+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3w9v | ||||||
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Title | Crystal structure of refolded DING protein | ||||||
Components | Phosphate-binding protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / DING / refolded / phosphate binding Apolipoprotein / phosphate | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | unidentified prokaryotic organism (environmental samples) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.031 Å | ||||||
Authors | Gai, Z.Q. / Nakamura, A. / Tanaka, Y. / Hirano, N. / Tanaka, I. / Yao, M. | ||||||
Citation | Journal: J.SYNCHROTRON RADIAT. / Year: 2013 Title: Crystal structure analysis, overexpression and refolding behaviour of a DING protein with single mutation. Authors: Gai, Z.Q. / Nakamura, A. / Tanaka, Y. / Hirano, N. / Tanaka, I. / Yao, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3w9v.cif.gz | 175.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3w9v.ent.gz | 136.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3w9v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3w9v_validation.pdf.gz | 449.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3w9v_full_validation.pdf.gz | 451.5 KB | Display | |
Data in XML | 3w9v_validation.xml.gz | 37.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3w9v_validation.cif.gz | 60.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w9v | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3w9wC 2v3qS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38581.098 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) unidentified prokaryotic organism (environmental samples) Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 (DE) / References: UniProt: P85173 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: sitting drop Details: PEG 8000, NaCl, Tris, pH 7.0-9.0, sitting drop, temperature 298K PH range: 7.0-9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.03→44.32 Å / Num. obs: 346764 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 13.212 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 14.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2V3Q Resolution: 1.031→29.544 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.868 / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.99 / Phase error: 20.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 51.04 Å2 / Biso mean: 12.5911 Å2 / Biso min: 2.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.031→29.544 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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