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万見
- PDB-4aw2: Crystal structure of CDC42 binding protein kinase alpha (MRCK alpha) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aw2
タイトルCrystal structure of CDC42 binding protein kinase alpha (MRCK alpha)
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MRCK ALPHA
キーワードTRANSFERASE / CDC42BPA
機能・相同性
機能・相同性情報


: / actomyosin / actomyosin structure organization / nuclear migration / regulation of small GTPase mediated signal transduction / cell leading edge / cytoskeleton organization / peptidyl-threonine phosphorylation / microtubule cytoskeleton organization / cell-cell junction ...: / actomyosin / actomyosin structure organization / nuclear migration / regulation of small GTPase mediated signal transduction / cell leading edge / cytoskeleton organization / peptidyl-threonine phosphorylation / microtubule cytoskeleton organization / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase MRCK alpha / KELK-motif containing domain / KELK-motif containing domain of MRCK Ser/Thr protein kinase / Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / CRIB domain profile. ...Serine/threonine-protein kinase MRCK alpha / KELK-motif containing domain / KELK-motif containing domain of MRCK Ser/Thr protein kinase / Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-22E / Serine/threonine-protein kinase MRCK alpha
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Muniz, J.R.C. / Tan, I. / Leung, T. / Lafanechere, L. / Prudent, R. / Abdul Azeez, K. / Szklarz, M. / Phillips, C. / Wang, J. ...Elkins, J.M. / Muniz, J.R.C. / Tan, I. / Leung, T. / Lafanechere, L. / Prudent, R. / Abdul Azeez, K. / Szklarz, M. / Phillips, C. / Wang, J. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cdc42 Binding Protein Kinase Alpha (Mrck Alpha)
著者: Elkins, J.M. / Muniz, J.R.C. / Tan, I. / Leung, T. / Lafanechere, L. / Prudent, R. / Abdul Azeez, K. / Szklarz, M. / Phillips, C. / Wang, J. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A. / Knapp, S.
履歴
登録2012年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MRCK ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9036
ポリマ－50,2721
非ポリマー6315
水3,801211
1
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MRCK ALPHA
ヘテロ分子

A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MRCK ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,80512
ポリマ－100,5442
非ポリマー1,26110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-15.1 kcal/mol
Surface area33350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.744, 49.187, 97.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2018-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MRCK ALPHA / CDC42-BINDING PROTEIN KINASE ALPHA / MYOTONIC DYSTROPHY KINASE-RELATED CDC42-BINDING KINASE ALPHA / ...CDC42-BINDING PROTEIN KINASE ALPHA / MYOTONIC DYSTROPHY KINASE-RELATED CDC42-BINDING KINASE ALPHA / MRCK ALPHA / MYOTONIC DYSTROPHY PROTEIN KINASE-LIKE ALPHA CDC42 BINDING PROTEIN KINASE ALPHA


分子量: 50271.879 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 2-424 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PNIC-CTH0 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O54874, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-22E / 5,11-dimethyl-1-oxo-2,6-dihydro-1h-pyrido[4,3-b]carbazol-9-yl benzoate


分子量: 382.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18N2O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 254 TO GLY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.2M KSCN, 0.1M BISTRISPROPANE PH 8.5, 20% PEG3350, 10% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28.91 Å / Num. obs: 49832 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VD5

2vd5


解像度: 1.7→89.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 4.183 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19326 2038 4.1 %RANDOM
Rwork0.16923 ---
obs0.17022 47784 96.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.425 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å2-0.59 Å2
2--2.8 Å20 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→89.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3185 0 45 211 3441
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.311.9694528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8983.0015554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5475408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03324.049163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.3915577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.251522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02710
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 143 -
Rwork0.296 7187 -
obs--96.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8378-0.5721-0.00811.3730.539910.8755-0.0086-0.00810.13840.1037-0.07780.1228-0.3044-0.56120.08640.10380.07930.00260.1296-0.0310.1125-7.93823.016-9.055
22.5463-0.5232-1.2251.04030.8145.3025-0.0437-0.0864-0.41330.08-0.09290.01050.67290.52390.13660.13810.04620.00080.10050.02910.09475.5596.924.426
32.7446-0.1871-0.39470.91910.51171.70220.0578-0.253-0.18890.1238-0.05120.02460.1032-0.0413-0.00650.1082-0.05960.00610.06120.02720.0356-9.06112.96722.274
42.83150.2591-0.33181.24460.23871.79960.01950.0684-0.0455-0.0284-0.0290.1674-0.0709-0.25270.00950.08740.0116-0.01850.08640.02690.0692-34.44416.51425.156
57.0347-2.95683.74531.6763-1.45143.9395-0.0952-0.07390.55890.022-0.0853-0.0571-0.23180.08950.18040.2618-0.06280.02630.1232-0.02570.1911-20.06228.53433.033
63.42462.0183-0.72655.1682-0.53114.06320.02820.15710.0362-0.09050.0096-0.0087-0.1604-0.1779-0.03780.0433-0.00980.00360.0474-0.01070.0099-6.22816.0768.179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3A74 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4A158 - 346
5X-RAY DIFFRACTION5A347 - 392
6X-RAY DIFFRACTION6A393 - 417

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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