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Yorodumi- PDB-6sx0: Specific dsRNA recognition by wild type H7N1 NS1 RNA-binding domain -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sx0 | ||||||
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Title | Specific dsRNA recognition by wild type H7N1 NS1 RNA-binding domain | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / INFLUENZA VIRUS / RNA-BINDING DOMAIN / RNA-PROTEIN COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Influenza A virus synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Coste, F. / Wacquiez, A. / Marc, D. / Castaing, B. | ||||||
Citation | Journal: Viruses / Year: 2020 Title: Structure and Sequence Determinants Governing the Interactions of RNAs with Influenza A Virus Non-Structural Protein NS1. Authors: Wacquiez, A. / Coste, F. / Kut, E. / Gaudon, V. / Trapp, S. / Castaing, B. / Marc, D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6sx0.cif.gz | 121.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6sx0.ent.gz | 89.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6sx0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6sx0_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6sx0_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 6sx0_validation.xml.gz | 11.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6sx0_validation.cif.gz | 16.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/6sx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/6sx0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6sw8SC 6sx2C 6zlcC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 8817.149 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/turkey/Italy/977/1999(H7N1)) Strain: A/turkey/Italy/977/1999(H7N1) / Gene: ns1, NS, NS1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q1PST0 #2: RNA chain | Mass: 6039.617 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-PE4 / #4: Chemical | ChemComp-NHE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 / Details: 100mM CHES, 30% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.9801 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 8, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9801 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→43.26 Å / Num. obs: 27291 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.546 / Num. unique obs: 1481 / CC1/2: 0.571 / Rpim(I) all: 0.64 / Rrim(I) all: 1.675 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6SW8 Resolution: 1.75→43.259 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.11 / Phase error: 22.81
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 107.8 Å2 / Biso mean: 42.1301 Å2 / Biso min: 24.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→43.259 Å
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.7837 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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