PDB-4bzw: Complete crystal structure of the carboxylesterase Cest-2923 (lp_...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bzw

タイトル

Complete crystal structure of the carboxylesterase Cest-2923 (lp_2923) from Lactobacillus plantarum WCFS1

要素

LIPASE/ESTERASE

キーワード

HYDROLASE / LACTIC ACID BACTERIA

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

LACTOBACILLUS PLANTARUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.148 Å

データ登録者

Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Acebron, I. / delasRivas, B. / Munoz, R. / Alvarez, Y. / Mancheno, J.M.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2013
タイトル: Structure, Biochemical Characterization and Analysis of the Pleomorphism of Carboxylesterase Cest-2923 from Lactobacillus Plantarum Wcfs1
著者: Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Acebron, I. / De Las Rivas, B. / Munoz, R. / Alvarez, Y. / Mancheno, J.M.

履歴

登録	2013年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4bzw_full_validation.pdf.gz	467 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	4bzzC 4c01C 3d3nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6sdg-d 7al6-d 3tml-d 3pxo-1 2x72-1 3juk-d 3pqr-2 7al5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: LIPASE/ESTERASE

B: LIPASE/ESTERASE

ヘテロ分子

63.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LIPASE/ESTERASE

B: LIPASE/ESTERASE

ヘテロ分子

A: LIPASE/ESTERASE

B: LIPASE/ESTERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	141.655, 141.655, 165.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2005- HOH
2	1	A-2012- HOH
3	1	A-2023- HOH
4	1	A-2092- HOH
5	1	A-2142- HOH
6	1	B-2008- HOH
7	1	B-2019- HOH
8	1	B-2083- HOH

#1: タンパク質	LIPASE/ESTERASE / CEST-2923 分子量: 31275.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LACTOBACILLUS PLANTARUM (バクテリア) 株: WCFS1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: F9US10, carboxylesterase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 1.7 M AMMONIUM SULPHATE, 0.15 M SODIUM ACETATE, PH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.94
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→46.3 Å / Num. obs: 53876 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.15→2.26 Å / 冗長度: 18 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D3N

3d3n

解像度: 2.148→46.367 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1955	2730	5.1 %
R_work	0.1556	-	-
obs	0.1576	53770	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.148→46.367 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4276	0	65	503	4844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	6179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.578	1570
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	798

