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- PDB-6xmy: Crystal Structure of 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xmy
タイトルCrystal Structure of 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase from Legionella pneumophila in complex with NAD
要素4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / cobalt ion binding / NAD binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / PdxA family / Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxA
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase from Legionella pneumophila in complex with NAD
著者: DeBouver, N.D. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22025年10月22日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,10111
ポリマ－35,7751
非ポリマー1,32610
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.350, 36.770, 56.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / 4-(phosphohydroxy)-L-threonine dehydrogenase


分子量: 35774.523 Da / 分子数: 1 / 断片: LepnA.00116.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: pdxA, lpg0299 / プラスミド: LepnA.00116.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q3V872, 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

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非ポリマー , 6種, 414分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: LepnA.00116.a.B1.PS38420 [Barcode: 314605h9, PuckID: gpx5-5, Cryo: 15% EG, Concentration: 14.95 mg/mL] 100 mM Bis-Tris/ Hydrochloric acid pH 5.5, 200 mM Lithium sulfate, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月13日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 59918 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.051 % / Biso Wilson estimate: 19.509 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 13.18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.4-1.443.4030.4993.0441660.8420.59292.6
1.44-1.484.0030.497442520.8920.57597.3
1.48-1.524.1360.4625.1641490.910.53297.6
1.52-1.574.1310.426.1440320.9310.48598.1
1.57-1.624.1590.3787.1739360.9320.43698.2
1.62-1.674.1380.3078.4738520.950.35498.8
1.67-1.744.1610.2489.9336900.9740.28698.7
1.74-1.814.150.20511.4235490.9790.23798.9
1.81-1.894.1290.16413.2734360.9850.18999.2
1.89-1.984.1580.12715.2232820.9890.14799.2
1.98-2.094.1310.09817.2431180.9930.11499.2
2.09-2.214.1310.08218.8229660.9930.09599.1
2.21-2.374.1020.07120.4427840.9940.08298.9
2.37-2.564.0880.06421.7526080.9950.07499.2
2.56-2.84.070.05923.1224140.9950.06999.1
2.8-3.134.0580.05524.5421500.9950.06398.7
3.13-3.614.0360.04826.1619220.9950.05698.1
3.61-4.433.9730.04627.3616100.9960.05397.8
4.43-6.263.9140.04727.4712810.9960.05497.9
6.26-503.5480.04826.477210.9940.05796.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R8K

1r8k


解像度: 1.4→40.23 Å / SU ML: 0.1328 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.0581
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1717 1950 3.25 %
Rwork0.138 57959 -
obs0.1391 59909 98.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→40.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2442 0 80 404 2926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00532687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90983689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0745439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8593990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.440.27861250.2283895X-RAY DIFFRACTION92.37
1.44-1.470.23791290.17714068X-RAY DIFFRACTION97.18
1.47-1.520.19111390.14354078X-RAY DIFFRACTION97.64
1.52-1.570.19351210.13434104X-RAY DIFFRACTION98.12
1.57-1.620.17871320.12734128X-RAY DIFFRACTION98.2
1.62-1.690.18981530.1274170X-RAY DIFFRACTION98.83
1.69-1.760.1761500.12614097X-RAY DIFFRACTION98.72
1.76-1.860.17061470.12934169X-RAY DIFFRACTION99.13
1.86-1.970.1871440.1284177X-RAY DIFFRACTION99.22
1.97-2.130.17221270.12934188X-RAY DIFFRACTION99.31
2.13-2.340.16071340.13284193X-RAY DIFFRACTION99.13
2.34-2.680.17161440.14194210X-RAY DIFFRACTION99.23
2.68-3.370.1671670.1414191X-RAY DIFFRACTION98.57
3.37-40.230.14541380.13744291X-RAY DIFFRACTION97.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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