PDB-5kax: The structure of CTR107 protein bound to RHODAMINE 6G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kax

タイトル

The structure of CTR107 protein bound to RHODAMINE 6G

要素

CTR107 protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / GyrI-like domatin / multi-drug recognition

機能・相同性

機能・相同性情報

Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Chlorobium tepidum (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Moreno, A. / Wade, H.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Solution Binding and Structural Analyses Reveal Potential Multidrug Resistance Functions for SAV2435 and CTR107 and Other GyrI-like Proteins.
著者: Moreno, A. / Froehlig, J.R. / Bachas, S. / Gunio, D. / Alexander, T. / Vanya, A. / Wade, H.

履歴

登録	2016年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kax.cif.gz	191.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kax.ent.gz	157.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kax.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kax_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kax_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5kax_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	5kax_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/5kax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/5kax	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5katC 5kauC 5kavC 5kawC 5kcbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3p1i-3 3tc5-d 3e0h-d 3kpa-3 2ygn-d 3dtj-1 2xp5-d 1shx-2 4jet-3 4pdn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CTR107 protein

B: CTR107 protein

ヘテロ分子

37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CTR107 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CTR107 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.958, 71.958, 146.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	CTR107 protein 分子量: 18166.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlorobium tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (バクテリア) 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 遺伝子: CT0179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KFZ1
#2: 化合物	ChemComp-RHQ / RHODAMINE 6G 分子量: 443.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₁N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.52 Å / Num. obs: 27525 / % possible obs: 94.93 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 23.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2→47.515 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.34 / 位相誤差: 26.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1793	1415	5.14 %
R_work	0.1412	-	-
obs	0.1462	27525	94.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.515 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2376	0	96	218	2690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2552
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.31	3466
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.485	913
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	361
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	447

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0013-2.0726	0.3117	159	0.2801	2677	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0726-2.1552	0.2935	146	0.2402	2639	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1552-2.2529	0.2188	129	0.2178	2692	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2529-2.3711	0.2459	128	0.2081	2643	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3711-2.5188	0.2134	139	0.1962	2583	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5188-2.7119	0.2357	138	0.1837	2596	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7119-2.9822	0.1922	121	0.1619	2615	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9822-3.4079	0.1858	155	0.1361	2560	X-RAY DIFFRACTION	89
3.4079-4.2717	0.1433	153	0.1009	2536	X-RAY DIFFRACTION	88
4.2717-13.6572	0.1399	137	0.098	2491	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6482	-0.079	0.4843	0.507	0.2659	0.5062	0.0052	0.1092	-0.3943	-0.1305	-0.0523	0.1694	-0.392	0.4048	-0.0003	0.4158	-0.0573	-0.0263	0.4079	-0.0347	0.4119	-24.1687	21.4946	-14.3957
2	0.7657	-0.4066	0.1194	0.3608	0.0838	0.1783	-0.1775	0.1499	0.1123	-0.1195	0.1983	-0.471	-0.0567	-0.1667	0.0002	0.3269	-0.0172	0.0101	0.3403	-0.0394	0.3435	-6.1294	34.0276	-4.0246
3	0.688	0.2834	0.1595	0.4459	0.2559	0.1913	-0.0272	0.0431	-0.333	-0.1308	0.0635	-0.6212	0.1118	0.3769	0.0001	0.3049	-0.0054	0.0398	0.3833	-0.0389	0.4299	0.7998	26.0195	-2.7927
4	2.8713	0.7545	-0.4117	1.7413	1.7174	2.1873	0.0479	-0.0854	-0.185	0.0246	0.0132	-0.1042	0.1787	-0.1318	-0.0013	0.2735	-0.0016	-0.0089	0.3171	-0.0105	0.2889	-8.9449	27.5948	-1.0693
5	1.1303	-0.5709	0.866	1.1109	-0.0222	0.9139	0.1182	0.1218	0.2104	-0.3477	-0.1318	0.237	-0.0963	-0.1091	-0.0002	0.3551	-0.015	-0.0142	0.3667	-0.0193	0.362	-20.3675	28.257	-15.4785
6	1.09	0.6989	0.7347	1.6749	-0.5217	1.4017	-0.243	0.2466	-0.1248	0.1242	-0.1103	-0.0136	0.0517	-0.0077	-0.0001	0.2875	-0.0586	0.0169	0.4077	-0.0427	0.2934	-12.7592	22.9191	-14.3269
7	0.747	-0.4113	-0.4091	0.3711	-0.0763	0.4605	0.0386	-0.0983	-0.1525	0.1809	0.2134	0.3217	-0.173	0.3867	-0.0013	0.3461	-0.0192	0.0423	0.4421	-0.0331	0.4541	-26.864	31.1644	17.2567
8	1.0513	0.1548	-0.6194	1.1609	0.6072	0.9197	-0.0049	-0.152	0.3031	-0.0076	0.0117	-0.2104	-0.1065	0.2127	-0.0002	0.3205	-0.0314	-0.0132	0.2916	-0.0324	0.3702	-10.2491	47.9753	6.773
9	2.2584	1.0903	-1.06	1.9873	1.0304	2.1243	-0.0046	-0.1367	-0.0756	-0.1756	0.0333	0.0399	0.111	0.0085	0.0004	0.2695	-0.0297	0.0408	0.2731	0.0003	0.2777	-13.4306	41.3713	8.5363
10	1.3144	0.1771	-0.6219	2.3971	-0.0308	2.7008	-0.0505	-0.0837	-0.1394	0.2182	-0.0927	0.0168	0.1738	0.0761	0.0004	0.2637	-0.012	0.0071	0.297	-0.0193	0.3272	-19.1351	36.5671	14.5416

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 30 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 49 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 50 through 94 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 135 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 136 through 158 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 17 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 18 through 49 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 50 through 76 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 77 through 158 )

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新型コロナ情報

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