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- PDB-1m0m: BACTERIORHODOPSIN M1 INTERMEDIATE AT 1.43 A RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m0m
タイトルBACTERIORHODOPSIN M1 INTERMEDIATE AT 1.43 A RESOLUTION
要素BACTERIORHODOPSIN
キーワードION TRANSPORT / ION PUMP / MEMBRANE PROTEIN / RETINAL PROTEIN / LIPIDS / PHOTORECEPTOR / HALOARCHAEA / 7-TRANSMEMBRANE / SERPENTINE / MEROHEDRAL TWINNING
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LI1 / RETINAL / 2,10,23-TRIMETHYL-TETRACOSANE / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Lanyi, J.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystallographic structure of the retinal and the protein after deprotonation of the Schiff base: the switch in the bacteriorhodopsin photocycle.
著者: Lanyi, J. / Schobert, B.
履歴
登録2002年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年9月9日Group: Version format compliance
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE 1 THIS ENTRY IS MADE UP OF TWO MODELS WHICH REPRESENT THE TWO CONFORMATIONS OF THE WILD- ...BIOMOLECULE 1 THIS ENTRY IS MADE UP OF TWO MODELS WHICH REPRESENT THE TWO CONFORMATIONS OF THE WILD-TYPE PROTEIN. MODEL 1 IS THE BR STATE WITH OCCUPANCY OF 0.40 AND MODEL 2 IS THE MI STATE WITH OCCUPANCY OF 0.60.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,24416
ポリマ－28,2701
非ポリマー8,97415
水41423
1
A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,73248
ポリマ－84,8103
非ポリマー26,92245
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.069, 61.069, 110.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
モデル数2

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要素

#1: タンパク質 BACTERIORHODOPSIN / BR


分子量: 28270.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / プラスミド: PRN2367 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT


分子量: 639.130 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H86O3
#4: 化合物 ChemComp-SQU / 2,10,23-TRIMETHYL-TETRACOSANE / LIPID FRAGMENT


分子量: 380.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H56
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: cubic lipid phase / pH: 5.6
詳細: cubic lipid phase with mono-olein and potassium phosphate, pH 5.60, CUBIC LIPID PHASE, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5.6
詳細: Landau, E.M., (1996) Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 93, 14532.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.3 Msodium potassium Pi11
23.5 mg/mlprotein11
30.05 %methylpentandiol11
41.2 %beta-octylglycopyranoside11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→25 Å / Num. obs: 39522 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 39.6
反射 シェル解像度: 1.43→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.43 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 517904 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C3W

1c3w


解像度: 1.43→25 Å / Num. parameters: 8453 / Num. restraintsaints: 8759 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: MEROHEDRAL TWINNING RATIO OF 52:48
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1907 4.8 %THIN RESOLUTION SHELLS
Rwork0.163 ---
all0.1644 39496 --
obs0.1631 39496 92.2 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 21 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2070.9
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 0 330 23 2073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0244
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.173
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.1644 / Rfactor obs: 0.1631 / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.163
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.43 Å / 最低解像度: 1.47 Å / Rfactor Rfree: 0.198 / Rfactor Rwork: 0.142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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