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- PDB-4b9k: pVHL-ELOB-ELOC complex_(2S,4R)-1-(3-amino-2-methylbenzoyl)-4-hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b9k
タイトルpVHL-ELOB-ELOC complex_(2S,4R)-1-(3-amino-2-methylbenzoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide bound
要素
  • (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ...) x 3
  • VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
キーワードLIGASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-TG0 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Buckley, D.L. / Gustafson, J.L. / VanMolle, I. / Roth, A.G. / SeopTae, H. / Gareiss, P.C. / Jorgensen, W.L. / Ciulli, A. / Crews, C.M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: Small-Molecule Inhibitors of the Interaction between the E3 Ligase Vhl and Hif1 Alpha
著者: Buckley, D.L. / Gustafson, J.L. / Van Molle, I. / Roth, A.G. / Tae, H.S. / Gareiss, P.C. / Jorgensen, W.L. / Ciulli, A. / Crews, C.M.
履歴
登録2012年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Other
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
D: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
G: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
H: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
I: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
J: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
K: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
L: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,72824
ポリマ－171,45412
非ポリマー2,27512
水16,087893
1
A: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2884
ポリマ－42,8373
非ポリマー4511
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-39.5 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
2
D: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5106
ポリマ－42,9413
非ポリマー5693
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-34.4 kcal/mol
Surface area16090 Å2
手法PISA
3
G: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
H: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
I: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4657
ポリマ－42,8373
非ポリマー6284
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-40.8 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
4
J: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
K: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
L: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4657
ポリマ－42,8373
非ポリマー6284
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area16590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.860, 92.860, 364.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11I-2013-

HOH

-
要素

-
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ... , 3種, 8分子 ADGJBHKE

#1: タンパク質
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 / ELONGIN 18 KDA SUBUNIT / ELONGIN-B / ELOB / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / SIII P18


分子量: 11956.372 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHAT4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 / ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C / ELOC / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / SIII P15


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS 112 HAS NOT BEEN OBSERVED AS MODIFIED TO CAS / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCDF_DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 / ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C / ELOC / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / SIII P15


分子量: 11078.599 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 17-112 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYS 112 HAS BEEN MODIFIED TO CAS BY PRESENCE OF ARSENIC ACID AND DTT IN THE CRYSTALLIZATION BUFFER
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCDF_DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CFIL

#3: タンパク質
VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR / PROTEIN G7 / PVHL


分子量: 19906.479 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 54-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCDF_DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40337

-
非ポリマー , 3種, 905分子

#5: 化合物
ChemComp-TG0 / (2S,4R)-1-(3-amino-2-methylbenzoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 450.553 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26N4O3S
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 893 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細GS AT N-TERMINUS LEFT AFTER CLEAVING OFF HIS-TAG ADDITIONAL MET AT N-TERMINUS AS RESULT OF CLONING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M NA CACODYLATE, PH 6.0, 0.2 M MG ACTETATE, 15% PEG3350, 5MM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97903
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月16日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 108859 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 34.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.15
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BUSTERTNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: APO STRUCTURE V54BC

解像度: 2→46.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9492 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9356 / SU R Cruickshank DPI: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.172 / SU Rfree Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.144
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CAS. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=11572. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=120. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CAS. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=11572. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=120. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=15.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 5443 5 %RANDOM
Rwork0.1888 ---
obs0.1903 108859 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.9705 Å20 Å20 Å2
2---3.9705 Å20 Å2
3---7.941 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10545 0 160 893 11598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111066HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1115060HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3737SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes243HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1605HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11066HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.39
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1445SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies11HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12929SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 396 4.99 %
Rwork0.202 7532 -
all0.2029 7928 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2497-0.8843-1.26991.69391.2012.4467-0.156-0.2684-0.14010.23360.0180.1040.28040.11240.138-0.05270.01990.046-0.03990.0338-0.0782-17.73632.045943.4702
21.8149-0.7283-1.32662.95670.03972.5322-0.00670.1148-0.1768-0.1793-0.07870.13530.0915-0.06320.08530.0090.02440.0199-0.0713-0.0072-0.0785-14.8305-1.761125.9643
31.0475-1.4570.76084.3125-2.52292.0217-0.05460.0845-0.0628-0.05610.00880.01170.0986-0.04810.04580.0034-0.06360.0465-0.0839-0.0115-0.1015-7.583819.47468.7665
41.3149-0.8739-0.5082.12212.15784.4763-0.0148-0.1968-0.06220.5635-0.07430.29140.9642-0.49060.08920.0937-0.11110.0257-0.13090.0081-0.197729.0343-1.744843.6093
51.2374-0.1722-0.85173.45470.71974.62140.01980.1209-0.0830.3614-0.04480.03260.6156-0.30090.02490.09-0.0562-0.0244-0.1428-0.0066-0.165932.4455-5.810526.0855
60.6919-0.90760.67474.6016-1.4011.76650.00580.1061-0.0894-0.0984-0.0404-0.06380.148-0.05090.0347-0.0023-0.02390.0213-0.0751-0.0164-0.079438.727615.05798.9035
71.3057-0.398-0.84881.66350.69792.9452-0.0836-0.06510.07710.3342-0.00210.25760.1796-0.21020.08570.006-0.00440.0424-0.08260.0262-0.092933.492843.577643.6924
81.02770.3651-0.49022.04970.02942.4527-0.04410.09870.023-0.1335-0.03880.20820.0615-0.27150.08290.0326-0.0031-0.0211-0.06210.0245-0.085735.41640.108325.825
90.7461-0.56440.12212.5470.38430.87880.0061-0.02870.0055-0.4637-0.13050.1127-0.2558-0.03990.12440.21630.0229-0.0384-0.1929-0.0065-0.157539.270460.91588.5146
101.4989-0.6746-0.28161.11790.08012.1027-0.0433-0.07910.10390.1403-0.0231-0.02820.08650.02770.0664-0.0416-0.01040.0155-0.02960.0156-0.059-13.993247.544143.5014
111.58560.1846-0.82251.6435-0.47081.84420.0080.09090.0383-0.2787-0.09520.0360.1896-0.08470.08720.035-0.01580.0086-0.05320.008-0.0892-12.051144.280125.4521
120.9893-0.11720.1242.6318-1.46933.13720.0084-0.059-0.032-0.258-0.1310.14020.1893-0.00040.12260.0017-0.00360.0295-0.1563-0.015-0.1154-7.289465.53958.1007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN K
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN L

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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