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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bqc | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1 bound to SOS | |||||||||
要素 | NEOGENIN | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / negative regulation of axon regeneration / co-receptor binding / BMP receptor binding / regulation of axon regeneration / plasma membrane protein complex / myoblast fusion / positive regulation of BMP signaling pathway / intracellular vesicle / negative regulation of protein secretion ...trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / negative regulation of axon regeneration / co-receptor binding / BMP receptor binding / regulation of axon regeneration / plasma membrane protein complex / myoblast fusion / positive regulation of BMP signaling pathway / intracellular vesicle / negative regulation of protein secretion / protein secretion / axonal growth cone / axon guidance / postsynaptic density membrane / neuron migration / cell-cell adhesion / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / signaling receptor activity / growth cone / intracellular iron ion homeostasis / cadherin binding / neuronal cell body / glutamatergic synapse / regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / cell surface / nucleoplasm / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Bell, C.H. / Healey, E. / vanErp, S. / Bishop, B. / Tang, C. / Gilbert, R.J.C. / Aricescu, A.R. / Pasterkamp, R.J. / Siebold, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2013 タイトル: Structure of the Repulsive Guidance Molecule (Rgm)-Neogenin Signaling Hub 著者: Bell, C.H. / Healey, E. / Van Erp, S. / Bishop, B. / Tang, C. / Gilbert, R.J.C. / Aricescu, A.R. / Pasterkamp, R.J. / Siebold, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bqc.cif.gz | 167 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bqc.ent.gz | 136.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bqc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4bqc_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4bqc_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4bqc_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4bqc_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/4bqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/4bqc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9995, -0.004987, 0.03074), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29221.842 Da / 分子数: 2 / 断片: FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-LINKED GLYCOSYLATION AT N940 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P97798 #2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / | #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 0.15 M POTASSIUM NITRATE, 15% PEG3350, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 11572 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 69.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9084 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.419
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原子変位パラメータ | Biso mean: 102.93 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.775 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.5 Å / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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