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- PDB-4zi1: HUMAN ESTROGEN RECEPTOR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zi1
タイトルHUMAN ESTROGEN RECEPTOR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH KB095285 AND CIA12 COACTIVATOR PEPTIDE
要素
  • Estrogen receptor beta
  • Nuclear receptor coactivator 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / ESTROGEN RECEPTOR BETA / BETA SELECTIVE / ERB
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen response element binding / regulation of signal transduction / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen response element binding / regulation of signal transduction / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transcription corepressor activity / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / actin cytoskeleton / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / extracellular space / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Anticodon-binding domain superfamily / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...: / Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Anticodon-binding domain superfamily / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KB0 / Estrogen receptor beta / Nuclear receptor coactivator 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kauppi, B. / Bonn, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HUMAN ESTROGEN RECEPTOR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH KB095285 AND CIA12 COACTIVATOR PEPTIDE
著者: Kauppi, B. / Bonn, T.
履歴
登録2015年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor beta
B: Nuclear receptor coactivator 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6303
ポリマ－29,3162
非ポリマー3141
水4,089227
1
A: Estrogen receptor beta
B: Nuclear receptor coactivator 5
ヘテロ分子

A: Estrogen receptor beta
B: Nuclear receptor coactivator 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2606
ポリマ－58,6314
非ポリマー6292
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.258, 85.258, 112.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-818-

HOH

21A-905-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor beta / ER-beta / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 2


分子量: 28029.234 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, UNP residues 262-509 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2, ESTRB, NR3A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92731
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 5 / NCoA-5 / Coactivator independent of AF-2 / CIA


分子量: 1286.430 Da / 分子数: 1 / 断片: 12mer PEPTIDE CIA12mod, UNP residues 341-352 / Mutation: Q343E, N347D / 由来タイプ: 合成
詳細: Two mutations were made to increase peptide solubility
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCD5
#3: 化合物 ChemComp-KB0 / 2-(4-hydroxyphenyl)-7-methyl-3-phenyl-1H-inden-5-ol / KB095285


分子量: 314.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CIA 12, 12-MER OF COACTIVATOR INDEPENDENT OF AF-2 FUNCTION PEPTIDE. DERIVED FROM NCOA5_HUMAN ...CIA 12, 12-MER OF COACTIVATOR INDEPENDENT OF AF-2 FUNCTION PEPTIDE. DERIVED FROM NCOA5_HUMAN RESIDUE NUMBER 341-352

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.1 % / 解説: Bipyramides
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 10.5% (W/V) P6000, 1.75M NACL 0.1 M MES, PH 5.2, 12.5% (V/V) GLYCEROL, 2 TIMES EXCESS OF CIA12 PEPTIDE
PH範囲: 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月12日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.98 Å / Num. obs: 23165 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.47 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.87
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.39 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM6.2.3データ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
MOLREP8.2.01位相決定
REFMAC5.1.9999精密化
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INTERNAL DATA

解像度: 2.1→19.98 Å / SU B: 7.075 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.149
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2227 1193 5.15 %RANDOM
Rwork0.1747 ---
obs0.177 21970 99.13 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.341 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.758 Å20 Å20 Å2
2--0.758 Å20 Å2
3----1.516 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1871 0 24 227 2122
LS精密化 シェル最高解像度: 2.1 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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