PDB-4brm: Sulfur SAD phasing of the Legionella pneumophila NTPDase1 - cryst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4brm

タイトル

Sulfur SAD phasing of the Legionella pneumophila NTPDase1 - crystal form III (closed) in complex with sulfate

要素

ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

キーワード

HYDROLASE / APYRASE / ATPASE / ADPASE / CD39 / PURINERGIC SIGNALLING / DOMAIN ROTATION / TRANSITION STATE / NTPDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside diphosphate catabolic process / nucleoside diphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Zebisch, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N.

履歴

登録	2013年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2013年12月25日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4brm.cif.gz	298.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4brm.ent.gz	243.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4brm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/4brm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/4brm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bqzC 4br0C 4br2C 4br4C 4br5C 4br7C 4br9C 4braC 4brcC 4brdC 4breC 4brfC 4brgC 4brhC 4briC 4brkC 4brlC 4brnC 4broC 4brpC 4brqC 3cj1 3cj7 3cj9 3cja C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bro-d 4bri-d 4br9-d 4br4-1 4bre-d 4bvo-1 7ccy-d 4brq-d 1iso-1 5k5n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

B: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

ヘテロ分子

84.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.966, 84.314, 102.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.987, -0.037, -0.157), (0.058, -0.99, -0.129), (-0.151, -0.137, 0.979)
ベクター: 24.879, 1.017, 1.529)

#1: タンパク質	ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I / NTPDASE1 分子量: 41880.594 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 35-393 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUA2, apyrase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 3.7 / 詳細: 100MM NAAC PH 3.7; 300MM NA2SO4; 20% PEG1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.9
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→32.5 Å / Num. obs: 43436 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.2 % / B_iso Wilson estimate: 23 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 41.3

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.02→32.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 7.28 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21639	2191	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16105	-	-	-
obs	0.16381	41185	94.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.147 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→32.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5712	0	22	350	6084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	5961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.907	1.94	8153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.455	5	736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.419	26.046	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.955	15	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.333	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	4651
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.02→2.073 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	140	-
R_work	0.193	2494	-
obs	-	-	78.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5694	-0.001	-0.3697	0.7551	0.3854	2.023	0.0212	0.0961	0.1052	-0.0991	-0.031	-0.0336	-0.1493	-0.1288	0.0098	0.0861	0.0099	0.0105	0.0348	-0.0157	0.0297	30.0836	-6.4743	-5.8405
2	3.3266	0.1464	-1.4721	0.6993	0.2182	3.3157	0.0556	-0.1668	0.0705	0.0147	0.1342	-0.1482	-0.1354	0.2345	-0.1898	0.0604	-0.0271	0.0084	0.0735	-0.046	0.0463	38.9796	-4.2427	9.4397
3	1.153	-0.4196	0.0032	1.2294	0.1255	0.5706	0.0544	-0.016	0.0523	0.0309	0.0301	-0.1262	-0.0539	0.119	-0.0845	0.0935	-0.0426	0.0112	0.0628	-0.0259	0.0239	25.2477	5.4747	19.1278
4	2.1317	0.047	0.008	1.7284	-0.8865	2.191	0.0825	0.2995	0.0365	-0.2063	0.1302	0.2574	-0.0067	-0.0133	-0.2127	0.1016	0.0052	-0.0109	0.0849	0.054	0.0755	-4.4936	8.2112	-6.924
5	3.01	1.1789	-0.8661	1.7764	-1.0162	3.0255	0.0648	0.2344	0.302	0.0569	0.1993	0.4274	-0.0735	-0.2673	-0.2642	0.0604	0.0274	0.0355	0.0499	0.0737	0.1449	-15.7909	3.3804	6.2014
6	1.1785	-0.0123	-0.1495	1.6599	-0.1425	0.6509	0.0845	-0.0368	0.0434	0.1374	0.0095	0.0969	-0.1011	-0.0102	-0.094	0.099	-0.0182	0.0326	0.0199	0.0059	0.0237	-2.7215	-6.9363	16.5052

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 155
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	156 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	377 - 394
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	180 - 376
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	34 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	156 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	377 - 394
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	180 - 376

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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