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- PDB-4a2x: Structure of duck RIG-I C-terminal domain (CTD) with 14-mer dSRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a2x
タイトルStructure of duck RIG-I C-terminal domain (CTD) with 14-mer dSRNA
要素
  • 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*CP*UP*CP*CP*CP)-3'
  • 5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*GP)-3'
  • RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX / SUPERFAMILY 2 RNA HELICASE / ATP AND DSRNA BINDING / ANTIVIRAL SIGNALLING PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / antiviral innate immune response / double-stranded RNA binding / single-stranded RNA binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I, CARD domain repeat 2 / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. ...RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I, CARD domain repeat 2 / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Beta Complex / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種ANAS PLATYRHYNCHOS (アヒル)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Kowalinski, E. / Lunardi, T. / McCarthy, A.A. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the activation of innate immune pattern-recognition receptor RIG-I by viral RNA.
著者: Kowalinski, E. / Lunardi, T. / McCarthy, A.A. / Louber, J. / Brunel, J. / Grigorov, B. / Gerlier, D. / Cusack, S.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
B: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
C: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
D: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
L: 5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*GP)-3'
M: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*CP*UP*CP*CP*CP)-3'
N: 5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*GP)-3'
O: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*CP*UP*CP*CP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,86912
ポリマ－78,6078
非ポリマー2624
水00
1
A: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
B: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
L: 5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*GP)-3'
M: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*CP*UP*CP*CP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4346
ポリマ－39,3044
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9060 Å2
ΔGint-8.1 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
2
C: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
D: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
N: 5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*GP)-3'
O: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*CP*UP*CP*CP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4346
ポリマ－39,3044
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-5.5 kcal/mol
Surface area21640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.020, 90.640, 62.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNTHRTHRAA807 - 8465 - 44
21GLNGLNTHRTHRBB807 - 8465 - 44
31GLNGLNTHRTHRCC807 - 8465 - 44
41GLNGLNTHRTHRDD807 - 8465 - 44
12PHEPHEGLUGLUAA858 - 89856 - 96
22PHEPHEGLUGLUBB858 - 89856 - 96
32PHEPHEGLUGLUCC858 - 89856 - 96
42PHEPHEGLUGLUDD858 - 89856 - 96
13METMETPROPROAA906 - 931104 - 129
23METMETPROPROBB906 - 931104 - 129
33METMETPROPROCC906 - 931104 - 129
43METMETPROPRODD906 - 931104 - 129

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.283065, -0.958885, 0.020318), (-0.957734, 0.283729, 0.047371), (-0.051188, -0.00605, -0.998671)-6.42958, -3.42764, -16.3543
3given(0.284545, 0.957964, 0.036596), (-0.957973, 0.285581, -0.027045), (-0.036359, -0.027363, 0.998964)92.99938, 20.58555, 12.96079
4given(0.842603, -0.538013, 0.023696), (-0.537161, -0.842781, -0.034329), (0.03844, 0.016197, -0.99913)-51.91806, -91.42387, -31.43831

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要素

#1: タンパク質
RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I / RIG-I


分子量: 15181.542 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 806-933 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ANAS PLATYRHYNCHOS (アヒル) / プラスミド: PET11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: D3TI84
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*GP)-3' / 14-MER RNA


分子量: 4587.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: RNA鎖 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*CP*UP*CP*CP*CP)-3'


分子量: 4352.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
配列の詳細ADDITIONAL GAM AT N-TERMINUS AFTER CLEAVAGE OF HIS-TAG GENBANK REFERENCE FOR CHAINS A, B, C, D IS ACA61272.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 14 MG/ML IN A 2:1 MOLAR RATIO WITH 14-MER DSRNA AND 0.1 M TRIS PH 8.8, 26% (W/V) PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. obs: 10316 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.47 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 4→4.2 Å / 冗長度: 4.49 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0116精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A2V

4a2v


解像度: 4→108.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 94.5 / SU ML: 0.553 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.733 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24813 495 4.8 %RANDOM
Rwork0.20394 ---
obs0.20603 9821 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.041 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.25 Å20 Å2-0.02 Å2
2--5.27 Å20 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→108.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3964 1182 4 0 5150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0175370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1311.8097468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87838402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2945472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.84925192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.06615808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.5611512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1519 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1A0.02
2B0.02
3C0.02
4D0.01
LS精密化 シェル解像度: 4.004→4.108 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 32 -
Rwork0.318 665 -
obs--93.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.16121.079-3.61936.4657-0.22125.7650.07220.04580.4094-0.2190.3512-0.1525-0.0453-0.3619-0.42330.2451-0.1262-0.08710.32530.08150.161535.1161-36.279313.0507
212.41131.198-2.96969.889-1.63419.3272-0.1975-0.6074-0.8656-0.2071-0.11130.24030.23520.94620.30890.04170.0803-0.00280.43910.20.196218.1851-49.3273-30.0928
39.348-3.56971.078711.0658-2.03056.8872-0.05070.45720.4613-0.15630.13310.3396-0.4778-0.7405-0.08240.39260.35080.12180.51220.12530.220238.0197-71.7184-0.4799
44.8713-0.96860.557412.714-2.07824.80310.1028-0.03-0.44731.3712-0.0852-0.4013-0.3177-0.0354-0.01760.83760.0980.05740.32550.03630.321345.4146-92.5748-44.2779
50.65111.37011.70242.90193.58914.4541-0.0310.0263-0.0313-0.00860.1108-0.1171-0.07910.097-0.07980.63370.061-0.15460.56960.20460.454928.971-44.2121-8.9369
61.0216-2.6687-3.17267.00118.27939.8671-0.0114-0.17170.1766-0.12570.4768-0.49160.13790.6361-0.46541.36590.27320.0221.21410.25080.70843.5484-81.414-22.3116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A807 - 1000
2X-RAY DIFFRACTION2B807 - 1000
3X-RAY DIFFRACTION3C807 - 1000
4X-RAY DIFFRACTION4D807 - 1000
5X-RAY DIFFRACTION5L1 - 14
6X-RAY DIFFRACTION5M1 - 14
7X-RAY DIFFRACTION6N1 - 14
8X-RAY DIFFRACTION6O1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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