PDB-2ve8: Xray structure of FtsK gamma domain (P. aeruginosa)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ve8

タイトル

Xray structure of FtsK gamma domain (P. aeruginosa)

要素

DNA TRANSLOCASE FTSK

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / CHROMOSOME PARTITION / ATP-BINDING / DNA-BINDING / TRANSLOCASE / WINGED HELIX / BACTERIAL CELL DIVISION / CELL DIVISION / TRANSMEMBRANE / INNER MEMBRANE / FTSZ / FTSK / MEMBRANE / CELL CYCLE / DNA BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA translocase activity / cellular response to antibiotic / chromosome segregation / cell division / DNA binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Lowe, J. / Allen, M.A. / Sherratt, D.J.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Molecular Mechanism of Sequence-Directed DNA Loading and Translocation by Ftsk.
著者: Lowe, J. / Ellonen, A. / Allen, M.D. / Atkinson, C. / Sherratt, D.J. / Grainge, I.

履歴

登録	2007年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月25日	Group: Advisory / Other / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ve8.cif.gz	229 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ve8.ent.gz	188.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ve8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ve8_validation.pdf.gz	436 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ve8_full_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示
XML形式データ	2ve8_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	2ve8_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/2ve8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/2ve8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ve9C 2j5oS 2iut 2iuu S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wci-2 4wci-3 3a0j-2 2js2-d 6k2u-d 1aww-d 2fi0-d 4kmf-d 1adr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA TRANSLOCASE FTSK

B: DNA TRANSLOCASE FTSK

C: DNA TRANSLOCASE FTSK

D: DNA TRANSLOCASE FTSK

E: DNA TRANSLOCASE FTSK

F: DNA TRANSLOCASE FTSK

G: DNA TRANSLOCASE FTSK

H: DNA TRANSLOCASE FTSK

63.5 kDa, 8 ポリマー
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1

A: DNA TRANSLOCASE FTSK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.94 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DNA TRANSLOCASE FTSK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.94 kDa, 1 ポリマー
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3

C: DNA TRANSLOCASE FTSK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.94 kDa, 1 ポリマー
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4

D: DNA TRANSLOCASE FTSK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.94 kDa, 1 ポリマー
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5

E: DNA TRANSLOCASE FTSK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.94 kDa, 1 ポリマー
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6

F: DNA TRANSLOCASE FTSK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.94 kDa, 1 ポリマー
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7

G: DNA TRANSLOCASE FTSK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.94 kDa, 1 ポリマー
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8

H: DNA TRANSLOCASE FTSK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.94 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.494, 58.496, 95.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA TRANSLOCASE FTSK / FTSK 分子量: 7935.923 Da / 分子数: 8 / 断片: GAMMA DOMAIN, RESIDUES 739-811 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0M3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 21 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 95599 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 14.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J5O

2j5o

解像度: 1.4→95.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.963 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	4842	5 %	RANDOM
R_work	0.144	-	-	-
obs	0.146	91374	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→95.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3972	0	0	661	4633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.03	0.022	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.332	1.98	5421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.193	5	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.499	22.308	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.601	15	718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.36	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.171	0.2	615
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	3050
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	2933
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.268	0.2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.315	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.194	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.436	1.5	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.198	2	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.112	3	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.846	4.5	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.257	376
R_work	0.174	6736

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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