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- PDB-6zlc: Non-specific dsRNA recognition by wildtype H7N1 RNA-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zlc
タイトルNon-specific dsRNA recognition by wildtype H7N1 RNA-binding domain
要素
  • Non-structural protein 1
  • RNA (5'-R(*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*U)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN / INFLUENZA A VIRUS / RNA BINDING DOMAIN / RNA-PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / S15/NS1, RNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / RNA / RNA (> 10) / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Coste, F. / Wacquiez, A. / Marc, D. / Castaing, B.
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: Structure and Sequence Determinants Governing the Interactions of RNAs with Influenza A Virus Non-Structural Protein NS1.
著者: Wacquiez, A. / Coste, F. / Kut, E. / Gaudon, V. / Trapp, S. / Castaing, B. / Marc, D.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1
C: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,15410
ポリマ－29,7144
非ポリマー4406
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.596, 103.596, 102.208
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1


分子量: 8817.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/turkey/Italy/977/1999(H7N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/turkey/Italy/977/1999(H7N1) / 遺伝子: ns1, NS, NS1 / Variant: A/turkey/Italy/977/1999(H7N1) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1PST0
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*U)-3')


分子量: 6039.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200mM ammonium nitrate, 2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.33 Å / Num. obs: 25358 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 62.02 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2431 / CC1/2: 0.55 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZKO

2zko


解像度: 2.3→46.33 Å / SU ML: 0.3394 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.7724
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 1233 4.87 %
Rwork0.191 24069 -
obs0.1923 25302 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1165 798 26 56 2045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00422088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66682986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0319368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.69251177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.390.33771470.3122602X-RAY DIFFRACTION99.93
2.39-2.50.34091560.29312592X-RAY DIFFRACTION99.96
2.5-2.630.32691630.27422611X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.80.30371480.26412628X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.010.27411090.26522669X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.320.28891140.22812682X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.80.19971350.17612683X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.780.17551360.14072715X-RAY DIFFRACTION100
4.78-46.330.171250.1662887X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.68204049493-5.606253175515.200388095514.07682051937-4.948634289748.505832831311.135398636491.92899850350.520727375759-0.889736303223-2.59575463549-0.131286024123-0.6229340646672.114740551811.005469065820.9553566964740.0865255257039-0.07648788184391.3728006250.01434005850670.91100993371635.930736982311.1894648568-1.47726253921
22.423079500130.16704492082-0.02326796941496.12485243648-3.374661906551.99987346320.03207575599240.2116809142-0.0599944638974-0.532487960983-0.166626206691-0.05360472691490.1776877934780.007692405824010.1263691438950.5831694793620.01885204337840.01748650857290.574092183648-0.04945501387140.38838279699841.3387263392-9.25852070359-2.76324336802
35.03384301052-5.23140357093-4.966940672145.470032424275.227934391975.051093270310.4933702922341.4075127727-1.03251800202-0.424755190014-0.428536111611-0.1119405364410.590436114754-0.6002830548820.05412663589381.097458254680.03064718388080.04739478597380.859671808593-0.140352840290.74506015453941.2689057314-26.2064568915-4.06978321724
41.40455233759-0.3998458841570.7139295371763.43148456198-3.669765251744.306968559220.003196447750390.260485851111-0.15559633011-0.183734970720.3935060145630.899717913090.239986745509-0.234365043273-0.3537115197390.574034385004-0.01470590647560.01637981318610.568353290919-0.07675393161620.50593260200732.4419847681-11.6633963516-1.11798095223
53.6921628144-2.87188458752-1.443690572219.86093962814-2.405542829728.87923521061-0.3481025121180.626912678427-0.156951923996-0.0352203297923-0.24923662889-0.722002604053-0.4710819758171.050568135080.5444317770980.546756550598-0.02649858519030.04652989652970.4545483183960.012448368320.42740726922447.5213902694-4.42865503323-4.6128986254
61.843985001840.596196906091.32311585215.690044235461.270241713573.971783467180.113583414012-0.0117077864954-0.352311720155-0.492585230702-0.44808192648-0.1801759040440.09923720839660.07360383491990.3002456978820.6018114139960.01193441602170.09504744056960.5821455745170.006485840230.53371755904846.1479340428-17.75597264796.31651512094
71.45559220427-1.0245846311-0.1243045038487.82378438038-2.245104561652.94011334080.0177132398883-0.113547357484-0.06094270684230.469737990988-0.2437965133210.0902743630171-0.3212345293890.1749634619410.2470322933990.601876436881-0.08039155207460.01752826138250.585614863488-0.0473333043720.43195799646241.4894479856-11.16732114511.9892677626
87.26812006318-0.5457457104714.141781737527.56879294532-3.523616688956.297752389050.1009510565780.515553321954-0.552429651623-0.668328993288-0.206671137556-0.5541839729230.6004636472571.53181435570.1421488851050.5956464064060.1140519137340.110685696090.483635528425-0.02013354327410.59691199499251.889432201-21.15515196712.28546496985
94.168724682214.71198925051-2.219255939737.919015860780.5879270870116.19549876783-0.440211882259-0.720673725321-1.218511854910.432748248061-0.0001676581343881.701451183941.129619341520.2281541436380.5276066595440.8475312810750.005057977895760.1421672813550.5448679936850.08514106736661.0731741813631.8623989062-29.527533898717.8407288663
102.284916721170.948530566744-0.3831364417196.2778712342-1.51431781266.75315367535-0.1544429360570.139733855550.527904845630.373785467636-0.06686403743131.005009949070.141045076854-0.3514558299730.1602113959580.679355719918-0.07037247008460.04395030638630.649308227612-0.09835740353690.85073283199323.8829672139-16.83622016487.75442260484
114.01815953694-0.877945049515-0.59016824193.88815881418-3.296782760734.902817928210.164890904133-0.226368711615-0.3349133162450.372926209883-0.1006187460431.16887064344-0.419283184411-0.261873906279-0.159031462410.7180206650890.07037809218460.1102833862650.607000128856-0.1175831530480.82650644600126.45955881271.3893652120111.5160561353
124.9010793656-2.971371696470.2833118655623.92341537618-1.632958369085.694234737070.02563427614840.0281518591330.00181796810560.559937539087-0.08663383468390.826480753666-0.2404901049380.170911227828-0.1130699779290.622170314992-0.1002118626130.07595986548540.488500076869-0.0286952671760.71697795216725.5969154699-3.368217578239.83303173178
134.64534211882-1.12123485863-1.512244655253.04432197282-1.970396655933.543107782740.380406932148-0.13630101174-0.4469164974940.389265145205-0.2554214423460.5171383612520.214226396897-0.16679371403-0.1383152657650.938601156155-0.1954133602020.07917784418990.625795472976-6.58582189361E-60.91097722863327.010029455-28.083924471411.0217203484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 2 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 3 through 24 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 29 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 30 through 50 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 51 through 73 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 24 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 25 through 50 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 51 through 72 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 5 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 6 through 10 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 11 through 19 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 10 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 11 through 19 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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