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- PDB-4gl2: Structural Basis for dsRNA duplex backbone recognition by MDA5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gl2
タイトルStructural Basis for dsRNA duplex backbone recognition by MDA5
要素
  • Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
  • RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / MDA5 / dsRNA / anti-viral signaling / RIG-I / MAVS / oligomerization / helicase / ATPase / filament formation / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of viral genome replication / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway ...MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of viral genome replication / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of interferon-alpha production / protein sumoylation / ribonucleoprotein complex binding / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / response to virus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / double-stranded RNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / Ub-specific processing proteases / RNA helicase / innate immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain ...phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Death-like domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / RNA / RNA (> 10) / Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.557 Å
データ登録者Wu, B. / Hur, S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for dsRNA Recognition, Filament Formation, and Antiviral Signal Activation by MDA5.
著者: Wu, B. / Peisley, A. / Richards, C. / Yao, H. / Zeng, X. / Lin, C. / Chu, F. / Walz, T. / Hur, S.
履歴
登録2012年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
B: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
C: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*U)-3')
E: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*U)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*AP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,41810
ポリマ－176,2746
非ポリマー1,1434
水00
1
A: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
C: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*AP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7095
ポリマ－88,1373
非ポリマー5722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area32620 Å2
手法PISA
2
B: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
E: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*U)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7095
ポリマ－88,1373
非ポリマー5722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area31790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.112, 154.748, 185.006
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1 / Clinically amyopathic dermatomyositis autoantigen 140 kDa / CADM-140 autoantigen / Helicase with 2 ...Clinically amyopathic dermatomyositis autoantigen 140 kDa / CADM-140 autoantigen / Helicase with 2 CARD domains / Helicard / Interferon-induced with helicase C domain protein 1 / Melanoma differentiation-associated protein 5 / MDA-5 / Murabutide down-regulated protein / RIG-I-like receptor 2 / RLR-2 / RNA helicase-DEAD box protein 116


分子量: 80467.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIH1, MDA5, RH116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYX4, RNA helicase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*U)-3')


分子量: 3763.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*U)-3')


分子量: 3906.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THIS IS A TRUNCATED VERSION OF HUMAN MDA5 PROTEIN (NP_071451).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月20日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.557→118.699 Å / Num. all: 25225 / Num. obs: 24216 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APSin house softwareデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.557→118.699 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 1204 5.01 %
Rwork0.2761 --
obs0.2782 24044 95.1 %
all-25225 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.557→118.699 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9651 1020 64 0 10735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27315084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7214282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631773
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.557-3.69940.43341330.35682548X-RAY DIFFRACTION97
3.6994-3.86780.31541330.32742510X-RAY DIFFRACTION96
3.8678-4.07180.3361320.30392486X-RAY DIFFRACTION95
4.0718-4.32690.36831320.28822521X-RAY DIFFRACTION96
4.3269-4.6610.31191350.2522548X-RAY DIFFRACTION96
4.661-5.130.29811340.24692545X-RAY DIFFRACTION95
5.13-5.87230.3581330.29522523X-RAY DIFFRACTION94
5.8723-7.39840.31421360.28032571X-RAY DIFFRACTION95
7.3984-118.76470.24951360.22792588X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.41431.2645-0.44812.4265-0.53782.5657-0.16910.19410.4040.22210.13590.31750.0009-0.27640.19480.40190.06450.06340.31110.04250.327129.835220.537-0.0015
21.2872-0.1546-0.20522.31880.74891.44340.08650.0772-0.0164-0.30640.10810.14310.1217-0.1854-0.25770.40250.1223-0.07690.52460.10420.344128.588510.6821-19.961
32.13970.1327-1.66591.2124-1.1272.1528-0.32760.3416-0.8756-0.28980.0499-0.27680.851-0.0677-0.09831.17030.24020.28060.18550.04250.723231.0515-31.907-2.553
43.3115-0.07490.75264.01890.35282.6518-0.01450.45230.19130.07050.0327-0.57490.51940.7387-0.04870.51980.2827-0.02060.36990.01690.266644.8689-5.5984-10.8588
52.5531-0.9617-0.04953.0630.40481.34980.12830.47560.1245-0.21280.06410.1881-0.0991-0.00120.13840.4879-0.004-0.06930.887-0.15660.402917.48438.7253-15.2
62.3108-1.5452-0.8992.62981.38052.69170.3585-0.2292-0.1044-0.1867-0.0427-0.002-0.0834-0.2464-0.47650.5588-0.0231-0.08090.2910.02860.345820.4858-19.217419.5178
72.72670.76330.45282.2215-0.34492.7004-0.06180.3105-0.2527-0.03880.27730.1219-0.0764-0.229-0.27970.4812-0.00780.04710.25870.05330.2547-5.474-21.471635.2735
81.1597-0.37840.87742.40630.76792.3529-0.1176-0.5694-0.21940.3640.10330.16430.58340.25780.12290.47290.22460.02870.5336-0.0520.2074-7.6364-12.239354.6192
90.9213-0.63770.07022.2296-0.56450.4934-0.2457-0.20570.50460.2575-0.0245-0.6502-0.42280.0774-0.02970.66360.1774-0.5179-0.08120.08780.6921-4.531830.596937.6169
102.15351.1378-0.98174.02840.64873.4486-0.1969-0.4398-0.15390.19740.2578-0.5071-0.22441.00780.13230.4026-0.0956-0.10980.50090.00470.40939.64665.047645.5915
112.3522-0.0572-0.15750.9376-0.79871.8336-0.4992-0.6507-0.1088-0.1107-0.31510.3845-0.0953-0.27560.13130.391-0.0183-0.07370.3481-0.00420.4681-17.0782-10.072152.0299
124.15391.44250.39382.8072-0.49391.9128-0.01140.36860.37050.38020.02380.0573-0.3723-0.3385-0.07730.44280.0469-0.06410.1770.03810.3208-15.130218.080715.564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 306:490
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 491:543
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 550:694
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 699:835
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 836:889
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND RESID 900:1013
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND RESID 306:490
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESID 491:541
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND RESID 550:694
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND RESID 698:835
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND RESID 836:887
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND RESID 900:1013

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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