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.148-2.185	0.2499	135	0.186	2431	X-RAY DIFFRACTION	98
2.185-2.2248	0.2405	146	0.1721	2502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2248-2.2676	0.2634	108	0.2298	2505	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2676-2.3138	0.2151	124	0.167	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3138-2.3642	0.2236	140	0.1626	2492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3642-2.4191	0.2016	135	0.1566	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4191-2.4796	0.2099	137	0.151	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4796-2.5467	0.1716	145	0.1491	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5467-2.6216	0.1808	153	0.1507	2526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6216-2.7062	0.2071	136	0.1545	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7062-2.8029	0.2147	143	0.1603	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8029-2.9151	0.2294	123	0.1651	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9151-3.0478	0.2142	133	0.1741	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0478-3.2084	0.2107	141	0.163	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2084-3.4094	0.2144	148	0.1556	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4094-3.6725	0.1937	125	0.1349	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6725-4.0419	0.1466	136	0.1288	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0419-4.6264	0.1411	138	0.1232	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6264-5.8269	0.196	144	0.1411	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8269-46.3783	0.1835	140	0.1929	2782	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9628	4.9361	-5.8521	8.4017	-6.1326	5.6818	-0.3206	0.3376	-0.3014	-0.5327	-0.1364	-0.058	0.3052	-0.5539	0.2804	0.1128	0.0447	-0.0067	0.2233	0.0071	0.207	-63.2805	41.6975	-32.1331
2	7.4732	-0.5449	-6.366	1.2272	0.3613	5.3064	-0.0155	0.3101	-0.1318	-0.095	-0.1403	-0.0107	0.0461	-0.4421	0.0386	0.1051	-0.0298	-0.0144	0.1119	-0.0047	0.1561	-59.4365	42.2306	-30.3904
3	6.0719	-5.8407	6.1747	6.431	-6.4813	6.6622	0.9473	1.7825	-0.8087	-1.6921	-1.1546	-1.1512	1.7447	0.8991	0.1343	0.5538	0.0473	0.0665	0.4525	-0.1452	0.5664	-45.7343	34.2158	-49.7778
4	3.0959	-0.3144	-1.815	1.0026	0.446	2.7325	-0.0256	-0.1109	-0.021	-0.0309	-0.0472	0.0018	-0.0152	0.0136	0.0848	0.1153	-0.0288	-0.0113	0.1739	0.0271	0.1705	-53.5716	50.6067	-31.0213
5	3.7197	1.4269	-0.2093	2.927	-3.3817	5.0941	0.1822	-0.2562	0.2339	0.3567	0.0127	0.5808	-0.0509	-0.0613	0.0203	0.1553	-0.0454	-0.0008	0.2635	-0.0383	0.2315	-63.4734	51.3692	-13.8303
6	2.3276	-0.7988	-0.6274	6.4396	5.723	7.4387	0.1454	-0.2618	-0.3113	0.0332	-0.2054	-0.1502	0.0932	-0.2384	0.0944	0.1084	-0.0141	-0.0017	0.1753	0.0862	0.1994	-56.2831	38.9569	-22.9881
7	5.3244	0.3973	0.9642	1.1693	1.4716	7.5998	0.0922	-0.0985	-0.6933	-0.1392	0.0961	-0.4473	0.4353	0.6036	-0.1752	0.1605	0.0119	0.0638	0.1523	0.0507	0.2806	-47.6039	37.8684	-31.2388
8	0.6394	0.9796	-0.9435	4.1516	-1.1179	1.7582	0.0698	-0.2318	-0.1036	0.1887	-0.2419	-0.285	0.0778	0.2481	0.168	0.1366	-0.0575	-0.0264	0.3055	0.029	0.1452	-49.5278	46.7965	-13.8536
9	3.6147	3.8016	3.6663	8.4027	4.3474	8.0598	0.1289	-0.4407	-0.5125	0.5677	-0.5785	-0.3718	0.9062	0.1886	0.3318	0.1919	0.0151	-0.0307	0.2951	0.1541	0.2726	-53.3912	36.5761	-14.0867
10	1.6205	0.3423	-1.048	1.0396	-0.4765	1.2632	0.1311	-0.3111	0.1187	0.1147	-0.0837	0.0269	-0.2176	0.0523	-0.0469	0.1425	-0.0448	-0.0078	0.3149	-0.0143	0.1869	-48.6262	57.0651	-17.0438
11	7.2623	4.4369	-7.1582	3.3955	-5.2065	8.3835	0.1768	-0.2896	0.2248	0.4353	-0.1234	0.4717	-0.7692	-0.7086	-0.0287	0.238	0.019	-0.0088	0.3732	-0.0642	0.1835	-59.2915	60.7535	-6.6484
12	2.1749	0.4324	-1.645	1.2848	-1.4385	2.2813	0.1443	-0.2619	-0.0368	0.1583	-0.2469	-0.0331	-0.3673	0.4761	0.0644	0.1871	-0.0771	-0.0292	0.3235	-0.0094	0.1236	-50.8757	53.356	-5.9266
