PDB-4bri: Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II (closed) in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bri

タイトル

Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II (closed) in complex with MG UMPPNP

要素

ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

キーワード

HYDROLASE / APYRASE / ATPASE / ADPASE / CD39 / PURINERGIC SIGNALLING / DOMAIN ROTATION / TRANSITION STATE / NTPDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Zebisch, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N.

履歴

登録	2013年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2013年12月25日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bri.cif.gz	307 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bri.ent.gz	260.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bri_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bri_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4bri_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	4bri_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/4bri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/4bri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bqzC 4br0C 4br2C 4br4C 4br5C 4br7C 4br9C 4braC 4brcC 4brdC 4breC 4brfC 4brgC 4brhC 4brkC 4brlC 4brmC 4brnC 4broC 4brpC 4brqC 3cj1 3cj7 3cj9 3cja C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4brf-d 4brd-d 4bro-d 4brm-d 4bre-d 1iso-1 4brq-d 4brh-d 3ebi-d 4ah3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

B: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

ヘテロ分子

85.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.457, 86.411, 72.186
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.413, 0.082, -0.907), (0.071, -0.996, -0.058), (-0.908, -0.041, -0.417)
ベクター: 58.611, 2.956, 91.705)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I / NTPDASE1 分子量: 41880.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUA2, apyrase

-
非ポリマー , 5種, 551分子

#2: 化合物	ChemComp-UNP / 5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]oxy}phosphoryl]uridine 分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	2-(N-MORPHOLINO)ETHANESULFONIC ACID (HMS): PH BUFFER MES PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-URIDYLATE ...2-(N-MORPHOLINO)ETHANESULFONIC ACID (HMS): PH BUFFER MES PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-URIDYLATE ESTER (UNP): UMPPNP UTP ANALOG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: 100MM NAMES PH 5.5, 15% PEG3350, 10% PEG200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9181
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9181 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→29 Å / Num. obs: 73309 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.6

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.75→29.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 4.261 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18452	1073	1.5 %	RANDOM
R_work	0.16375	-	-	-
obs	0.16407	72181	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.458 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.76 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5718	0	86	543	6347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	6135
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.903	1.954	8436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.846	5	780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.171	26.156	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.79	15	991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.6	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	913
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	4770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.752→1.797 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	74	-
R_work	0.323	4820	-
obs	-	-	90.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0717	0.1861	-0.3956	1.0867	-0.2105	1.9255	0.0127	0.0608	0.0329	-0.1974	-0.0207	-0.1387	0.009	0.134	0.008	0.1123	-0.0201	0.0436	0.087	0.0444	0.0557	68.1272	11.435	-0.6971
2	2.8589	0.6128	-0.8629	2.0286	-0.2704	3.1317	-0.1279	0.4598	0.2178	-0.3063	0.0443	0.0861	0.0776	-0.2323	0.0836	0.1061	-0.0181	-0.0061	0.1085	0.0254	0.0267	50.9174	7.3234	-1.0715
3	0.7123	-0.2915	0.3562	1.0301	-0.288	0.9345	-0.0069	0.0346	0.0232	-0.0839	-0.0121	0.0541	0.0369	-0.0638	0.019	0.0415	-0.0166	0.0277	0.0501	-0.0111	0.0404	50.529	-3.4422	15.4288
4	1.1239	-0.078	-0.0577	0.7509	0.1114	0.9588	-0.0491	0.1209	0.0728	0.0033	0.0206	-0.1899	-0.0391	0.0862	0.0285	0.0264	0.0046	0.0083	0.047	0.0002	0.087	88.1827	-4.0895	29.1607
5	3.1351	-0.3562	-0.1022	1.0706	0.1713	1.1796	-0.0623	-0.3184	0.0951	0.2036	0.0989	-0.1885	0.0785	0.1229	-0.0366	0.0839	0.0331	-0.0303	0.0645	-0.0277	0.0558	81.3711	-1.3816	45.3246
6	0.7114	-0.1354	0.3239	1.3044	-0.2227	0.6227	-0.0412	-0.0972	0.0685	0.1521	0.0239	-0.0111	-0.0058	0.0036	0.0173	0.062	0.0104	0.0235	0.0489	-0.0237	0.0323	65.4539	8.8259	39.3979

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 155
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	156 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	377 - 394
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	180 - 376
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	34 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	156 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	377 - 394
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	180 - 376

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