PDB-5o5x: Crystal structure of Thermococcus litoralis ADP-dependent glucoki...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o5x

タイトル

Crystal structure of Thermococcus litoralis ADP-dependent glucokinase (GK)

要素

ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase

キーワード

TRANSFERASE / ADP-DEPENDENT / GLUCOKINASE / RIBOKINASE SUPERFAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-specific glucose/glucosamine kinase / ADP-specific glucokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / glucokinase activity / glycolytic process / glucose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus litoralis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.148 Å

データ登録者

Herrera-Morande, A. / Castro-Fernandez, V. / Merino, F. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Fernandez, F.J. / Guixe, V. / Vega, M.C.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2018
タイトル: Protein topology determines substrate-binding mechanism in homologous enzymes.
著者: Herrera-Morande, A. / Castro-Fernandez, V. / Merino, F. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. / Guixe, V.

履歴

登録	2017年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o5x.cif.gz	387.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o5x.ent.gz	321.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o5x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5o5x_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o5x_full_validation.pdf.gz	480 KB	表示
XML形式データ	5o5x_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	5o5x_validation.cif.gz	48 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o5yC 5o5zC 4b8rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o5z-1 4icd-d 2p4y-d 5m10-d 4d9f-2 6c94-d 1cw1-d 3gn6-5 5kkg-1 3gn6-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase

B: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.190, 99.270, 113.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase / ADPGK 分子量: 52691.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus litoralis (strain ATCC 51850 / DSM 5473 / JCM 8560 / NS-C) (古細菌) 遺伝子: glkA, OCC_09701 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7M537, ADP-specific glucose/glucosamine kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月30日詳細: Cryogenically cooled channel cut Si[111] crystal monochromator, a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射	モノクロメーター: Cryogenically cooled channel-cut Si[111] monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.148→48.73 Å / Num. obs: 58644 / % possible obs: 98.88 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 46.99 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0531 / R_pim(I) all: 0.0275 / R_rim(I) all: 0.06014 / Net I/σ(I): 14.24
反射シェル	解像度: 2.148→2.225 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.9124 / Num. unique obs: 5574 / CC_1/2: 0.677 / R_pim(I) all: 0.4792 / R_sym value: 1.036 / % possible all: 95.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4B8R

4b8r

解像度: 2.148→48.729 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2258	2930	5 %
R_work	0.1935	55642	-
obs	0.1951	58572	98.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.44 Å² / B_iso mean: 65.9743 Å² / B_iso min: 30.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.148→48.729 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7226	0	96	206	7528
B_iso mean	-	-	74.48	55.25	-
残基数	-	-	-	-	903

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7469
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.542	10083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1105
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1303
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.597	4487

