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- PDB-4ae7: Crystal structure of human THEM5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ae7
タイトルCrystal structure of human THEM5
要素THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 5
キーワードHYDROLASE / HOTDOG-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiolipin acyl-chain remodeling / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / palmitoyl-CoA hydrolase / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / fatty acid metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-coenzyme A thioesterase THEM5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Zhuravleva, E. / Gut, H. / Hynx, D. / Marcellin, D. / Bleck, C.K.E. / Genoud, C. / Cron, P. / Keusch, J.J. / Dummler, B. / Degli Esposti, M. / Hemmings, B.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2012
タイトル: Acyl Coenzyme a Thioesterase Them5/Acot15 is Involved in Cardiolipin Remodeling and Fatty Liver Development.
著者: Zhuravleva, E. / Gut, H. / Hynx, D. / Marcellin, D. / Bleck, C.K.E. / Genoud, C. / Cron, P. / Keusch, J.J. / Dummler, B. / Esposti, M.D. / Hemmings, B.A.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5361
ポリマ－24,5361
非ポリマー00
水3,153175
1
A: THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 5

A: THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0722
ポリマ－49,0722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-25.8 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.389, 88.634, 105.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 THIOESTERASE SUPERFAMILY MEMBER 5


分子量: 24535.949 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 35-247 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q8N1Q8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細L206V, CORRESPONDS TO VAR_031766, DBSNP RS6587624

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 10% PEG 3000, 0.2 M NACL, 0.1 M PHOSPHATE-CITRATE PH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 70847 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 16.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→27.519 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 14.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1706 3503 5 %
Rwork0.1403 --
obs0.1418 70483 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.437 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2185 Å20 Å20 Å2
2---2.8584 Å20 Å2
3----0.3601 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→27.519 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1478 0 0 175 1653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0232072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.762574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005268
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.46990.26691260.23692684X-RAY DIFFRACTION97
1.4699-1.49090.22151580.2142636X-RAY DIFFRACTION97
1.4909-1.51310.25281310.20552763X-RAY DIFFRACTION97
1.5131-1.53680.21271370.18442574X-RAY DIFFRACTION96
1.5368-1.56190.1961450.17022771X-RAY DIFFRACTION97
1.5619-1.58890.1631510.1582637X-RAY DIFFRACTION97
1.5889-1.61780.18741420.13872708X-RAY DIFFRACTION98
1.6178-1.64890.16321570.1362674X-RAY DIFFRACTION98
1.6489-1.68250.14611330.13042716X-RAY DIFFRACTION98
1.6825-1.71910.15771370.1292706X-RAY DIFFRACTION98
1.7191-1.75910.15351040.1182742X-RAY DIFFRACTION98
1.7591-1.80310.16481520.11222694X-RAY DIFFRACTION98
1.8031-1.85180.16781420.10932760X-RAY DIFFRACTION98
1.8518-1.90630.13471460.10382715X-RAY DIFFRACTION98
1.9063-1.96780.1641450.11212710X-RAY DIFFRACTION98
1.9678-2.03810.16031450.10682711X-RAY DIFFRACTION99
2.0381-2.11970.15521450.11422716X-RAY DIFFRACTION99
2.1197-2.21610.13421400.1142742X-RAY DIFFRACTION99
2.2161-2.33290.17311450.11622719X-RAY DIFFRACTION98
2.3329-2.4790.18271410.13282734X-RAY DIFFRACTION98
2.479-2.67020.16181370.14242685X-RAY DIFFRACTION98
2.6702-2.93870.19661430.14532704X-RAY DIFFRACTION97
2.9387-3.36330.17391450.14092660X-RAY DIFFRACTION96
3.3633-4.23490.15111370.14012556X-RAY DIFFRACTION92
4.2349-27.52390.18931190.18642263X-RAY DIFFRACTION82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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