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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4axu | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THAUMATIN FROM AN AUTO-HARVESTED CRYSTAL, control experiment | ||||||
要素 | THAUMATIN-1ソーマチン | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / AUTOMATION (自動) / HIGH-THROUGHPUT CRYSTALLIZATION / CRYSTAL MOUNTING / CRYSTALLIZATION MICROPLATES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | THAUMATOCOCCUS DANIELLII (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.38 Å | ||||||
データ登録者 | Cipriani, F. / Rower, M. / Landret, C. / Zander, U. / Felisaz, F. / Marquez, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: Crystal Direct: A New Method for Automated Crystal Harvesting Based on Laser-Induced Photoablation of Thin Films 著者: Cipriani, F. / Rower, M. / Landret, C. / Zander, U. / Felisaz, F. / Marquez, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4axu.cif.gz | 92.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4axu.ent.gz | 76.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4axu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/4axu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/4axu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22155.980 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-206 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THAUMATOCOCCUS DANIELLII (植物) / 参照: UniProt: P02883 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→46.94 Å / Num. obs: 46432 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 5.5 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.01 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0116 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 1.38→45.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.443 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.245 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→45.94 Å
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拘束条件 |
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