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万見
- PDB-4c41: Corticosteroid-binding globulin with engineered disulphide bridge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c41
タイトルCorticosteroid-binding globulin with engineered disulphide bridge between residues 100 and 236
要素CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SERPIN / ENGINEERED DISULPHIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / molecular carrier activity / Prednisone ADME / steroid binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Corticosteroid-binding globulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chan, W.L. / Zhou, A. / Read, R.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Towards Engineering Hormone-Binding Globulins as Drug Delivery Agents.
著者: Chan, W.L. / Zhou, A. / Read, R.J.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6461
ポリマ－41,6461
非ポリマー00
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.130, 73.390, 126.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN / CBG / SERPIN A6 / TRANSCORTIN


分子量: 41645.504 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 33-405 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BLOOD / プラスミド: PSUMO 3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P08185
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE OF OUR PROTEIN DIFFERS FROM WILD TYPE BY 3 MUTATIONS (S100C, V236C, T361R).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.3 / 詳細: 15% PEG3350, 0.2M NACL, 50MM MES, PH 5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.98 Å / Num. obs: 31617 / % possible obs: 84.7 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8.47
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: DEV_1702)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VDY

2vdy


解像度: 1.8→39.977 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 1570 5 %
Rwork0.176 --
obs0.1775 31460 84.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2820 0 0 295 3115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8034090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6881070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003523
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.85810.26361530.25673078X-RAY DIFFRACTION97
1.8581-1.92450.25491010.23831935X-RAY DIFFRACTION70
1.9245-2.00160.2693930.21282044X-RAY DIFFRACTION74
2.0016-2.09270.24181420.19782540X-RAY DIFFRACTION81
2.0927-2.2030.19461710.18553092X-RAY DIFFRACTION97
2.203-2.3410.23441240.18182540X-RAY DIFFRACTION79
2.341-2.52170.21371600.17743008X-RAY DIFFRACTION95
2.5217-2.77540.20141550.17712866X-RAY DIFFRACTION89
2.7754-3.17690.18371630.17433060X-RAY DIFFRACTION94
3.1769-4.0020.2011450.16082639X-RAY DIFFRACTION81
4.002-39.98730.18231630.14443088X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58540.0614-0.42031.04570.15641.99030.0111-0.0627-0.02270.0966-0.0265-0.03490.06880.0890.02170.0831-0.0005-0.00790.1010.00310.132317.8756-3.5977-19.9951
20.8722-0.1710.35890.9324-0.44551.76430.0293-0.1330.15040.17140.0170.1468-0.1567-0.2376-0.05760.14140.00720.03980.1594-0.02530.1733.98324.8094-11.9165
33.59660.4403-1.51360.916-0.33932.20420.01870.16610.1873-0.04370.09680.2437-0.0172-0.2698-0.12050.11350.0009-0.01830.09550.00710.14045.69474.763-24.5224
41.559-0.10210.57533.1912-0.0262.1565-0.02720.082-0.0412-0.1303-0.0175-0.06310.12390.07570.05050.097-0.00820.03580.10760.00370.083524.18272.3708-46.2794
56.24191.7508-0.5954.7190.18494.99960.2013-0.1433-0.1103-0.2115-0.2253-0.32060.46340.2233-0.01310.14230.07050.02130.08370.01330.170828.0302-10.6348-38.0243
60.86870.4573-1.14790.734-0.79723.0397-0.10310.002-0.0808-0.06250.0174-0.00590.294-0.15030.09950.0976-0.0089-0.01430.1053-0.00550.130912.9428-5.9717-26.672
72.77952.7307-3.48753.129-3.77395.07820.02070.03830.04550.05870.03330.0927-0.0292-0.2634-0.06130.0996-0.0095-0.00270.1299-0.00630.11798.57410.7869-27.0911
80.89780.1628-1.26741.189-0.8335.3033-0.00560.013-0.0282-0.05320.0219-0.03760.03490.1136-0.01590.07540.0195-0.00130.062-0.00310.121821.2446-1.4594-38.4804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 15 THROUGH 112 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 113 THROUGH 155 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 156 THROUGH 184 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 185 THROUGH 246 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 247 THROUGH 269 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 270 THROUGH 317 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 318 THROUGH 348 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 349 THROUGH 383 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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