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万見
- PDB-4b8y: Ferrichrome-bound FhuD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b8y
タイトルFerrichrome-bound FhuD2
要素
  • FHUD2
  • VIRULENCE FACTOR
キーワードTRANSPORT PROTEIN/SIDEROPHORE / TRANSPORT PROTEIN-SIDEROPHORE COMPLEX / TRANSPORT PROTEIN / VACCINE / SIDEROPHORE / CLASS III SOLUTE BINDING / INHIBITOR PROTEIN (SBP)
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Fe/B12 periplasmic-binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Malito, E. / Bottomley, M.J. / Spraggon, G.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Characterization of the Staphylococcus Aureus Virulence Factor and Vaccine Candidate Fhud2.
著者: Mariotti, P. / Malito, E. / Biancucci, M. / Lo Surdo, P. / Mishra, R.P. / Nardi-Dei, V. / Savino, S. / Nissum, M. / Spraggon, G. / Grandi, G. / Bagnoli, F. / Bottomley, M.J.
履歴
登録2012年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FHUD2
B: VIRULENCE FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,79414
ポリマ－32,0822
非ポリマー71212
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-4.9 kcal/mol
Surface area16300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.890, 50.140, 54.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FHUD2


分子量: 31375.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2FVW9
#2: タンパク質・ペプチド VIRULENCE FACTOR


分子量: 705.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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非ポリマー , 4種, 138分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CLONED WITHOUT THE SIGNAL PEPTIDE AND LIPOBOX MOTIF

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG-2000, 0.01M NICL2, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 22105 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3G9Q

3g9q


解像度: 1.9→36.137 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 1094 4.9 %
Rwork0.1736 --
obs0.176 22086 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.905 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9365 Å20 Å25.4556 Å2
2---2.4363 Å20 Å2
3----1.5002 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2255 0 42 126 2423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3173086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.164888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.98660.29861440.24312589X-RAY DIFFRACTION100
1.9866-2.09130.27591480.20052604X-RAY DIFFRACTION100
2.0913-2.22230.22841160.17282611X-RAY DIFFRACTION100
2.2223-2.39380.21561380.15332621X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.63470.22781380.15892601X-RAY DIFFRACTION100
2.6347-3.01580.1991400.16712619X-RAY DIFFRACTION100
3.0158-3.79890.22081340.16132647X-RAY DIFFRACTION100
3.7989-36.14320.21291360.17992700X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2567-0.0090.15180.00160.00770.2317-0.0256-0.01960.07810.0170.07230.0037-0.0312-0.08350.23390.08650.0716-0.12580.06480.0220.028-22.864116.3433-5.0696
24.029-1.06110.19492.7425-0.01032.65180.02320.0416-0.1291-0.0934-0.09880.24660.2685-0.3584-0.01710.1556-0.0502-0.02350.1497-0.02390.19-13.1514-0.07811.1351
32.6043-0.5087-0.2282.47750.81812.50210.049-0.01170.0783-0.3855-0.11360.1505-0.2539-0.33410.00740.16280.0184-0.04090.1243-0.00630.1755-14.025110.2236-0.771
43.4610.38620.53711.7667-0.63252.5354-0.059-0.31770.0280.3163-0.11740.0340.0991-0.23930.15850.2374-0.00840.02290.1711-0.05530.167-5.49919.077222.149
54.9236-0.6746-1.86143.1856-0.0725.5491-0.1881-0.22950.14460.4477-0.03760.085-0.0377-0.17450.2330.1393-0.0272-0.00590.1283-0.01040.1189-4.023110.894120.6746
68.14061.28710.64413.07580.07617.1435-0.0189-0.25280.07030.1601-0.0673-0.6819-0.17910.4340.08610.211-0.0515-0.02390.14240.00080.26247.442817.593816.9327
72.88820.30810.67011.7797-0.64322.1670.0435-0.2795-0.10950.3089-0.0397-0.46790.25210.4954-0.02110.2210.065-0.08430.2810.00010.232411.05144.690422.9739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:42)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 43:97)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 98:150)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 151:196)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 197:211)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 212:231)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 232:277)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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