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万見
- PDB-6i9s: hRobo2 Extracellular Domains 2-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9s
タイトルhRobo2 Extracellular Domains 2-3
要素Roundabout homolog 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Slit / Robo / Axon Guidance
機能・相同性
機能・相同性情報


olfactory bulb interneuron development / apoptotic process involved in luteolysis / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of synapse assembly / heart induction / axon guidance receptor activity / ROBO receptors bind AKAP5 / Formation of the ureteric bud / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO ...olfactory bulb interneuron development / apoptotic process involved in luteolysis / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of synapse assembly / heart induction / axon guidance receptor activity / ROBO receptors bind AKAP5 / Formation of the ureteric bud / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / endocardial cushion formation / Signaling by ROBO receptors / pulmonary valve morphogenesis / metanephros development / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of axonogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / aortic valve morphogenesis / axon midline choice point recognition / ureteric bud development / aorta development / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / axolemma / cellular response to hormone stimulus / axon guidance / central nervous system development / cell-cell adhesion / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / brain development / chemotaxis / cell surface / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Roundabout homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Barak, R. / Isupov, N.M. / Opatowsky, Y.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation182/10 and 1425/15 イスラエル
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Principles in Robo Activation and Auto-inhibition.
著者: Barak, R. / Yom-Tov, G. / Guez-Haddad, J. / Gasri-Plotnitsky, L. / Maimon, R. / Cohen-Berkman, M. / McCarthy, A.A. / Perlson, E. / Henis-Korenblit, S. / Isupov, M.N. / Opatowsky, Y.
履歴
登録2018年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roundabout homolog 2
B: Roundabout homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8984
ポリマ－47,8522
非ポリマー462
水1,22568
1
A: Roundabout homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9492
ポリマ－23,9261
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Roundabout homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9492
ポリマ－23,9261
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.220, 70.520, 97.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Roundabout homolog 2


分子量: 23926.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROBO2, KIAA1568
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9HCK4
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium format pH 7 and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→46.66 Å / Num. obs: 15692 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.48→2.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1690 / CC1/2: 0.751 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→46.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 15.638 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.596 / ESU R Free: 0.334 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29292 793 5.1 %RANDOM
Rwork0.22581 ---
obs0.22925 14867 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.433 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å20 Å20 Å2
2---5.07 Å20 Å2
3---6.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.48→46.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 0 2 68 3024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0143016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.6814066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7951.6396386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.275369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52920.989182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.52315553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7861535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.436.8951482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.436.8891481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.08310.331849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.08110.3371850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.5557.7121534
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.5547.7181533
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.24211.2452218
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.05277.7662980
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.0577.8212979
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.476→2.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 58 -
Rwork0.361 1054 -
obs--96.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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