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- PDB-4bpl: rice importin_alpha in complex with nucleoplasmin NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bpl
タイトルrice importin_alpha in complex with nucleoplasmin NLS
要素
  • IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A
  • NUCLEOPLASMIN NLS
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NUCLEAR IMPORT / NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA decondensation / importin-alpha family protein binding / histone chaperone activity / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity / nucleosome binding / positive regulation of DNA replication / histone binding / chromatin remodeling ...sperm DNA decondensation / importin-alpha family protein binding / histone chaperone activity / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity / nucleosome binding / positive regulation of DNA replication / histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin core domain / Nucleoplasmin core domain superfamily / Nucleoplasmin/nucleophosmin domain / Nucleoplasmin family / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain ...Nucleoplasmin core domain / Nucleoplasmin core domain superfamily / Nucleoplasmin/nucleophosmin domain / Nucleoplasmin family / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoplasmin / Importin subunit alpha-1a
類似検索 - 構成要素
生物種ORYZA SATIVA (イネ)
XENOPUS (カエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chang, C.-W. / Counago, R.M. / Williams, S.J. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Mol.Plant / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Interaction of Bipartite Nuclear Localization Signal from Agrobacterium Vird2 with Rice Importin-Alpha
著者: Chang, C.-W. / Williams, S.J. / Counago, R.M. / Kobe, B.
履歴
登録2013年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A
B: NUCLEOPLASMIN NLS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4742
ポリマ－51,4742
非ポリマー00
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-2.1 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.221, 74.093, 138.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A


分子量: 49240.801 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 73-526 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORYZA SATIVA (イネ) / プラスミド: PET30A_RIMPALPHA1A_DIBB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q71VM4
#2: タンパク質・ペプチド NUCLEOPLASMIN NLS


分子量: 2232.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) XENOPUS (カエル) / プラスミド: PGEX2T-NUCLEOPLASMINNLS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05221*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.2 AND 1.35 M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.89 Å / Num. obs: 29058 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 44.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B8O

4b8o


解像度: 2.3→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9365 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9193 / SU R Cruickshank DPI: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.183
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2244 1478 5.09 %RANDOM
Rwork0.2002 ---
obs0.2014 29016 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0014 Å20 Å20 Å2
2--4.8802 Å20 Å2
3----8.8816 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.321 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3386 0 0 289 3675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013441HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.084677HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1625SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes98HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes484HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3441HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion475SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4319SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 153 5.47 %
Rwork0.2186 2642 -
all0.2212 2795 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06170.20770.53691.28641.44141.8833-0.00270.00870.05180.1606-0.00120.005-0.13330.02730.0040.11360.01640.257-0.2085-0.1938-0.1903-17.914310.510266.1359
20.39621.0008-0.61372.4813-1.42781.88220.08770.0130.24570.4479-0.07480.312-0.3064-0.0932-0.0129-0.1913-0.03060.1022-0.2212-0.0662-0.16-12.92429.275847.9572
31.61710.2657-0.81750.5687-0.18020.7750.06650.1354-0.12220.0213-0.1118-0.03020.04680.00680.0453-0.22130.0072-0.0175-0.20310.0101-0.086610.091721.063626.8132
41.1881-0.86240.05931.67330.07010.0080.09540.1068-0.08130.0055-0.0787-0.03180.01080.038-0.0166-0.33050.08990.0518-0.10610.11710.002536.66617.075318.2789
50-0.1522-0.11650.2003-0.44250.0679-0.0010.0634-0.0613-0.0119-0.00790.02340.01510.01290.0089-0.1270.1755-0.1557-0.0820.01650.024939.25395.441518.1021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 73:104)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 105:237)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 238:404)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 405:476)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 477:494)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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