+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b36 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Human Angiogenin with an Engineered Loop Exhibits Conformational Flexibility at the Functional Regions of the Molecule | ||||||
![]() | ANGIOGENIN, EOSINOPHIL CATIONIC-RELATED PROTEIN | ||||||
![]() | HYDROLASE / EDN / ANG / ANTIVIRAL / ANGIOGENESIS / TUMOR / AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS / PARKINSONS DISEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process ...activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process / rRNA transcription / : / basement membrane / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / RNA endonuclease activity / activation of protein kinase B activity / actin filament polymerization / response to hormone / positive regulation of protein secretion / peptide binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / placenta development / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell migration / actin cytoskeleton / chromosome / heparin binding / actin binding / growth cone / antibacterial humoral response / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / endonuclease activity / nucleic acid binding / rRNA binding / negative regulation of translation / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / copper ion binding / innate immune response / signaling receptor binding / neuronal cell body / nucleolus / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thiyagarajan, N. / Acharya, K.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Angiogenin with an Engineered Loop Exhibits Conformational Flexibility at the Functional Regions of the Molecule 著者: Thiyagarajan, N. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 44.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 438.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1angS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14523.436 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-107,111-120,116-147 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: IN THIS STUDY WE HAVE SUBSTITUTED 84- HGGSPWPP-91 OF ANG WITH 86-TTPSPQNISN-95 OF EOSINOPHIL- DERIVED NEUROTOXIN AND CONSTRUCTED AN ANG-EDN HYBRID 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P03950, UniProt: Q12762, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | IN THIS STUDY WE HAVE SUBSTITUTED 84-HGGSPWPP-91 OF ANG WITH 86-TTPSPQNISN-95 OF EOSINOPHIL-DERIVED ...IN THIS STUDY WE HAVE SUBSTITUTE | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.2 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 詳細: 1.75-2.5 M NACL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月4日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.283 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 20481 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 27.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 65.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ANG 解像度: 1.76→20.151 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 28.23 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.578 Å2 / ksol: 0.427 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→20.151 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|