PDB-4ae8: Crystal structure of human THEM4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ae8

タイトル

Crystal structure of human THEM4

要素

THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 4

キーワード

HYDROLASE / HOTDOG-FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

palmitoyl-CoA hydrolase / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / Negative regulation of the PI3K/AKT network / Activation of AKT2 / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / VEGFR2 mediated vascular permeability / fatty acid metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.594 Å

データ登録者

Zhuravleva, E. / Gut, H. / Hynx, D. / Marcellin, D. / Bleck, C.K.E. / Genoud, C. / Cron, P. / Keusch, J.J. / Dummler, B. / Degli Esposti, M. / Hemmings, B.A.

引用

ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2012
タイトル: Acyl Coenzyme a Thioesterase Them5/Acot15 is Involved in Cardiolipin Remodeling and Fatty Liver Development.
著者: Zhuravleva, E. / Gut, H. / Hynx, D. / Marcellin, D. / Bleck, C.K.E. / Genoud, C. / Cron, P. / Keusch, J.J. / Dummler, B. / Esposti, M.D. / Hemmings, B.A.

履歴

登録	2012年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ae8.cif.gz	282.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ae8.ent.gz	231.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ae8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/4ae8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/4ae8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ae7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1pea-d 5kax-d 6cnx-2 2i3g-1 6cnx-4 6vxu-4 2xa4-2 2eva-d 1tyc-d 6cmm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 4

B: THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 4

C: THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 4

D: THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 4

95.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 4

B: THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 4

ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 4

D: THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 4

ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.539, 58.211, 69.681
Angle α, β, γ (deg.)	89.96, 71.14, 64.60
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.181, -0.9383, 0.2945), (-0.9356, 0.07206, -0.3456), (0.3031, -0.3381, -0.891)	5.009, 6.258, 5.966
2	given	(-0.6138, -0.7342, -0.2902), (0.6426, -0.6782, 0.3566), (-0.4586, 0.03233, 0.888)	62.4, -58.26, -8.178
3	given	(-0.6335, 0.7737, 0.005155), (0.7737, 0.6335, -0.002555), (-0.005242, 0.00237, -1)	45.27, -53.63, 52.11

#1: タンパク質	THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 4 / CARBOXYL-TERMINAL MODULATOR PROTEIN 分子量: 23893.674 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 37-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q5T1C6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 34 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 30% PEG3000, 0.2M NACL, 0.1M TRIS PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.96
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 83501 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 14.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.594→29.72 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2228	4113	4.9 %
R_work	0.1848	-	-
obs	0.1867	83488	93.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.575 Å² / k_sol: 0.361 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.7986 Å²	-3.2491 Å²	-3.2969 Å²
2-	-	-0.8757 Å²	-0.2947 Å²
3-	-	-	-0.9229 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.594→29.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5241	0	0	751	5992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5452
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.023	7355
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.253	2045
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	792
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	947

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5941-1.6128	0.295	94	0.2524	1971	X-RAY DIFFRACTION	67
1.6128-1.6325	0.289	133	0.2357	2461	X-RAY DIFFRACTION	84
1.6325-1.6531	0.3032	140	0.2467	2548	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6531-1.6749	0.2652	141	0.2264	2683	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6749-1.6978	0.2408	117	0.2218	2664	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6978-1.7221	0.2877	131	0.2185	2750	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7221-1.7478	0.2601	153	0.2173	2763	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7478-1.7751	0.304	141	0.2095	2746	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7751-1.8042	0.2534	156	0.2075	2748	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8042-1.8353	0.2608	150	0.2066	2797	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8353-1.8687	0.2526	139	0.1985	2764	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8687-1.9046	0.2333	151	0.1982	2769	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9046-1.9435	0.2496	158	0.1925	2833	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9435-1.9857	0.2306	140	0.1978	2742	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9857-2.0319	0.2408	124	0.1918	2804	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0319-2.0827	0.2394	151	0.1953	2797	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0827-2.139	0.2172	143	0.1913	2794	X-RAY DIFFRACTION	95
2.139-2.2019	0.2576	150	0.1848	2780	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2019-2.273	0.2231	146	0.1836	2774	X-RAY DIFFRACTION	95
2.273-2.3542	0.2414	158	0.1793	2747	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3542-2.4484	0.2067	126	0.1867	2815	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4484-2.5598	0.242	142	0.1921	2816	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5598-2.6947	0.2205	138	0.1777	2836	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6947-2.8634	0.2266	154	0.1809	2786	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8634-3.0842	0.2197	125	0.1858	2840	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0842-3.3942	0.1965	164	0.1696	2833	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3942-3.8844	0.1934	140	0.1559	2866	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8844-4.8904	0.1629	159	0.1456	2806	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8904-29.725	0.2226	149	0.2046	2842	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9356	0.5324	-0.0591	0.8879	-0.0235	0.1999	0.0316	-0.0538	-0.0527	0.0212	-0.0261	-0.1161	0.0182	0.0147	-0.0073	0.0624	0.0198	0.0061	0.0756	0.0024	0.067	21.3571	-18.5941	9.8354
2	0.3817	0.1895	0.0419	1.3062	0.0862	0.2569	0.0056	-0.019	0.0449	-0.0808	-0.0179	0.1259	0.013	-0.0409	0.0048	0.0854	-0.0043	-0.0042	0.0927	-0.004	0.0611	42.3985	3.7362	41.8679

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A OR B
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN C OR D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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