PDB-4bck: Structure of CDK2 in complex with cyclin A and a 2-amino-4-hetero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bck

タイトル

Structure of CDK2 in complex with cyclin A and a 2-amino-4-heteroaryl- pyrimidine inhibitor

要素

CYCLIN-A2
CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2

キーワード

TRANSFERASE/CELL CYCLE / TRANSFERASE-CELL CYCLE COMPLEX / CDK-CYCLIN COMPLEX / STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN

機能・相同性

機能・相同性情報

: / cyclin A2-CDK1 complex / cellular response to luteinizing hormone stimulus / cell cycle G1/S phase transition / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / response to glucagon / cellular response to cocaine ...: / cyclin A2-CDK1 complex / cellular response to luteinizing hormone stimulus / cell cycle G1/S phase transition / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / response to glucagon / cellular response to cocaine / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cochlea development / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / regulation of DNA replication / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / animal organ regeneration / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / male germ cell nucleus / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / cellular response to estradiol stimulus / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Meiotic recombination / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Orc1 removal from chromatin / positive regulation of fibroblast proliferation / G2/M transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / cellular senescence / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / peptidyl-serine phosphorylation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / endosome / Ub-specific processing proteases / protein phosphorylation / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.052 Å

データ登録者

Hole, A.J. / Baumli, S. / Wang, S. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Comparative Structural and Functional Studies of 4-(Thiazol- 5-Yl)-2-(Phenylamino)Pyrimidine-5-Carbonitrile Cdk9 Inhibitors Suggest the Basis for Isotype Selectivity.
著者: Hole, A.J. / Baumli, S. / Shao, H. / Shi, S. / Pepper, C. / Fischer, P.M. / Wang, S. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.M.

履歴

登録	2012年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bck.cif.gz	468 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bck.ent.gz	388.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bck.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/4bck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/4bck	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bcfC 4bchC 4bciC 4bcjC 4bcmC 4bcnC 4bcoC 4bcqC 4bcg 4bcp C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oyc-d 4cfx-2 4gl2-2 6haa-d 1h1p-2 4p1l-d 4bcq-2 1u46-d 4gl2-1 4d4y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (31) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (7) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (3) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (31)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (7)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (3)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2

B: CYCLIN-A2

C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2

D: CYCLIN-A2

ヘテロ分子

129 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2

B: CYCLIN-A2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2

D: CYCLIN-A2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.202, 140.369, 155.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 / CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 / P33 PROTEIN KINASE 分子量: 34200.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質	CYCLIN-A2 / CYCLIN-A 分子量: 30053.717 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 171-432 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P20248
#3: 化合物	ChemComp-T3E / 3-[[5-cyano-4-[4-methyl-2-(methylamino)-1,3-thiazol-5-yl]pyrimidin-2-yl]amino]benzenesulfonamide 分子量: 401.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₅N₇O₂S₂
#4: 化合物	ChemComp-SGM / MONOTHIOGLYCEROL / (2R)-3-メルカプト-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 108.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: COCRYSTALS WERE GROWN IN 1-1.25M AMMONIUM SULFATE, 0.5-0.9M KCL, 100MM HEPES, PH 7.0, 5MM DTT AND IN THE PRESENCE OF COMPOUND.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→29.86 Å / Num. obs: 101828 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.74 % / B_iso Wilson estimate: 38.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.55
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 2.94 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / % possible all: 83.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.052→29.863 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2358	5083	5 %
R_work	0.1932	-	-
obs	0.1954	101785	96.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.37 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 75.842 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.007 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.7655 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.7585 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.052→29.863 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8887	0	60	629	9576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.023	9368
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.675	12741
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.07	3543
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	1403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0521-2.0754	0.3747	110	0.3217	2288	X-RAY DIFFRACTION	69
2.0754-2.0998	0.3304	145	0.3148	2729	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0998-2.1254	0.343	138	0.2965	2879	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1254-2.1523	0.3477	151	0.2836	2984	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1523-2.1806	0.3179	152	0.2709	3098	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1806-2.2105	0.296	195	0.2487	3229	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2105-2.2421	0.2942	167	0.2381	3293	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2421-2.2755	0.2677	184	0.2259	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2755-2.3111	0.2876	163	0.2184	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3111-2.3489	0.2966	188	0.2209	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3489-2.3894	0.2954	212	0.2061	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3894-2.4329	0.2417	157	0.1991	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4329-2.4796	0.2273	182	0.1913	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4796-2.5302	0.2556	156	0.1949	3314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5302-2.5852	0.2385	191	0.2004	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5852-2.6453	0.2473	163	0.2107	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6453-2.7114	0.2738	174	0.2195	3333	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7114-2.7847	0.2766	172	0.2225	3313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7847-2.8666	0.2583	179	0.2232	3344	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8666-2.959	0.2863	166	0.2154	3319	X-RAY DIFFRACTION	99
2.959-3.0647	0.2666	165	0.2226	3341	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0647-3.1872	0.259	188	0.2238	3307	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1872-3.3321	0.2648	188	0.2149	3339	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3321-3.5075	0.2447	157	0.1942	3314	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5075-3.7269	0.2262	170	0.1784	3311	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7269-4.014	0.2172	173	0.1676	3299	X-RAY DIFFRACTION	97
4.014-4.4168	0.1928	174	0.1495	3253	X-RAY DIFFRACTION	96
4.4168-5.0533	0.182	170	0.1341	3295	X-RAY DIFFRACTION	96
5.0533-6.3565	0.2043	165	0.1714	3309	X-RAY DIFFRACTION	95
6.3565-29.8666	0.1827	188	0.1855	3289	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.118	0.0436	0.0609	0.2825	0.1867	0.2899	0.0044	-0.0558	-0.106	-0.0087	-0.1002	0.0571	0.0497	-0.1556	0.0379	0.2314	-0.0099	0.0075	0.2578	0.012	0.2285	10.6956	14.4442	25.3001
2	0.1794	-0.0836	0.1048	0.1022	-0.0239	0.1104	0.0485	0.1438	0.1477	-0.0007	-0.0289	0.0069	-0.001	0.0236	0.0031	0.1116	0.0064	0.0035	0.2065	0.0377	0.2573	4.9685	32.5291	4.295
3	0.3619	0.1036	-0.1518	0.2228	-0.0091	0.3808	-0.0749	0.097	-0.0299	-0.0371	0.0821	-0.0607	0.1838	-0.0483	0.0022	0.2324	-0.0073	-0.0034	0.2098	-0.0162	0.2209	22.5138	-0.3827	-3.091
4	0.3105	0.0903	-0.0376	0.2207	-0.0504	0.0152	0.0671	-0.2477	-0.0407	0.135	-0.062	0.0122	0.075	0.0849	0.0067	0.3856	0.0845	0.0032	0.3992	0.0875	0.2531	29.6221	-8.3647	32.706
5	0.0647	-0.0291	-0.0317	0.2559	-0.0297	0.0538	0.0009	-0.3145	-0.1296	0.0598	-0.0874	-0.451	0.1629	0.5211	0.0516	0.2085	0.5761	-0.0425	0.9729	0.4572	0.3908	57.5115	-15.0446	35.5111
6	0.1038	-0.0302	-0.0592	0.2133	0.0243	0.2356	0.0264	-0.3768	0.2164	-0.0544	0.0161	-0.3189	-0.1382	0.6435	-0.0523	0.3778	-0.2732	0.0327	0.7139	-0.0372	0.3889	46.262	21.0356	36.1863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:85)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 86:298)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN C AND (RESSEQ 1:85)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND (RESSEQ 86:298)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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