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- PDB-4c2t: Crystal structure of full length Deinococcus radiodurans UvrD in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c2t
タイトルCrystal structure of full length Deinococcus radiodurans UvrD in complex with DNA
要素
  • DNA HELICASE II
  • DNA STRAND FOR28
  • DNA STRAND REV28
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / DNA REPAIR / DNA HELICASES / NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PcrA/UvrD tudor domain / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PcrA/UvrD tudor domain / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA 3'-5' helicase
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.997 Å
データ登録者Stelter, M. / Acajjaoui, S. / McSweeney, S. / Timmins, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural and Mechanistic Insight Into DNA Unwinding by Deinococcus Radiodurans Uvrd.
著者: Stelter, M. / Acajjaoui, S. / Mcsweeney, S. / Timmins, J.
履歴
登録2013年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA HELICASE II
B: DNA HELICASE II
C: DNA HELICASE II
D: DNA HELICASE II
M: DNA STRAND FOR28
N: DNA STRAND REV28
O: DNA STRAND REV28
P: DNA STRAND FOR28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,24816
ポリマ－365,1268
非ポリマー2,1228
水00
1
A: DNA HELICASE II
B: DNA HELICASE II
M: DNA STRAND FOR28
N: DNA STRAND REV28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,6248
ポリマ－182,5634
非ポリマー1,0614
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9460 Å2
ΔGint-59.6 kcal/mol
Surface area62890 Å2
手法PISA
2
C: DNA HELICASE II
D: DNA HELICASE II
O: DNA STRAND REV28
P: DNA STRAND FOR28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,6248
ポリマ－182,5634
非ポリマー1,0614
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9430 Å2
ΔGint-56.8 kcal/mol
Surface area63230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.457, 390.044, 71.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
DNA HELICASE II / UVRD


分子量: 82707.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RTI9, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA STRAND FOR28


分子量: 8569.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 DNA STRAND REV28


分子量: 8578.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 16-22% PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 6.5-7.5, 0.1-0.3 M NA-NITRATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9395
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→46.1 Å / Num. obs: 30051 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 149.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 4→4.22 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DIFFERENT CRYSTAL FORM OF DRUVRD

