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- PDB-5o5z: CRYSTAL STRUCTURE OF THERMOCOCCUS LITORALIS ADP-DEPENDENT GLUCOKI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o5z
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THERMOCOCCUS LITORALIS ADP-DEPENDENT GLUCOKINASE (GK)
要素ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase
キーワードTRANSFERASE / ADP-DEPENDENT / GLUCOKINASE / RIBOKINASE SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-specific glucose/glucosamine kinase / ADP-specific glucokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / glucokinase activity / glycolytic process / glucose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-dependent glucose/glucosamine kinase, archaeal / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase, archaeal / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase / ADP-specific Phosphofructokinase/Glucokinase conserved region / ADP-dependent kinase (ADPK) domain profile. / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AT4 / alpha-D-glucopyranose / ADP-dependent glucose/glucosamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus litoralis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.441 Å
データ登録者Herrera-Morande, A. / Castro-Fernandez, V. / Merino, F. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Fernandez, F.J. / Guixe, V. / Vega, M.C.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2015-66206-C2-2-R スペイン
Spanish National Research CouncilPIE-201620E064 スペイン
引用
ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2018
タイトル: Protein topology determines substrate-binding mechanism in homologous enzymes.
著者: Herrera-Morande, A. / Castro-Fernandez, V. / Merino, F. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. / Guixe, V.
#1: ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2013
タイトル: Crystal structure, SAXS and kinetic mechanism of hyperthermophilic ADP-dependent glucokinase from Thermococcus litoralis reveal a conserved mechanism for catalysis.
著者: Rivas-Pardo, J.A. / Herrera-Morande, A. / Castro-Fernandez, V. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. / Guixe, V.
履歴
登録2017年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase
B: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,46816
ポリマ－105,3842
非ポリマー2,08414
水1,27971
1
A: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7849
ポリマ－52,6921
非ポリマー1,0928
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6847
ポリマ－52,6921
非ポリマー9926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.282, 97.835, 113.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase / ADPGK


分子量: 52691.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus litoralis (古細菌) / 遺伝子: glkA, OCC_09701 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7M537, ADP-specific glucose/glucosamine kinase
#5: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 84分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-AT4 / 5'-O-[(R)-HYDROXY(THIOPHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE / ADENOSINE 5'-O-(2-THIODIPHOSPHATE) / ADP-β-S


分子量: 443.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O9P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350, 30 mM glucose, 5 mM Mg2+-ADPbetaS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.8233 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月30日
詳細: Cryogenically cooled channel cut Si[111] crystal monochromator, a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled channel-cut Si[111] monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.8233 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.441→58.729 Å / Num. obs: 40470 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 49.71 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0765 / Rrim(I) all: 0.0836 / Net I/σ(I): 14.56
反射 シェル解像度: 2.441→2.529 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 3972 / CC1/2: 0.89 / Rsym value: 0.807 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: wwPDB 4B8R

4b8r


解像度: 2.441→58.729 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2216 2033 5.02 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
obs0.1963 40460 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.441→58.729 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7226 0 131 71 7428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61210118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4724493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4414-2.49820.34221270.30962523X-RAY DIFFRACTION100
2.4982-2.56070.30161290.28282513X-RAY DIFFRACTION100
2.5607-2.62990.31031470.26452532X-RAY DIFFRACTION100
2.6299-2.70730.25931370.23692520X-RAY DIFFRACTION100
2.7073-2.79470.27571240.24312547X-RAY DIFFRACTION100
2.7947-2.89450.23551130.22612535X-RAY DIFFRACTION100
2.8945-3.01040.28931410.23332555X-RAY DIFFRACTION100
3.0104-3.14740.30331220.24732551X-RAY DIFFRACTION100
3.1474-3.31340.26291450.22142541X-RAY DIFFRACTION100
3.3134-3.52090.25681220.20172559X-RAY DIFFRACTION100
3.5209-3.79270.21731330.1852580X-RAY DIFFRACTION100
3.7927-4.17430.16391180.1672583X-RAY DIFFRACTION100
4.1743-4.77810.1781610.14982556X-RAY DIFFRACTION100
4.7781-6.0190.20341550.17322619X-RAY DIFFRACTION100
6.019-58.74640.1951590.17442713X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1949-1.43690.49592.19480.1392.2083-0.1452-0.05380.04130.30840.1348-0.20660.03030.42140.0350.3727-0.0632-0.0090.42120.06080.3021117.0487101.7273109.205
22.27-0.79420.232.255-0.66342.71010.10980.2859-0.0152-0.1193-0.089-0.09750.08020.1735-0.02020.28590.0410.01490.3574-0.01380.3112114.054199.710693.7563
34.96361.5919-1.90444.7182-0.36036.41-0.01450.16480.3033-0.23730.02070.0885-0.4546-0.36330.04590.32630.1039-0.03740.36560.03020.3428103.9501118.828102.0044
41.57770.01480.54881.7961-1.22213.2203-0.0646-0.08390.34340.16580.0357-0.2769-0.67010.30090.08120.5920.06380.02620.4092-0.15490.7097114.303134.9339143.2002
53.4828-0.80691.55021.7707-0.06263.156-0.2073-0.55520.24070.19580.14330.1566-0.3549-0.55620.05510.5060.12570.04990.4419-0.03860.477103.7168127.5221151.4171
62.6713-0.6370.58781.9784-0.53392.23670.0009-0.22450.1862-0.01390.03620.1045-0.1373-0.0958-0.03450.39230.09060.05480.5021-0.03770.4155107.6413120.994145.4883
73.20730.83-1.17222.5438-1.83114.31840.0228-0.23270.10130.02190.0341-0.0907-0.11980.2620.00080.30610.0228-0.0180.3001-0.06210.3318113.2568121.7781129.4055
84.17991.7335-1.59414.14380.46198.22240.34-0.05950.5807-0.3901-0.03690.1179-1.2573-0.1631-0.2790.66390.06310.00550.30920.0310.6503109.439139.9492129.9902
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 111 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 112 through 298 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 299 through 454 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 77 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 78 through 189 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 190 through 254 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 255 through 384 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 385 through 451 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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