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1485-2.1837	0.4392	127	0.3732	2423	2550	92
2.1837-2.2213	0.3662	138	0.323	2622	2760	99
2.2213-2.2617	0.2793	139	0.2994	2634	2773	100
2.2617-2.3052	0.358	137	0.2808	2605	2742	100
2.3052-2.3523	0.3421	140	0.2711	2647	2787	100
2.3523-2.4034	0.2439	138	0.2547	2627	2765	99
2.4034-2.4593	0.2919	140	0.2472	2657	2797	100
2.4593-2.5208	0.3059	139	0.2425	2640	2779	99
2.5208-2.589	0.2862	139	0.2514	2636	2775	99
2.589-2.6652	0.3283	137	0.2383	2595	2732	99
2.6652-2.7512	0.3125	141	0.2372	2681	2822	100
2.7512-2.8495	0.2442	139	0.2226	2642	2781	99
2.8495-2.9636	0.273	139	0.2183	2649	2788	99
2.9636-3.0984	0.2931	141	0.2217	2665	2806	99
3.0984-3.2618	0.2341	140	0.2112	2658	2798	99
3.2618-3.4661	0.2295	140	0.195	2659	2799	99
3.4661-3.7336	0.1829	140	0.1698	2659	2799	99
3.7336-4.1092	0.196	141	0.1609	2695	2836	99
4.1092-4.7033	0.1655	142	0.148	2685	2827	99
4.7033-5.9241	0.1974	144	0.17	2739	2883	99
5.9241-48.7414	0.1834	149	0.1621	2824	2973	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0133	-2.2156	0.6655	2.6496	0.1722	2.5537	-0.275	-0.217	0.1563	0.3467	0.2017	-0.1782	-0.0212	0.2205	0.0758	0.3519	-0.0239	0.0034	0.5374	0.0519	0.2633	67.9826	52.7	52.1821
2	2.1313	-0.6371	-0.0319	2.9142	-0.2574	3.129	0.1212	0.3453	-0.0428	-0.2575	-0.0684	-0.0104	-0.0148	0.131	-0.0428	0.2848	0.0772	0.0253	0.5068	-0.0053	0.2726	64.9998	51.7791	36.1723
3	4.2391	0.8777	-0.9059	4.022	0.8529	4.8167	0.007	0.3073	0.3962	-0.4646	-0.0632	0.1896	-0.7176	-0.5669	0.0412	0.4134	0.1579	-0.0418	0.4916	0.0529	0.2932	54.875	70.5203	45.2775
4	1.7048	0.4743	0.7593	2.593	-0.7992	3.9536	-0.0215	-0.1263	0.429	-0.0225	-0.2042	-0.8784	-0.7936	0.4433	0.2246	0.6479	0.0843	0.1018	0.5275	-0.1119	0.9205	66.9834	85.8741	88.5232
5	2.214	-1.8337	0.9518	4.4002	-0.4828	4.4777	-0.2409	-0.6372	0.3484	0.5812	0.3178	0.2393	-0.5955	-0.5106	-0.0626	0.4974	0.1837	0.1314	0.665	-0.0024	0.4707	54.7314	76.8392	91.6952
6	3.9011	0.4447	-1.4751	3.7076	-1.7412	5.699	0.1807	-0.4427	0.1641	0.0142	-0.0716	-0.2141	-0.2954	0.7045	-0.1109	0.2664	-0.0267	-0.0009	0.394	-0.0751	0.2747	64.4271	73.8388	72.3695
7	5.9999	2.2293	0.8455	7.239	-0.8603	6.7876	0.4965	-0.1454	1.1446	-0.148	0.0149	-0.1874	-1.88	-0.1405	-0.4681	0.8149	0.0187	0.2148	0.3998	-0.0394	0.7281	60.4219	91.7007	72.791
8	1.3667	-0.2653	-1.1979	0.8171	1.1201	2.8148	0.2686	-0.1869	-0.0347	-0.0442	0.5308	-0.1943	-0.106	0.2942	-0.7121	0.3949	0.0893	-0.0595	0.5397	0.0781	1.0509	66.9687	67.0155	67.5215
9	1.5464	-0.646	-0.4794	2.2624	1.2352	2.2556	0.1852	-0.1722	0.177	-0.3873	-0.0203	0.3517	-0.3501	-0.1505	-0.2228	0.449	-0.0021	-0.0301	0.5685	-0.0049	0.5186	57.8387	70.3426	61.2574
10	0.1649	-0.1205	-0.4008	0.7617	0.7307	1.6552	-0.0002	0.0445	0.0361	0.0083	-0.0037	0.0597	0.0943	-0.0052	0.0066	0.2909	0.0196	-0.0082	0.3758	0.0364	0.3183	62.1713	59.9252	55.2355

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 120 )	A	1 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 121 through 300 )	A	121 - 300
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 301 through 454 )	A	301 - 454
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 91 )	B	3 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 92 through 254 )	B	92 - 254
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 255 through 384 )	B	255 - 384
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 385 through 451 )	B	385 - 451
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C'	C	1 - 13
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D'	D	1 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'S'	S	1 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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