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万見
- PDB-4a9z: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN P63 TETRAMERIZATION DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a9z
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN P63 TETRAMERIZATION DOMAIN
要素TUMOR PROTEIN 63Neoplasm
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of keratinocyte differentiation ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of keratinocyte differentiation / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / polarized epithelial cell differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / proximal/distal pattern formation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / WW domain binding / skin morphogenesis / cranial skeletal system development / sympathetic nervous system development / post-anal tail morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / hair follicle morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / regulation of epidermal cell division / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of stem cell proliferation / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / epithelial cell development / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of cellular senescence / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / keratinocyte proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / establishment of skin barrier / Pyroptosis / positive regulation of osteoblast differentiation / keratinocyte differentiation / MDM2/MDM4 family protein binding / Notchシグナリング / skeletal system development / stem cell proliferation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / determination of adult lifespan / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / protein tetramerization / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / 細胞老化 / p53 binding / 精子形成 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチンリモデリング / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / DNA damage response / 樹状突起 / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily ...Tumour protein p63, SAM domain / p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Few Secondary Structures / イレギュラー
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Coutandin, D. / Salah, E. / Chaikuad, A. / Vollmar, M. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Dotsch, V. ...Muniz, J.R.C. / Coutandin, D. / Salah, E. / Chaikuad, A. / Vollmar, M. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Dotsch, V. / von Delft, F. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human P63 Tetramerization Domain
著者: Muniz, J.R.C. / Coutandin, D. / Salah, E. / Chaikuad, A. / Vollmar, M. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Dotsch, V. / von Delft, F. / Knapp, S.
履歴
登録2011年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUMOR PROTEIN 63
B: TUMOR PROTEIN 63
C: TUMOR PROTEIN 63
D: TUMOR PROTEIN 63
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8765
ポリマ－29,5214
非ポリマー3541
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9810 Å2
ΔGint-61.4 kcal/mol
Surface area11400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.850, 80.850, 68.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.3613, -0.833, -0.419), (-0.8098, -0.5031, 0.3019), (-0.4623, 0.2302, -0.8563)
ベクター: 61.0659, 90.5323, 20.574)

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要素

#1: タンパク質
TUMOR PROTEIN 63 / Neoplasm / P63 / CHRONIC ULCERATIVE STOMATITIS PROTEIN / CUSP / KERATINOCYTE TRANSCRIPTION FACTOR KET / ...P63 / CHRONIC ULCERATIVE STOMATITIS PROTEIN / CUSP / KERATINOCYTE TRANSCRIPTION FACTOR KET / TRANSFORMATION-RELATED PROTEIN 63 / TP63 / TUMOR PROTEIN P73-LIKE / P73L / P40 / P51


分子量: 7380.309 Da / 分子数: 4 / 断片: TETRAMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 397-455 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H3D4
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / ポリエチレングリコール


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→70.02 Å / Num. obs: 11980 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 52.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.29→2.41 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9491 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Blow DPI: 0.211 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.212
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 572 4.78 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
obs0.1967 11961 99.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0136 Å20 Å20 Å2
2--0.0136 Å20 Å2
3----0.0273 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.335 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1620 0 12 45 1677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011684HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.982274HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d829SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes59HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes229HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1684HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion215SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1920SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.51 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2117 128 4.56 %
Rwork0.1999 2680 -
all0.2004 2808 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6341.1621-1.58777.70892.22060.33040.1771-0.38820.6050.0388-0.1022-0.0892-0.1150.1002-0.0748-0.083-0.01850.10280.0105-0.010.031145.287337.95338.5693
26.3464-0.4675-1.10077.1184-3.91434.6918-0.09740.3675-0.0603-0.09130.2932-0.4163-0.0827-0.1503-0.1958-0.1577-0.07450.0396-0.1166-0.1197-0.059347.838327.18964.0401
34.3448-0.75093.8893-0.8629-0.98124.6112-0.0559-0.1381-0.21840.28260.0622-0.2967-0.01530.1527-0.00620.08540.0466-0.14370.0168-0.0550.136963.381115.536512.0952
49.09-0.2834-0.59026.93413.00321.80660.09470.24990.2796-0.3151-0.0052-0.1579-0.2824-0.1187-0.0895-0.1731-0.00990.1069-0.03210.0685-0.037542.687336.79921.955
59.71310.4897-2.90982.4263-0.05473.913-0.0601-0.00420.67740.02160.0923-0.2373-0.17810.2018-0.0322-0.0941-0.09950.0942-0.1285-0.12110.106553.912138.61390.3674
6-0.71790.4704-1.28130.78250.78292.4577-0.05670.32170.0513-0.20940.0124-0.00990.03970.010.04430.05680.06930.15120.3278-0.0882-0.189764.613234.9258-16.8001
73.6003-1.81930.7461.4231-0.05018.31550.07960.0679-0.2202-0.1332-0.10280.00360.15850.58030.0233-0.186-0.0390.01560.1712-0.11510.094665.356419.9806-5.1633
86.5851.6907-1.96753.4036-2.40127.3706-0.08630.05580.0650.281-0.0092-0.2010.21140.68830.0955-0.0842-0.0436-0.084-0.1116-0.0689-0.054759.487623.08855.1607
9-0.86860.11430.0842.2411-0.34225.861-0.0344-0.0171-0.27150.2305-0.02670.47040.0977-0.5720.061-0.2009-0.12880.07660.06770.05380.105337.978423.88137.8143
10-0.86320.3939-0.45221.23632.589400.0050.0451-0.0916-0.07540.0160.04670.0944-0.0321-0.0211-0.0602-0.07070.00490.19890.0126-0.063534.976127.781-4.3151
114.727-1.15492.73582.2506-1.78122.98320.0358-0.0346-0.0905-0.1370.1533-0.03660.10080.6814-0.1891-0.1505-0.0106-0.04280.1077-0.05760.076569.928125.6456-2.5496
124.81273.1472-1.01967.8999-2.25793.40.25570.02020.49160.16910.00160.2371-0.48850.3464-0.2573-0.0572-0.16390.0525-0.1059-0.0828-0.084458.514736.9804-5.6347
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 358:368
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 369:387
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESSEQ 388:404
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESSEQ 358:368
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESSEQ 369:387
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESSEQ 388:402
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND RESSEQ 358:368
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND RESSEQ 369:389
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND RESSEQ 390:410
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND RESSEQ 411:415
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND RESSEQ 358:368
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN D AND RESSEQ 369:401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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