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- PDB-4b9d: Crystal Structure of Human NIMA-related Kinase 1 (NEK1) with inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b9d
タイトルCrystal Structure of Human NIMA-related Kinase 1 (NEK1) with inhibitor.
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE NEK1
キーワードTRANSFERASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


pericentriolar material / cilium assembly / 14-3-3 protein binding / Regulation of pyruvate metabolism / centriolar satellite / kinase activity / protein tyrosine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity ...pericentriolar material / cilium assembly / 14-3-3 protein binding / Regulation of pyruvate metabolism / centriolar satellite / kinase activity / protein tyrosine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cilium / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / centrosome / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CK7 / Serine/threonine-protein kinase Nek1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Hanchuk, T.D.M. / Lovato, D.V. / Basei, F.L. / Meirelles, G.V. / Kobarg, J. / Szklarz, M. / Vollmar, M. / Mahajan, P. / Rellos, P. ...Elkins, J.M. / Hanchuk, T.D.M. / Lovato, D.V. / Basei, F.L. / Meirelles, G.V. / Kobarg, J. / Szklarz, M. / Vollmar, M. / Mahajan, P. / Rellos, P. / Zhang, Y. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / Canning, P. / von Delft, F. / Raynor, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: NEK1 kinase domain structure and its dynamic protein interactome after exposure to Cisplatin.
著者: Melo-Hanchuk, T.D. / Slepicka, P.F. / Meirelles, G.V. / Basei, F.L. / Lovato, D.V. / Granato, D.C. / Pauletti, B.A. / Domingues, R.R. / Leme, A.F.P. / Pelegrini, A.L. / Lenz, G. / Knapp, S. / ...著者: Melo-Hanchuk, T.D. / Slepicka, P.F. / Meirelles, G.V. / Basei, F.L. / Lovato, D.V. / Granato, D.C. / Pauletti, B.A. / Domingues, R.R. / Leme, A.F.P. / Pelegrini, A.L. / Lenz, G. / Knapp, S. / Elkins, J.M. / Kobarg, J.
履歴
登録2012年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22020年8月12日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_status / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE NEK1
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE NEK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6498
ポリマ－79,8242
非ポリマー8256
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-40.8 kcal/mol
Surface area29520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.360, 93.660, 164.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: -20 - 283 / Label seq-ID: 4 - 305

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.06184, 0.99803, 0.01031), (-0.99705, 0.06224, -0.04486), (-0.04541, -0.0075, 0.99894)
ベクター: -3.35015, 41.35561, 42.56198)

-
要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE NEK1 / NIMA-RELATED KINASE 1 / NEVER IN MITOSIS A-RELATED KINASE 1 / NIMA-RELATED PROTEIN KINASE 1 / RENAL ...NIMA-RELATED KINASE 1 / NEVER IN MITOSIS A-RELATED KINASE 1 / NIMA-RELATED PROTEIN KINASE 1 / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-55


分子量: 39912.066 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-328 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96PY6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CK7 / [4-(2-AMINO-4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-PYRIMIDIN-2-YL]-(3-NITRO-PHENYL)-AMINE


分子量: 328.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N6O2S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2M NA/KPO4, 20% PEG 3350, 10% ETHYLENE GLYCOL, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.18 Å / Num. obs: 52249 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4APC

4apc


解像度: 1.9→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.281 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22153 2593 5 %RANDOM
Rwork0.19451 ---
obs0.1959 49632 94.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.598 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.25 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3---0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4648 0 53 234 4935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0194843
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51.9716542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9833.00310611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8615593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41323.571224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.70215864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1061535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17394 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 186 -
Rwork0.307 3557 -
obs--92.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21620.19670.1256.71943.06862.0176-0.0650.11830.0161-0.62310.0462-0.0778-0.15490.09170.01880.16120.0342-0.00880.10530.0170.097814.184-1.28-27.141
22.4598-0.1781-0.4951.63620.11212.39570.22590.03430.2581-0.0904-0.16640.0914-0.4455-0.1129-0.05950.13430.04810.01890.0407-0.0050.065918.64122.672-20.208
36.86240.4579-2.24960.4841-0.05532.50680.130.6660.0477-0.035-0.02140.0334-0.2118-0.1211-0.10860.08250.00820.00110.13820.00090.077246.62815.503-67.677
41.97520.34390.35141.8347-0.00831.6284-0.0880.09710.01560.01390.06450.2216-0.0673-0.15580.02340.041-0.00380.01310.1160.01090.042522.79521.392-61.806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-7 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2A84 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3B-7 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4B84 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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