解像度: 3.997→46.147 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2713 1516 5 %
Rwork0.2464 --
obs0.2477 30051 94.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 167.099 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 207.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.0222 Å20 Å223.0968 Å2
2---32.4405 Å20 Å2
3---20.4183 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.997→46.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20337 2080 128 0 22545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00623161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07531771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9058786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0793507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9971-4.1260.41421290.4062183X-RAY DIFFRACTION80
4.126-4.27340.43091200.36212368X-RAY DIFFRACTION86
4.2734-4.44440.35981370.31062513X-RAY DIFFRACTION92
4.4444-4.64650.3221230.28282554X-RAY DIFFRACTION94
4.6465-4.89120.29561380.27032657X-RAY DIFFRACTION96
4.8912-5.19720.25241550.25072685X-RAY DIFFRACTION97
5.1972-5.59790.31321400.272658X-RAY DIFFRACTION98
5.5979-6.16010.35751550.28982697X-RAY DIFFRACTION99
6.1601-7.04870.30541430.26332750X-RAY DIFFRACTION99
7.0487-8.87030.19711440.20322750X-RAY DIFFRACTION100
8.8703-46.15050.19241320.18172720X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5842.0173-0.78541.1259-2.70314.63350.17741.5638-0.6118-0.8991-0.20180.67880.456-0.745-02.23350.1290.12421.7976-0.22571.9337-52.5174-103.2967-8.4292
25.138-1.82041.71322.9589-2.27033.95410.758-0.1073-0.620.1591-0.3308-1.06170.12220.433402.1425-0.407-0.05311.91260.20351.8287-21.8042-111.98253.5837
33.23692.5952-2.34886.3045-1.93291.29590.4232-0.35510.40070.2953-0.28770.1981-0.3574-0.036601.8754-0.1174-0.14271.7914-0.10581.3239-50.1672-107.99245.6969
41.07070.79550.81522.52780.84483.0596-0.2840.4971-1.1676-0.87190.32020.1520.09890.5626-01.9499-0.0208-0.02961.85980.05231.6334-51.084-132.67992.1255
50.8352-1.33320.8220.8807-0.60241.60020.1703-0.39780.53030.1534-0.3274-1.30080.3870.153202.3460.139-0.00572.3091-0.18172.2988-18.8226-126.0395-12.9791
62.7281.32130.41792.45611.17321.2406-0.421.2477-1.065-0.34090.22950.4046-0.07610.191403.09840.11430.09942.6878-0.39472.044-31.1526-128.2686-19.9352
76.60670.75970.72666.3747-1.25521.52460.1152-0.7644-0.32690.6986-0.1995-0.28330.07080.301201.6377-0.20680.00291.86840.10961.1144-51.7355-124.953915.5171
83.1555-0.5320.54152.04251.10224.5113-0.04970.6408-0.363-0.8218-0.43380.7336-0.9289-1.3039-01.81130.11740.10981.71550.02692.26095.9362-181.0939-48.0217
91.6549-0.4143-0.37312.84760.5596.05840.50030.0715-0.21380.7704-0.652-0.10380.0208-0.063-01.6904-0.1117-0.11711.69370.15642.15719.7061-178.3495-21.8466
100.05090.8023-0.76224.9734-0.24812.1206-0.31990.055-0.9724-0.192-0.2288-0.28830.78490.237601.65820.0903-0.13341.85790.0631.960818.7595-185.2543-46.4351
113.6987-0.14971.08823.96230.03340.91320.312-0.1850.3465-0.64090.1960.3257-0.8802-0.097301.6628-0.0863-0.07561.6780.18771.756122.9086-153.7694-51.5357
121.0708-2.53812.73690.04020.211.82790.1064-0.7029-0.2690.6173-0.21370.5550.26110.0974-02.07270.0630.00212.49830.16432.59-8.2634-161.6817-21.483
130.6141-1.1675-0.32452.3036-1.70854.4624-0.18520.39330.453-0.47440.3119-0.2296-0.4854-1.4341-01.94560.3598-0.37372.9022-0.15242.7895-10.7621-158.6886-35.8961
143.00272.0561-0.90048.1788-1.9684.3343-0.20950.1818-0.17110.5634-0.0969-1.1223-0.5510.370401.1628-0.0382-0.16491.88010.14911.498929.2814-161.9491-45.4532
153.8178-1.0013-0.54264.2550.77164.3109-0.0865-2.1151.35011.1551-0.46721.2076-0.1138-0.933802.2559-0.32270.07672.2739-0.25611.8635-17.2106-87.752732.6687
164.91961.09180.1761.6392-0.20461.32380.6076-0.22861.22030.1576-0.2599-0.6018-0.31590.664702.0350.09430.20282.00660.01992.340613.7807-79.111220.4329
174.3346-0.30781.00883.6386-0.99162.17360.3106-0.12250.3136-0.2979-0.32110.17230.1187-0.081402.0071-0.1873-0.0081.8857-0.07121.6984-14.6394-83.609918.0942
180.48690.3846-0.30840.4718-0.66532.32720.1112-0.8320.82861.2225-0.34940.3516-0.90050.154-02.717-0.2210.19281.9922-0.36423.1445-16.3021-58.945420.5083
190.85441.70830.5110.15740.22170.02510.2679-0.2642-0.69440.3394-0.203-0.5133-0.03020.378802.72-0.49220.04222.705-0.46892.655316.5849-65.162637.1011
202.37411.7615-4.36581.8993-1.5703-0.15670.2147-0.44780.52411.4551-0.62630.2859-0.250.1452-03.6253-0.2278-0.08192.611-0.42432.60136.0895-62.571143.5881
213.828-0.17160.99883.1569-1.97922.48010.08010.43830.9744-0.2478-0.09560.925-0.6236-0.1275-02.38460.0358-0.03721.91410.0292.4042-16.3654-66.83328.8785
222.87341.54230.57152.80992.15081.3376-0.4834-0.06520.28880.392-0.51711.05911.4252-1.532202.0084-0.0185-0.08772.2373-0.32362.360117.9177-6.603671.2232
231.5039-0.3673-1.31341.63961.66334.513-0.36670.6479-0.5874-0.58120.0308-0.58290.41650.019102.053-0.07580.28681.92530.07792.1337.5398-10.655350.484
241.8829-0.9620.73814.23050.03644.152-0.07030.0492-0.09740.6799-0.51690.12240.4533-0.0799-01.87340.1023-0.08451.9569-0.02422.103929.992-8.356277.5994
252.9261-1.21451.82371.3853-0.2470.34450.37950.4294-0.77110.1698-0.194611.3423-0.7849-02.7551-0.21670.05622.0262-0.36842.772327.1854-33.041278.4814
26-0.0325-0.03340.1637-0.05431.36090.35090.2186-0.181-0.066-1.2190.0886-1.3781-0.14370.54302.8065-0.28180.16112.7644-0.35312.707321.0154-27.508242.692
271.1848-3.3113-1.57682.58620.93231.94010.04060.29620.0819-0.0272-0.62381.30670.3133-0.6815-02.4487-0.4478-0.10352.9188-0.43443.04711.8095-29.37450.5563
282.3458-0.20320.76573.95530.36834.6187-0.7082-0.7935-0.840.6650.2509-0.08361.13570.056502.4690.1409-0.09191.92420.10812.244339.4992-24.811882.2335
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 7:113)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 114:194)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 195:348)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 349:391)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 392:440)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 454:555)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 562:662)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 7:132)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 133:208)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 209:317)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 318:388)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 389:453)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 454:552)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 562:662)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 7:113)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN C AND RESID 114:194)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN C AND RESID 195:348)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN C AND RESID 349:391)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN C AND RESID 392:442)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN C AND RESID 443:551)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN C AND RESID 552:662)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN D AND RESID 7:133)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN D AND RESID 134:194)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN D AND RESID 195:348)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN D AND RESID 349:391)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN D AND RESID 392:440)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN D AND RESID 441:555)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN D AND RESID 562:661)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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