRACTION100
2.6033-2.74050.35071460.32992771X-RAY DIFFRACTION100
2.7405-2.91210.3681360.28072838X-RAY DIFFRACTION100
2.9121-3.13690.33411500.2882803X-RAY DIFFRACTION100
3.1369-3.45230.28441440.25732808X-RAY DIFFRACTION100
3.4523-3.95130.33931300.2552829X-RAY DIFFRACTION100
3.9513-4.97620.28121170.23572818X-RAY DIFFRACTION100
4.9762-36.0510.24031550.2442792X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3888-0.3083-0.89230.40640.11774.09320.3272-0.51640.27020.7085-0.14740.2185-0.90610.2685-0.70951.2556-0.17530.87550.7218-0.09261.036413.190623.8435-5.3274
20.26360.1094-0.4142.1397-0.0421.06330.4617-0.14710.37242.0281-0.28751.4108-0.17520.0103-0.09190.9935-0.11280.25690.5266-0.00910.692519.216522.2431-13.0477
31.8836-0.6076-0.22643.81940.48022.5773-0.1984-0.1695-0.50071.5397-0.30610.00010.90840.03940.2181.7567-0.187-0.36580.5950.11310.651425.21437.9999-7.4534
42.01940.24281.23414.8445-1.03573.7887-0.04950.30570.1368-0.07070.27920.88310.1306-0.0519-0.1740.2381-0.0810.09980.48250.03170.494217.973720.7546-23.3439
50.58760.44240.47561.18960.98071.5390.1978-0.82880.32460.4494-0.06760.3892-0.35210.1017-0.21760.8085-0.03590.91420.8134-0.08381.76816.306929.6814-9.3426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 24 THROUGH 52 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 53 THROUGH 156 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 157 THROUGH 192 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 193 THROUGH 287 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 288 THROUGH 309 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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