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- PDB-6m72: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis MutT1 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m72
タイトルCrystal structure of Mycobacterium smegmatis MutT1 in complex with 8-oxo-dGDP
要素Hydrolase, NUDIX family protein
キーワードHYDROLASE / MsMutT1 / Nudix hydrolase / histidine phosphatase domain / Nucleotide pool sanitation enzyme / 8-oxo-dGDP / Molecular aggregation / plasticity / enzyme action
機能・相同性
機能・相同性情報


8-oxo-(d)GTP phosphatase / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / 8-oxo-dGDP phosphatase / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase family / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8GD / PYROPHOSPHATE 2- / 8-oxo-(d)GTP phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Raj, P. / Karthik, S. / Arif, S.M. / Varshney, U. / Vijayan, M.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR20529/BRB/10/1525/2016 インド
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Plasticity, ligand conformation and enzyme action of Mycobacterium smegmatis MutT1.
著者: Raj, P. / Karthik, S. / Arif, S.M. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Biochemical and structural studies of Mycobacterium smegmatis MutT1, a sanitization enzyme with unusual modes of association.
著者: Arif, S.M. / Patil, A.G. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Hydrolysis of diadenosine polyphosphates. Exploration of an additional role of Mycobacterium smegmatis MutT1.
著者: Arif, S.M. / Varshney, U. / Vijayan, M.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22023年11月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase, NUDIX family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7974
ポリマ－38,1531
非ポリマー6433
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.029, 37.090, 44.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Hydrolase, NUDIX family protein


分子量: 38153.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_2390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JW0097 / 参照: UniProt: A0QUZ2
#2: 化合物 ChemComp-8GD / 2'-deoxy-8-oxoguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate) / 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxy-guanosine-5'-diphosphate / 8-オキソ-dGDP


分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.49 Å / Num. obs: 42971 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.983 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.167 / Rsym value: 0.149 / Net I/av σ(I): 2.5 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.6-1.694.90.5461.362010.270.6130.546100
1.69-1.794.90.383258790.1890.4290.383100
1.79-1.914.90.2972.455190.1450.3320.29799.9
1.91-2.074.90.2063.252120.1010.230.20699.8
2.07-2.264.90.1783.647370.0860.1980.17899.6
2.26-2.534.90.1573.943220.0760.1750.15799.4
2.53-2.9250.1394.138310.0680.1550.13999.2
2.92-3.584.90.1274.332450.0610.1410.12798.5
3.58-5.064.90.1274.225430.0620.1420.12797.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GG5

5gg5


解像度: 1.6→36.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.436 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.1009 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Individual isotropic B-factor refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2448 2142 5 %RANDOM
Rwork0.2005 ---
obs0.2027 40547 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.72 Å2 / Biso mean: 20.223 Å2 / Biso min: 9.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.25 Å2-0 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→36.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2299 0 38 378 2715
Biso mean--25.98 33.11 -
残基数----291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0132467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0172300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.6633373
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3221.5865311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3265307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.21720145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.64115412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4551529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02551
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 189 -
Rwork0.272 2922 -
all-3111 -
obs--99.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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