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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4ar6
タイトル
X-ray crystallographic structure of the reduced form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin at 295 K (in quartz capillary) to 0.92 Angstroms resolution.
要素
RUBREDOXIN
キーワード
ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報
alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.77 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 0.92→43.94 Å / Num. obs: 37464 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.06 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル
解像度: 0.92→0.97 Å / 冗長度: 4.22 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 94.8
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
PHENIX
(PHENIX.REFINE)
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
PHENIX
位相決定
精密化
構造決定の手法: OTHER / 解像度: 0.92→27.465 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 9.92 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: CRYSTAL WAS REDUCED WITH SODIUM DITHIONITE IN D2O AND THEN SEALED IN A QUARTZ CAPILLARY FOR 295 K DATA COLLECTION. 8 DIFFERENT ZONES OF THE SAME CRYSTAL (VOLUME 0.012 MM3) WERE EXPOSED TO X- ...詳細: CRYSTAL WAS REDUCED WITH SODIUM DITHIONITE IN D2O AND THEN SEALED IN A QUARTZ CAPILLARY FOR 295 K DATA COLLECTION. 8 DIFFERENT ZONES OF THE SAME CRYSTAL (VOLUME 0.012 MM3) WERE EXPOSED TO X-RAYS OVER 180 DEGREES OSCILLATION ROTATION. DATA WAS SCALED AND MERGED.
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.1361
1864
5 %
Rwork
0.1285
-
-
obs
0.1288
37395
99.18 %
溶媒の処理
減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 121.734 Å2 / ksol: 0.591 e/Å3