13	2.1622	-0.7584	0.8997	6.9296	-3.9841	3.1437	0.1557	-0.2626	0.0816	0.3832	-0.233	-0.0027	-0.1958	0.2004	0.0458	0.104	-0.0799	0.004	0.289	-0.0142	0.1678	-42.6958	56.4534	-18.1093
14	9.6466	-7.001	2.5587	5.2372	-2.1878	2.0303	-0.0107	-0.2356	0.2772	0.5052	-0.2837	-0.1653	-0.2403	0.0831	0.2573	0.1822	-0.1179	-0.0145	0.3761	-0.0011	0.2025	-42.1475	60.4521	-14.5908
15	7.0807	0.5729	-2.6183	2.4728	-0.9475	4.1304	0.2991	-0.8909	0.1436	0.4321	-0.0302	-0.5544	-0.1933	0.6249	0.0057	0.1323	-0.1258	-0.0994	0.6022	0.1514	0.3138	-33.5936	50.4911	-13.2858
16	2.7792	-0.0482	0.0583	0.8447	0.4791	1.4131	0.0155	-0.4321	0.1309	0.0918	-0.0946	0.096	-0.2176	0.0002	0.1003	0.1612	-0.0672	-0.0178	0.2791	-0.0177	0.2104	-43.4559	63.9398	-25.8482
17	6.0732	-1.6047	3.4841	2.2466	-0.0644	2.4174	-0.2458	-0.2659	1.2453	0.0855	-0.064	0.6748	-0.705	-0.2559	0.2548	0.2974	0.0241	-0.018	0.251	-0.0718	0.471	-53.9512	69.0988	-34.9811
18	9.5613	-6.8907	-0.4217	5.0469	-0.078	2.1446	0.0982	-0.046	0.7293	-0.0343	-0.2388	-0.8048	-0.3458	0.2047	0.227	0.1855	-0.0468	-0.0188	0.255	0.0143	0.2102	-42.5685	64.6943	-33.2364
19	9.4005	-4.0387	6.6304	7.2143	0.1705	6.3766	-0.0914	0.2117	0.0143	-0.5897	-0.0428	-0.706	0.0618	0.371	0.0664	0.111	-0.0225	0.0604	0.2196	0.0506	0.2169	-38.5822	52.1385	-32.8669
20	4.22	0.377	-4.0383	0.0488	-0.364	3.8691	-0.0591	-0.3035	0.3142	-0.2477	0.152	-0.2252	-0.2006	0.9743	-0.1214	0.2305	0.0225	0.0511	0.2903	0.0535	0.277	-36.58	45.3002	-33.8096
21	1.7223	-2.9636	1.4827	7.3133	-1.4659	1.9127	-0.0067	-0.0034	0.443	-0.431	-0.5247	-0.2003	0.68	0.2709	0.4217	0.2523	-0.025	0.033	0.307	-0.0162	0.1822	-8.4443	80.2648	-36.0701
22	6.0002	0.5813	5.5323	2.068	0.7083	5.0093	0.0444	-0.3248	0.0689	-0.0024	-0.172	-0.2675	0.2429	-0.1089	-0.0202	0.1177	-0.0585	0.0346	0.2393	-0.0068	0.1904	-9.0242	80.8326	-27.5288
23	4.4318	-2.997	-1.8766	2.4466	-0.2762	7.8998	-0.0755	1.0233	0.7681	-0.3104	-0.2849	0.4291	-1.6383	-0.7403	0.2507	0.5082	0.0563	-0.1117	0.3175	0.0419	0.4045	-23.9746	87.9158	-49.9616
24	2.4175	0.2161	1.3073	1.1627	0.1392	2.7389	0.0214	-0.2893	-0.0827	-0.0123	0.0215	0.0325	-0.1145	0.0295	-0.0135	0.0886	-0.0464	0.0235	0.1785	-0.0369	0.0945	-16.3412	72.8112	-28.2204
25	0.5914	0.5968	1.2716	1.6367	-0.6671	5.854	-0.0761	-0.1532	-0.0048	0.0099	-0.089	-0.1115	-0.1711	0.1864	0.1773	0.0893	-0.011	0.0198	0.1896	-0.019	0.1583	-15.5432	72.2163	-29.8498
26	6.0053	-6.3237	-1.082	9.1885	0.485	4.4301	0.3008	-0.6192	0.6447	0.6471	-0.116	-0.8602	0.4795	0.6309	-0.0866	0.2836	-0.1189	-0.059	0.5607	-0.0145	0.2472	-8.1163	72.5536	-10.4603
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28	7.8875	5.0065	-3.9032	7.2098	-6.4016	7.1947	0.0136	0.1722	0.6695	-0.2935	0.2908	0.5534	-0.1374	-0.4381	-0.251	0.206	-0.0148	-0.0479	0.1943	-0.0788	0.2148	-22.9429	85.5932	-32.2385
29	2.2971	0.2958	0.382	2.708	-0.7749	0.3816	0.0946	-0.2187	0.0776	0.2551	-0.1055	-0.1105	-0.1291	0.0901	0.0274	0.1861	-0.1036	0.0137	0.3096	-0.0324	0.141	-21.8405	74.5974	-17.1261
30	6.7594	-3.9833	4.7549	5.9973	-3.6988	9.0945	-0.1219	-0.8098	0.605	1.1291	-0.2348	0.0568	-1.2452	-0.5082	0.2341	0.4748	-0.0618	0.0928	0.3796	-0.125	0.2412	-22.4687	86.3806	-8.776
31	0.3765	0.3876	-1.0847	0.8959	-1.3202	3.2152	0.2392	-0.1956	0.1086	0.4555	-0.174	0.2198	-1.2006	0.3422	0.0201	0.4191	-0.149	0.0517	0.3127	-0.0822	0.2483	-17.554	87.6011	-13.6644
32	1.3177	-0.5176	0.8077	0.8784	0.4376	1.1453	0.1203	-0.1988	-0.1549	0.0883	-0.0576	0.0649	0.2136	0.0167	-0.0821	0.1422	-0.0725	0.0183	0.3074	0.004	0.1491	-20.9362	66.0064	-14.7354
33	8.6989	-2.4536	2.2982	3.5042	-0.3812	2.809	-0.0058	0.3477	0.3321	0.2591	-0.0641	-0.2563	0.0812	0.2524	0.0543	0.1928	-0.0779	-0.004	0.3781	-0.0113	0.1266	-17.356	70.0874	-5.8704
34	2.2669	-1.2789	-0.883	6.449	3.0351	2.8204	0.0583	-0.1724	-0.0444	0.1307	-0.1209	0.2337	-0.0164	-0.1518	0.0399	0.0936	-0.0651	0.0231	0.2677	0.0012	0.1281	-29.657	70.9958	-18.0912
