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- PDB-4b36: Crystal Structure of Human Angiogenin with an Engineered Loop Exh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b36
タイトルCrystal Structure of Human Angiogenin with an Engineered Loop Exhibits Conformational Flexibility at the Functional Regions of the Molecule
要素ANGIOGENIN, EOSINOPHIL CATIONIC-RELATED PROTEIN
キーワードHYDROLASE / EDN / ANG / ANTIVIRAL / ANGIOGENESIS / TUMOR / AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS / PARKINSONS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation ...angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process / hematopoietic stem cell proliferation / rRNA transcription / basement membrane / positive regulation of phosphorylation / endocytic vesicle / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / response to hormone / positive regulation of endothelial cell proliferation / actin filament polymerization / peptide binding / RNA endonuclease activity / stress granule assembly / placenta development / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / cytoplasmic stress granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cell migration / heparin binding / actin cytoskeleton / chromosome / ribosome binding / growth cone / actin binding / angiogenesis / endonuclease activity / nucleic acid binding / response to hypoxia / lysosome / defense response to Gram-positive bacterium / rRNA binding / receptor ligand activity / copper ion binding / signaling receptor binding / innate immune response / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / DNA binding / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiogenin / Eosinophil cationic-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Thiyagarajan, N. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: FEBS Open Bio. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Human Angiogenin with an Engineered Loop Exhibits Conformational Flexibility at the Functional Regions of the Molecule
著者: Thiyagarajan, N. / Acharya, K.R.
履歴
登録2012年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANGIOGENIN, EOSINOPHIL CATIONIC-RELATED PROTEIN
B: ANGIOGENIN, EOSINOPHIL CATIONIC-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1184
ポリマ－29,0472
非ポリマー712
水1,53185
1
A: ANGIOGENIN, EOSINOPHIL CATIONIC-RELATED PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5231
ポリマ－14,5231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ANGIOGENIN, EOSINOPHIL CATIONIC-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5943
ポリマ－14,5231
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.353, 54.676, 94.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ANGIOGENIN, EOSINOPHIL CATIONIC-RELATED PROTEIN / RIBONUCLEASE 5 / RNASE 5 / ANGIOGENIN-EOSINOPHIL DERIVED NEUROTOXIN HYBRID


分子量: 14523.436 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-107,111-120,116-147 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: IN THIS STUDY WE HAVE SUBSTITUTED 84- HGGSPWPP-91 OF ANG WITH 86-TTPSPQNISN-95 OF EOSINOPHIL- DERIVED NEUROTOXIN AND CONSTRUCTED AN ANG-EDN HYBRID
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22B PLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS RIPL
参照: UniProt: P03950, UniProt: Q12762, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細IN THIS STUDY WE HAVE SUBSTITUTED 84-HGGSPWPP-91 OF ANG WITH 86-TTPSPQNISN-95 OF EOSINOPHIL-DERIVED ...IN THIS STUDY WE HAVE SUBSTITUTED 84-HGGSPWPP-91 OF ANG WITH 86-TTPSPQNISN-95 OF EOSINOPHIL-DERIVED NEUROTOXIN AND CONSTRUCTED AN ANG-EDN HYBRID

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.2 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.75-2.5 M NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.283
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月4日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 20481 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 27.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 65.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ANG

1ang


解像度: 1.76→20.151 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 28.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2853 933 5.1 %
Rwork0.2365 --
obs0.2389 18214 89.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.578 Å2 / ksol: 0.427 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8845 Å20 Å20 Å2
2---8.3103 Å20 Å2
3---3.4258 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→20.151 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1820 0 2 85 1907
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0122495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.283704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7601-1.85290.3677910.25751776X-RAY DIFFRACTION66
1.8529-1.96890.31751360.2352515X-RAY DIFFRACTION92
1.9689-2.12070.26111620.21312634X-RAY DIFFRACTION97
2.1207-2.33390.32881510.21722652X-RAY DIFFRACTION98
2.3339-2.67090.30211580.2452687X-RAY DIFFRACTION97
2.6709-3.36250.31341230.23472620X-RAY DIFFRACTION94
3.3625-20.15190.23491120.23872397X-RAY DIFFRACTION81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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