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万見
- PDB-4b8p: rImp_alpha_A89NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b8p
タイトルrImp_alpha_A89NLS
要素
  • A89NLS
  • IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL
機能・相同性
機能・相同性情報


NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity / perinuclear region of cytoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1a
類似検索 - 構成要素
生物種ORYZA SATIVA JAPONICA GROUP (イネ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chang, C.-W. / Counago, R.L.M. / Williams, S.J. / Boden, M. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Rice Importin-Alpha and Structural Basis of its Interaction with Plant-Specific Nuclear Localization Signals.
著者: Chang, C.-W. / Counago, R.L.M. / Williams, S.J. / Boden, M. / Kobe, B.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A
B: IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A
C: A89NLS
D: A89NLS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,0934
ポリマ－109,0934
非ポリマー00
水3,963220
1
A: IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A
C: A89NLS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5472
ポリマ－54,5472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-0.2 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
2
B: IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A
D: A89NLS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5472
ポリマ－54,5472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-0.5 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.425, 140.967, 73.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A


分子量: 53026.848 Da / 分子数: 2 / 断片: NLS BINDING DOMAIN, RESIDUES 73-526 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORYZA SATIVA JAPONICA GROUP (イネ) / プラスミド: PET30A_RIMPALPHA1A_DIBB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q71VM4
#2: タンパク質・ペプチド A89NLS


分子量: 1519.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PGEX2T-A89NLS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.29 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.0, 15% PEG 3350, 0.2 M NDSB-221 AND 0.2 M NAF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.3→19.82 Å / Num. obs: 55804 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.3→19.82 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EE4

1ee4


解像度: 2.3→19.818 Å / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2038 2848 5.1 %
Rwork0.1888 --
obs0.1896 55640 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.818 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6560 0 0 220 6780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1459072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0092460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661088
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.33960.26981440.27332588X-RAY DIFFRACTION93
2.3396-2.38210.23881190.26382589X-RAY DIFFRACTION94
2.3821-2.42780.31541350.25272572X-RAY DIFFRACTION93
2.4278-2.47730.26911360.25372645X-RAY DIFFRACTION94
2.4773-2.5310.2881330.24992659X-RAY DIFFRACTION94
2.531-2.58980.28761390.24212603X-RAY DIFFRACTION94
2.5898-2.65440.25571460.23682613X-RAY DIFFRACTION94
2.6544-2.72590.21221470.22342644X-RAY DIFFRACTION94
2.7259-2.80590.2281530.22042614X-RAY DIFFRACTION94
2.8059-2.89620.22941220.21772668X-RAY DIFFRACTION95
2.8962-2.99930.23631450.22022671X-RAY DIFFRACTION95
2.9993-3.1190.21121330.2142647X-RAY DIFFRACTION95
3.119-3.26020.23851570.21042609X-RAY DIFFRACTION94
3.2602-3.43120.23571380.20422664X-RAY DIFFRACTION95
3.4312-3.64480.1771660.18542637X-RAY DIFFRACTION94
3.6448-3.92410.17911360.16192660X-RAY DIFFRACTION95
3.9241-4.31490.15891470.14042670X-RAY DIFFRACTION95
4.3149-4.93010.18341380.13372662X-RAY DIFFRACTION95
4.9301-6.17690.17051600.16282663X-RAY DIFFRACTION94
6.1769-19.22160.14981370.13932721X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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