35	9.102	1.1292	0.1381	5.4342	3.3732	5.4559	-0.1126	-0.2118	-1.0817	0.397	-0.2189	-0.1069	0.1482	0.5855	0.2606	0.2764	-0.0942	-0.0168	0.3696	0.0927	0.2332	-24.3272	55.9677	-16.9244
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37	2.0633	2.9883	0.8669	5.9596	0.0027	1.3269	-0.0246	-0.3434	0.1202	0.2434	-0.0619	0.2245	-0.0026	-0.1685	0.1082	0.1133	-0.0509	0.0174	0.3812	-0.0101	0.193	-35.0506	67.8466	-19.8425
38	6.5363	-0.1426	-4.7743	3.115	0.6242	3.7062	-0.0996	-0.2718	-1.0514	-0.0879	-0.3298	-0.3139	0.5057	0.2663	0.4465	0.2165	-0.0018	0.0146	0.2513	0.0617	0.3512	-18.4522	55.0877	-31.7751
39	5.3645	-4.3675	-2.892	4.0732	2.0493	3.2537	-0.0279	0.0345	-0.182	-0.4141	0.0566	0.3283	0.0904	-0.0562	0.0108	0.1196	-0.0434	-0.0296	0.2625	-0.0144	0.1514	-30.5772	66.0256	-33.1463
40	3.4503	-0.3406	1.9176	4.964	3.4345	3.7462	-0.1479	-0.5422	-0.367	0.1062	0.1142	0.3501	0.3273	-0.9228	-0.0496	0.1741	0.0072	0.0065	0.2672	-0.0288	0.3116	-34.2005	78.266	-34.5989

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:9)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 10:25)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 26:30)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 31:70)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 71:84)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 85:100)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 101:112)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 113:137)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 138:146)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 147:164)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 165:175)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 176:183)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 184:202)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 203:216)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 217:222)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 223:237)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 238:251)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 252:258)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 259:267)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 268:275)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN B AND RESID 1:6)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN B AND RESID 7:23)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN B AND RESID 24:30)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN B AND RESID 31:51)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN B AND RESID 52:76)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN B AND RESID 77:83)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN B AND RESID 84:100)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN B AND RESID 101:112)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN B AND RESID 113:131)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN B AND RESID 132:136)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN B AND RESID 137:146)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN B AND RESID 147:169)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(CHAIN B AND RESID 170:183)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(CHAIN B AND RESID 184:199)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(CHAIN B AND RESID 200:207)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(CHAIN B AND RESID 208:217)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(CHAIN B AND RESID 218:229)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(CHAIN B AND RESID 230:251)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(CHAIN B AND RESID 252:267)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(CHAIN B AND RESID 268:275)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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