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- PDB-6cnx: Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase 1 (VRK1) b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cnx
タイトルCrystal Structure of the Human vaccinia-related kinase 1 (VRK1) bound to an N-propynyl-N-isopentyl-dihydropteridin inhibitor
要素Serine/threonine-protein kinase VRK1
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AX kinase activity / Golgi disassembly / Cajal body organization / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / histone H3T3 kinase activity / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of neuron migration ...histone H2AX kinase activity / Golgi disassembly / Cajal body organization / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / histone H3T3 kinase activity / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of neuron migration / histone H3S10 kinase activity / nucleosomal DNA binding / Cajal body / neuron projection development / kinase activity / protein autophosphorylation / histone binding / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / chromatin remodeling / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / protein kinase binding / chromatin / nucleolus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-F87 / Chem-FCS / Serine/threonine-protein kinase VRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Counago, R.M. / dos Reis, C.V. / de Souza, G.P. / Azevedo, A. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. ...Counago, R.M. / dos Reis, C.V. / de Souza, G.P. / Azevedo, A. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Vaccinia-Related Kinase 1 (VRK1) bound to a N-propynyl-N-isopentil-dihydropteridine inhibitor
著者: Counago, R.M. / dos Reis, C.V. / de Souza, G.P. / Gama, F. / Azevedo, H. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Ferreira, M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M. / ...著者: Counago, R.M. / dos Reis, C.V. / de Souza, G.P. / Gama, F. / Azevedo, H. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Ferreira, M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2018年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase VRK1
B: Serine/threonine-protein kinase VRK1
C: Serine/threonine-protein kinase VRK1
D: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,51727
ポリマ－164,5534
非ポリマー2,96523
水14,700816
1
A: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8606
ポリマ－41,1381
非ポリマー7225
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7906
ポリマ－41,1381
非ポリマー6525
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8867
ポリマ－41,1381
非ポリマー7486
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9828
ポリマ－41,1381
非ポリマー8447
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.470, 96.821, 192.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEAA23 - 34123 - 341
21PHEPHEBB23 - 34123 - 341
12GLUGLUAA21 - 34121 - 341
22GLUGLUCC21 - 34121 - 341
13ALAALAAA24 - 34124 - 341
23ALAALADD24 - 34124 - 341
14PHEPHEBB23 - 34123 - 341
24PHEPHECC23 - 34123 - 341
15ALAALABB24 - 34124 - 341
25ALAALADD24 - 34124 - 341
16ALAALACC24 - 34124 - 341
26ALAALADD24 - 34124 - 341

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase VRK1 / Vaccinia-related kinase 1


分子量: 41138.125 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 3-364
変異: K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q99986, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 6種, 839分子

#2: 化合物 ChemComp-F87 / (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-8-(3-methylbutyl)-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one


分子量: 415.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23F2N5O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-FCS / (7S)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-8-(3-methylbutyl)-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one


分子量: 415.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23F2N5O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30.25% PEG3350, 30mM LiSO4, 0.1M SBG (Sodium-tartrate, Bis-Tris, Glycylglycine)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 117261 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.001 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5736 / CC1/2: 0.585 / Rpim(I) all: 0.565 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OP5

3op5


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.869 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21112 5665 4.8 %RANDOM
Rwork0.18707 ---
obs0.18825 111512 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.898 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0 Å20 Å2
2--0.52 Å2-0 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9866 0 202 816 10884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01910342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5491.96914029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9872.98721695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16551256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.16323.615473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.683151667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0491565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02111584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8531.5385053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8141.535038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4092.2866290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4092.2866291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9441.6345289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9431.6345289
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5362.4227740
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.0818.63311879
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.0818.63811880
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A195040.1
12B195040.1
21A202620.08
22C202620.08
31A198480.09
32D198480.09
41B193460.09
42C193460.09
51B203760.06
52D203760.06
61C196580.09
62D196580.09
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 434 -
Rwork0.291 8060 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.061-0.3714-1.00561.32410.94152.45040.05850.08010.0644-0.0342-0.0573-0.031-0.1356-0.0644-0.00120.14280.0216-0.01150.10940.00140.008418.552.303220.9223
21.67680.37640.3281.8802-0.51372.0751-0.030.05490.0382-0.07460.0660.34960.0176-0.2451-0.0360.1349-0.01220.00890.1254-0.02160.0776-16.02683.003953.0683
31.2543-0.11330.98840.9655-0.54142.7987-0.0128-0.0576-0.07230.07940.01380.06710.1678-0.2577-0.0010.0855-0.04390.01360.1426-0.00740.0121-25.8098-46.203528.0995
42.11210.2376-0.66291.21750.43422.51340.0458-0.14510.33660.02580.04850.0079-0.17370.0727-0.09430.0357-0.00090.00150.1025-0.00280.0607-26.9027-10.1-2.2169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 600
3X-RAY DIFFRACTION3C21 - 600
4X-RAY DIFFRACTION4D24 - 600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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